El 18 de septiembre de 1950 fue elegidoarzobispo yprimado en sustitución deMakarios II. Este nombramiento no sólo lo convirtió en cabeza de la Iglesia Ortodoxa Chipriota sino enetnarca, líder nacionalde facto de la comunidad grecochipriota.
Por aquel entonces, y desde 1878, la isla deChipre era colonia delImperio Británico, que la había convertido en su centro de operaciones con relación aOriente Medio.
Durante la década de 1950 Makarios se convirtió en una figura popular entre los grecochipriotas y, como muchas figuras públicas de su comunidad en la época, fue un decidido partidario y uno de los principales abogados de laenosis (unión deChipre conGrecia), manteniendo lazos estrechos con el Gobierno griego. En agosto de 1954, a solicitud de Makarios, Grecia empezó a apoyar ante laONU la realización de un plebiscito basado en el principio de autodeterminación para los chipriotas. Se encontraron con la oposición de las autoridades coloniales británicas.
En 1955 se formó la organización pro-enosisEthniki Organosis Kyprion Agoniston (Organización Nacional de Combatientes Chipriotas). El EOKA era un típico movimiento independentista de la época. Makarios compartía su plataforma política y conocía a su líder, el político y soldado griegoGeorgios Grivas, pero su grado de implicación no está claro. En su vida posterior Makarios negó categóricamente estar involucrado en la resistencia violenta del EOKA. En la Conferencia de Bandung los representantes de Chipre hicieron declaraciones a favor de la enosis en las que dejaron constancia de que el gobierno británico era una potencia imperialista que coartaba la libertad de los greco-chipriotas.[1]
A finales de 1955 las autoridades coloniales británicas reforzaron las leyes anti-sedición para evitar manifestaciones, pero Makarios siguió demandando la autodeterminación deChipre. En medio de una tensa situación, el gobernador británicoJohn Harding abrió conversaciones para discutir el futuro de la isla, pero éstas se rompieron a principios de 1956 sin llegar a ningún acuerdo. Los británicos ofrecían autogobierno a la mayoría griega y Makarios la aceptó en principio, pero pedía unas garantías que los británicos no estaban dispuestos a dar.
Para entonces Makarios fue identificado como cercano a la insurgencia. Fue detenido en elaeropuerto de Nicosia acusado de alentar y de mantener contacto con los grupos clandestinos de liberación. El 9 de marzo de 1956 es exiliado forzosamente como «invitado» del gobernador y comandante en jefe de las islasSeychelles,William Addis, en dicho archipiélago delOcéano Índico.
A finales la década la comunidad turcochipriota empezó a promover la idea de laTaksim (partición) como contrapartida a laenosis. La comunidad turcochipriota temía que en un Chipre independiente y controlado por la comunidad grecochipriota serían perseguidos y que, por lo tanto, su seguridad en la isla solo podía ser garantizada bajo la soberanía británica oturca. La disputa entre ambas comunidades se enconó.
Un año después, Makarios fue liberado pero aún tenía prohibido regresar a Chipre. Se dirigió aAtenas, donde fue calurosamente recibido, y desde ahí continuó trabajando por la enosis los siguientes dos años. Bajo el gobierno deKonstantínos Karamanlís se fueron relajando las presiones deGrecia para favorecer la independencia chipriota.
Las negociaciones de 1958 terminaron con elAcuerdo de Zúrich como base a un tratado de independencia, y Makarios fue invitado aLondres en 1959 para concretar los detalles. Makarios se negaba a participar debido a su preferencia por la enosis, pero finalmente fue persuadido por las autoridades griegas y británicas. El 1 de marzo, el arzobispo regresó aNicosia siendo clamorosamente recibido por la multitud.
En las elecciones presidenciales del 13 de diciembre de 1958, el arzobispo Makarios venció por dos tercios de los votos al abogadoIoánnis Klirídis, padre del futuro presidente y aliado de Makarios,Gláfkos Klirídis.
El 16 de agosto de 1960 la bandera británica fue arriada por última vez en Nicosia y Makarios tomó posesión como presidente ejerciendo una política moderada, cultivando las buenas relaciones tanto con Grecia como con la vecinaTurquía y distinguiéndose en elMovimiento de Países No Alineados (MPNA).
En marzo de 1961 Chipre fue admitido como miembro de laMancomunidad de Naciones y Makarios representó a la isla en la conferencia de primeros ministros de dicha mancomunidad. También asistió enBelgrado a la conferencia del MPNA.
Uno de los intentos de asesinato que sufrió Makarios fue el 8 de marzo de 1970 a las 7 de la mañana. En esa oportunidad, al despegar en un helicóptero desde el arzobispado con destino alMonasterio de Malrhaeras, recibió disparos desde el techo del Gimnasio Panchipriota. El piloto fue seriamente herido pero pudo aterrizar en un descampado próximo. Makarios resultó ileso. Seis grecochipriotas fueron detenidos, tres de ellos policías.[2]
Makarios huyó hacia Londres el 16 de julio de 1974, víamonasterio de Kikkos y luego Pafos, mientras los golpistas anunciaban que había muerto. Retornó para reasumir su cargo el 7 de noviembre del mismo año. Sufrió un ataque cardíaco en abril de 1977 y, tras un segundo ataque, muere en Nicosia el 3 de agosto de 1977.[3]