Neist neljast on fluorapatiit kaugelt kõige levinum ning seetõttu peetakse terminit „apatiit" kasutades silmas sageli just fluorapatiiti. Kokkuvõtvalt väljendatakse apatiidikeemilist koostist enamasti nii: Ca5(PO4)3(OH,F,Cl). Tavaliselt on apatiitfosfaatne mineraal, kuid esineb kaarsenaate javanadaate.
Apatiidi kristallid on värvunud väga mitmesugustes toonides.Värvuse intensiivsus sõltubmangaanikontsentratsioonist mineraalis, kuid värvus ise on määratud peamiselt mangaani ningrauaoksüdatsiooniastmeist.Kahevalentne mangaan (Mn2+) annab heleroosa või sinaka, Mn3+ sinise ning Mn7+ violetse värvuse. Rohelise värvuse annavad Fe2+ ja Fe3+. Teised värvused on põhjustatud peamiseltlantanoidide lisandeist.
F–, Cl– OH– võivad apatiidi struktuuris üksteist igas vahekorras asendada. Kaltsium võib olla osaliselt asendunudmangaaniga. Kaltsiumi võivad asendada kastrontsium ning lantanoidid, erititseerium. Mõned apatiidid sisaldavad olulisel määral CO2. Vastav asendumine on järgnev: (CO32– + F–) PO43– vastu.
Apatiiti võib aktsessoorse mineraalina esineda peaaegu kõigis tardkivimeis. Tavaliselt sisaldavad nad apatiiti 0,1...1%. Tardkivimeis esineb apatiit enamasti kas fluorapatiidi või hüdroksü-fluorapatiidina. Apatiit on tavaline mineraalgranitoidsetespegmatiitides, mis peale apatiidi sisaldavad ka paljusid muid, vähem levinud mineraale. Samuti on apatiit tavaliseks mineraaliks leeliskivimeis, eritisüeniitides. Apatiit on levinud kahüdrotermaalsetes lõhedes.
Moondekivimeis esineb apatiiti niiregionaal- kui kakontaktmoonde läbinud kivimeis. Tavaliselt tekib moondeline apatiitmagmaintrusioonide tungimisel kaltsiumi ja fosforit sisaldavatesse settekivimitesse. Kõrgeltemperatuuril moodustub intrusiooni ümbermoondeoreool, mis koosneb ümberkristalliseerunud ning osaliseltmetasomaatiliselt segunenud koostisega mineraalidest, sealhulgas apatiidist.
Apatiit on võrdlemisi tavaliseks mineraaliks ka settekivimites. Fosfaatsedsetted tekivad sellistesšelfimeredes, kustõusuhoovused toovad sügavamaltookeanisttoitainetega rikastunudmerevett, mida kasutavad oma toese ehitamiseks paljud mereloomad. Samuti võib apatiit lisanduda ka anorgaaniliselt merepõhja vajunud biogeense tekkega apatiidile, moodustades niiviisi fosfaatseidkonkretsioone. Merelise biogeense tekkega fosfaatseid settekivimeid nimetataksefosforiidiks. Selliseid kivimeid sisaldab kaEestimaapõu. Eesti fosforiidile annavad tema fosforirikkuselingulaatide fosfaatsed kojad. Apatiit esineb fosforiidi koostises krüptokristalse, kohati kaamorfse massina, mida tuntakse kakollofaanina.
