La ciudad se encuentra situada a 930 metros de altura y está dominada por Gäbris, una cadena de montañas local perteneciente a losAlpes suizos. Forman parte de la comuna las localidades de Gfeld, Habsat, Neuschwendi y Nideren.
El nombre Trogen aparece por primera vez en 1168 comoTrugin. Trogen se turnaba junto conHundwil en la función de capital cantonal hasta que unaasamblea popular decidió que la capital fuerade factoHerisau y que el poder judicial y de policía se quedaran en Trogen.
Durante el siglo XVIII, la familia Zellweger instauró la industria textil en la comuna. En 1821 la misma familia ayudó a fundar laKantonsschule (escuela cantonal), que aún se encuentra en Trogen.