El área donde se asienta Yeisk fue poblado por tribussármatas yescitas, como prueban loskurganes que se hallan entre la ciudad y Shirochanka. Se han encontrado asimismo restosgriegos. El paso de lostártaros se denota en los topónimos, como el dellago Jan, al sur de la ciudad.
En la segunda mitad del siglo XVIII, elCáucaso Norte entró en los planes de expansión delImperio ruso. Tras la guerra en la que se estableció la anexión delkanato de Crimea al Imperio,Catalina II ordenó conquistar y colonizar las tierras al norte del río Kubán iniciándose la construcción de una línea defensiva de fuertes desdeAzov aMozdok y la emigración decosacos de Zaporizhia hacia las nuevas tierras.
La idea de construir un puerto en la puntaYeiskoye como base para la comercialización de los productos delKubán y lagubernia de Stávropol, surge por iniciativa delatamánGrigori Rashpil. El príncipeMijaíl Vorontsov alentó la empresa de modo que por decreto delzarNicolás I del 6 de marzo de 1848 se funda la ciudad y el puerto deYeisk.
En 1849 se erige la primera iglesia, de madera, dedicada a la Virgen, y la estación de correo. El primer muelle en la ría se construye en 1850 Entre 1852 y 1855 se edifica elgostini dvor. En 1853 abre la primera iglesia parroquial. Durante laguerra de Crimea, la ciudad fue asaltada por tropasbritánicas en el contexto del infructuosositio de Taganrog tanto por tierra como desde el mar. La iglesia fue bombardeada y se calcula que una de cada diez casas fue incendiada.
La localidad fue desarrollándose con inmigración ucraniana y rusa, exportándose granos desde el puerto haciaGrecia,Italia,Turquía oInglaterra. A principios del siglo XX se exportaban a través del puerto de Yeisk cuatro millones de toneladas de carga, principalmente trigo. A principios del siglo XX la localidad era un centro comercial internacional y un centro cultural del sur de Rusia. Por iniciativa de las autoridades de la ciudad en 1904 se renovaron las instalaciones del puerto y por iniciativa del alcaldeVladímir Nenáshev se construye elferrocarril de Yeisk en 1911. Desde entonces la localidad se desarrolla como ciudad balneario. En 1912 tenía 50 000 habitantes y cinco iglesias: la Catedral del Arcángel Miguel (1865), la Iglesia Panteleimonovskaya (década de 1890, la Iglesia Novopokróvskaya (década de 1890), la Iglesia de la Intercesión (1907) y la Iglesia de San Nicolás (1865).
Durante laPrimera Guerra Mundial la ciudad fue evacuada y se instaló un campo de prisionerosaustríacos. En esos años, el puerto de Yeisk se dedicó al transporte de materiales logísticos de retaguardia. En laGuerra civil la población cambió de manos seis veces, hasta que se estableció elpoder soviético en marzo de 1920. Hasta ese año pertenecía alotdel de Yeisk delóblast de Kubán. En 1928 se dotó a la localidad de agua potable. En las décadas de 1920 y 1930, Yeisk se desarrolló como centro industrial. En 1930 se trasladó a Yeisk laEscuela de Pilotos Navales (en la que estudiaron entre otros loscosmonautasYuri Onufriyenko yGeorgi Shonin o el piloto de pruebasVíktor Pugachov).
La ciudad fue severamente bombardeada a partir de 1941 por laLuftwaffe de laAlemania Nazi. LaWehrmacht intentó en varias ocasiones tomar la ciudad desde el otro lado del golfo sin éxito hasta que lo consiguió en agosto de 1942 con el apoyo de una divisiónrumana. La ocupación tuvo numerosas víctimas entre la población de la localidad y la dejó severamente dañada. En agosto de 1943, tropas delEjército Rojo.
En los años de posguerra y reconstrucción, se enfocó en el sector turístico.
Los principales sectores económicos de la localidad son lapesca y la industria alimentaria. En una medida menor cabe destacar la industria ligera y la de los materiales de construcción.
La localidad es un centro turístico debido a sus playas.
Es fin de la línea de ferrocarril entrePávlovskaya y Yeisk porStarominskaya, de 1911. Durante la temporada de verano hay trenes directos desdeMoscú ySan Petersburgo. En el programa para 2010-2012 de laRZhD se halla la reconstrucción del tramo Starominskaya-Yeisk.
Elaeropuerto de Yeisk tiene capacidad para aviones de hasta 70 toneladas de masa. Se prevé la renovación del aeropuerto en relación con la apertura de la zona de juegoAzov-City. En 2011 se había interrumpido el tráfico de pasajeros debido a las obras de reconstrucción de la pista de aterrizaje.
La localidad es un importantepuerto internacional. En 2009 transportó 4,9 millones de toneladas.
Yeisk está incluida en la lista de lugares históricos de Rusia. En la localidad pueden verse edificios de la segunda mitad del siglo XIX y principios delXX, del período soviético y más recientes, de la década de 1990.
Cabe destacar en la ciudad elgostini dvor, el edificio delgymnasium femeninoKseninski, el edificio del gremio de comerciantes, el edificio del Banco Ruso de Comercio Exterior, el edificio de la estación y las casas de antiguos comerciantes. El parque más grande de la localidad se llama Iván Poddubni y es un lugar de ocio frecuentado por los habitantes de la localidad.
Los principales periódicos de la localidad sonPriazovskiye stepi («Приазовские степи»),Sovet Priazovia («Совет Приазовья»),Puls nedeli («Пульс недели») yDelovói Yeisk («Деловой Ейск»). La principal revista esPrimorski prospekt («Приморский проспект»).