Nació en elcastillo de Stegeborg. Su padre, el reyGustavo I de Suecia, que tenía un gran poder en Suecia, dejó en herencia sendas posesiones a sus hijos. Juan recibió en herencia el ducado deFinlandia el 27 de junio de 1556 y se convirtió en uno de los más poderosos nobles de Suecia.
Cuando su medio hermano,Erico XIV, heredó la corona, surgió una serie de fricciones entre ambos. Las posesiones de Juan eran amplias, pero ambicionaba hacerse con el poder en todaSuecia. Se inició un conflicto abierto entre los hermanos cuando el 4 de octubre de 1562, Juan se casó enVilna,Lituania, con la princesa polacaCatalina Jagellón, hija del rey dePolonia,Segismundo I Jagellón el Viejo (Gustavo había intentado desposar a la hermana mayor de Catalina,Eduviges Jagellón, en 1526, pero las diferencias religiosas resultaron un impedimento ante los ojos del rey Segismundo). En ese entonces el rey Erico, debido a su política de expansión en elBáltico, se enfrentaba con los polacos, y consideró el matrimonio de Juan como una traición a la Corona sueca. Además, Juan había recibido endote matrimonial varias plazas fuertes enLivonia, un territorio que ambicionaba Erico. El rey le dio a su hermano un ultimátum para que decidiese a qué bando pertenecía y en abril de 1563 fue llamado a cuentas para que respondiese por una acusación de alta traición. En junio del mismo año fue encontrado culpable por el Tribunal Supremo de traición a la patria. El 12 de agosto de 1563, Juan se entregó bajo la promesa de recibir un trato en prisión acorde con su dignidad de príncipe. Fue encarcelado en elcastillo de Gripsholm, en donde le acompañó su esposa. Permaneció en prisión cuatro años.
En 1567, el rey Erico dio muestras claras dedemencia, y Juan fue liberado en circunstancias que hasta la actualidad no están claras, probablemente fue liberado por un sector de lanobleza que pretendía derrocar al rey.
Una vez libre, Juan pactó con su hermano menor, el duqueCarlos de Södermanland, y con una parte de la nobleza, un levantamiento en todo el país a fin de terminar con el despótico gobierno de Erico. La insurrección comenzaría en junio de 1568. A mediados de septiembre, los dos duques se encontraron anteEstocolmo, cuyas puertas se abrieron el 29 de septiembre de ese año. Erico fue depuesto y encarcelado, e inmediatamente Juan fue elevado a rey por las autoridades de la ciudad, la nobleza, y el ejército.
En enero de 1569, Juan III fue reconocido como rey por el parlamento, que había retirado a Erico del trono. Juan no tuvo tranquilidad mientras su hermano Erico siguió vivo. A raíz de rumores sobre la posible liberación del rey derrocado por algunos sectores de la población, Juan decidió cambiar a Erico de prisión en varias ocasiones. En 1577 falleció Erico en prisión por envenenamiento.
Como monarca, Juan se acercó alcatolicismo, que en ese tiempo se encontraba bastante debilitado en Suecia después de la reforma de Gustavo Vasa, pero que cobró nuevos bríos tras la división y rencillas que surgieron entre los protestantes. Juan concedió ciertos privilegios a la Iglesia católica, en un intento por alcanzar cierto punto de acuerdo entre ambos cultos. Educó a su hijo,Segismundo, bajo la doctrina católica, con el afán de convertirlo en heredero de la corona polaca. En 1587, Segismundo fue nombrado rey dePolonia, y Juan pudo establecer una alianza política con ese reino. Sus simpatías católicas provocaron fricciones entre sectores del clero y la nobleza, y le acarrearon un distanciamiento con su hermano,Carlos.
En 1570, finalizó laguerra nórdica de los Siete Años, iniciada por Erico XIV, que había enfrentado a Suecia conDinamarca yLübeck. Sin embargo, Juan continúo la política expansionista en elBáltico iniciada por su hermano, y se enfrentó en una guerra contraRusia por el control deEstonia.
Falleció en elcastillo de Estocolmo el 17 de noviembre de 1592, y dejó un país debilitado por las guerras en el extranjero y por los conflictos internos. Se encuentra sepultado en el Coro Vasa de laCatedral de Upsala.
Juan III tenía un gran aprecio hacia el arte, y es recordado como el monarca que más construcciones artísticas realizó en Suecia, principalmente de tipo religioso. Mandó traer destacados arquitectos y pintores deAlemania y de losPaíses Bajos. El arte preferido de Juan era el que caracterizaba alrenacimiento italiano.
En varios castillos construyó capillas de estilo gótico, como por ejemplo enVadstena yKalmar. Elcastillo de Vadstena se convirtió en un palacio renacentista que subsiste hoy en día. A petición de su esposa, Catalina Jagellón, ordenó la construcción delPalacio de Drottningholm, que hoy ha perdido su forma original. A lo largo de su reinado se llevó a cabo la remodelación de numerosos castillos en todo el país.
