En el año 2005 comenzó a mostrar sus condiciones en el tradicional torneo La Barrigona Fútbol que se disputa enLa Guajira.[9] Su posterior formación deportiva y debut profesional lo hizo con elEnvigado F. C.
Su primer tanto como profesional lo marcó en el empate a un gol frente alCúcuta Deportivo el 11 de septiembre de 2010. Volvería a marcar el 26 de septiembre en el empate 4-4 como visitantes contra elDeportivo Pereira. Se destacó en laserie de promoción 2010 contraDeportivo Pasto, marcando el gol de la victoria en el partido de promoción.[10] Sin embargo, en el duelo de vuelta, sufrió una delicada lesión luego de una violenta falta del defensor rivalGermán Mera que le causó fractura detibia,[11] reencontrándose ambos en la Selección Colombia en 2022.[12] Luego de cuatro meses de recuperación, Quintero regresó a las canchas durante elTorneo Apertura 2011.
En enero de 2012 se concretó su fichaje por parte deAtlético Nacional una vez superó los exámenes médicos demostró su gran calidad con el equipo.Su debut sería el 29 de enero de 2012 en la goleada 4 a 0 sobre elDeportivo Cali. Su primer gol lo anotaría el 15 de febrero para el empate a un gol conSucre FC por laCopa Colombia. El 18 de febrero sería la figura del partido marcando un gol de tiro libre para darle la victoria enEl Campín 3 a 2 sobreMillonarios. Luego de sus buenas presentaciones es pretendido porPescara de Italia, y en julio de 2012 se concreta su llegada al club italiano.
En el periodo que en elPescara logra destacar en laSerie A, con actuaciones más que sobresalientes. Logró marcar su primer gol enEuropa, de tiro libre, frente alBologna en el empate a un gol como visitantes, logrando ganarse el apodo de "«La nueva promesa". Luego de un año en elPescara y tras una buena actuación en elMundial Sub-20 de Turquía fue fichado por elPorto por un valor de 4.5 millones de euros.
Fue fichado por elPorto por un valor de 4.5 millones de euros, el 50% de su pase.[13]
El primer partido de Quintero oficial con el Porto fue Supertaça Cândido de Oliveira, donde entró como sustituto al minuto 76, cuando Porto ya estaban adelante por 3-0. Porto pasó a ganar el partido, dando así daría su primera vuelta olímpica no sólo en Europa, si no en su carrera del club. Quintero debutó en su primer partido de liga para el club contra elVitória Setúbal, adelantándose como un sustituto y anotando menos de un minuto después. Quintero proporcionó su primera asistencia para el club dos semanas más tarde frente aPaços de Ferreira en la victoria por 1-0.En un partido contra elVitória Guimarães, Quintero sacó un penalti que fue convertido con éxito, otorgando de este modo una asistencia en la victoria por 1-0 en casa. Quintero entró en el minuto 90 contraArouca, donde le hicieron una falta cerca de la cancha y convierte un impresionante gol de tiro libre, segundos después de sólo entrar.
En el Porto no había tenido mucha continuidad y tan solo logró ser titular en 3 de los 13 partidos que había disputado. En 9 partidos disputados porLiga, ha marcado 2 goles (uno de ellos de tiro libre) y ha dado 3 asistencias, debuta en laChampions League con el equipo portugués en 2013 y logra jugar 3 partidos, en todos entrando en el segundo tiempo. Para finales de diciembre por no tener muchos minutos en el primer equipo, decide jugar en elPorto B, en el cual disputa un partido como titular de principio a fin, y también llegó a afirmar a los medios de comunicación que estaría dispuesto a cambiar de club para conseguir minutos y ganar rendimiento de cara alMundial de 2014.
El 23 de marzo de 2014 le da la victoria a su equipo por la mínima frente alBelenenses. Quintero hizo su primera aparición de 90 minutos para el Porto el 6 de abril de 2014, en un partido en casa contra laAcadémica de Coimbra. Hizo una asistencia, de nuevo a su compañero de equipo y compatriotaJackson Martínez, cuando recibió una falta en el cuadro en el minuto 38, lo que dio lugar a un penalti marcado por Jackson. Quintero anotó su cuarto gol de la temporada, una semana después, en el minuto 91 en la victoria por 3-1 sobre elBraga, tras una contra que él comenzó.
El 21 de abril, Quintero entró como suplente del segundo tiempo contra compatriotas norteñosRio Ave y tuvo un impacto significativo para el partido. Estuvo involucrado en los tres goles. Terminó la temporada con cuatro goles en 33 partidos, algo satisfactorio teniendo en cuenta que casi siempre fue suplente.
Quintero se perdió el primer partido de liga del Porto de la temporada debido a una muerte en la familia, pero regresó a la escuadra Porto para el próximo partido de Liga frente alPaços de Ferreira. Entrando en lugar del lesionadoCristian Tello, proporcionó una asistencia una vez más a su compañero colombianoJackson Martínez, para el único gol en la victoria por 1-0 de Porto.
Quintero anotó su primer gol de la temporada ante elArouca de larga distancia, Porto terminó ganando 0-5.Llegó con su equipo hasta los cuartos de final de laChampions League donde fueron eliminados por elBayern Múnich al perder en el global por 7-4, aunque el no entró en ninguno de los dos partidos, jugó 4 partidos del torneo continental. Termina su segunda temporada con elPorto con 29 encuentros disputados y dos goles anotados. En la última fecha es titular en la victoria de su equipo 2-0 contraPeñafiel jugando 63 minutos y saliendo como figura tras una jugada decrack que hizo a pesar de no terminar en gol.[14]
El 31 de agosto de 2015 sería confirmado como nuevo jugador delStade Rennes de laLigue 1 deFrancia cedido por un año por elPorto.[15] Su debut oficial sería el 18 de octubre entrando al minuto 72 en la derrota 1-4 contra elNiza dando la asistencia para el descuento de su equipo. Su único gol sería el 11 de diciembre en el empate a un gol frente alCaen.
El 12 de septiembre de 2016 fue confirmada la cesión al equipoIndependiente Medellín, hasta el 31 de diciembre de 2017 para disputarSuperliga de Colombia,Liga Águila,Copa Águila yCopa Libertadores. Sin embargo no pudo jugar partidos oficiales con el DIM en lo que restaba del año 2016.El 21 de enero de 2017 debuta en el partido válido por la final de ida de la superliga contraSanta Fe en el que empatan a cero goles. Su primer gol lo marca el 18 de febrero dándole la victoria a su club por la mínima frente alOnce Caldas marcando de penalti. El 9 de marzo marca su primer doblete con el club en la goleada 4 por 1 sobre elDeportivo Pasto marcando dos goles de media distancia y saliendo como la figura del partido. En su debut en laCopa Libertadores 2017 con elrojo de la montaña marca el gol del su club de tiro penal en la derrota 3 a 1 como locales frente aRiver Plate. El 26 de abril le da la victoria a su club 2 a 1 como visitantes por laCopa Libertadores en casa delMelgar.
Su primer gol en elFinalización 2017 lo hace el 30 de julio de tiro libre para la victoria por la mínima sobreCortuluá. El 26 de agosto le da la victoria a su club por la mínima en elclásico paisa frente aAtlético Nacional.
El 24 de enero de 2018 es presentado como nuevo jugador deRiver Plate proveniente delPorto a préstamo por un año y con una opción de compra de 3.500.000 euros.[16] Debuta el 3 de febrero jugando los últimos 26 minutos en la victoria 2-0 sobreOlimpo de Bahía Blanca. El 22 de abril marcó su primer gol en la victoria 0-3 sobreArsenal de Sarandí.Sus grandes actuaciones en el conjunto "millonario" lo llevaron nuevamente a laSelección de fútbol de Colombia, dónde disputó laCopa Mundial de Fútbol de 2018.El 2 de octubre de 2018 convirtió su primer gol en laCopa Libertadores en la victoria 3-1 frente aIndependiente de local, sellando su clasificación a semifinal.
El 9 de diciembre se consagró campeón de laCopa Libertadores 2018 y fue la gran figura en la final contraBoca Juniors tras ingresar en el segundo tiempo desde el banco, Juan Fernando marcaría el 2-1 en tiempo suplementario y dio la asistencia para el 3-1 definitivo.[17][18]
Tras su gran actuación en el 2018, River decide ejecutar la opción de compra de €3.500.000 al Porto, quedándose así con los servicios del colombiano. Su primer gol de 2019 lo hace el 23 de enero en la derrota como locales 1-2 contraUnión de Santa Fe.[19] El 3 de febrero marca de tiro penal el gol de la victoria 2 por 1 como visitantes en casa deVélez Sarsfield. El 10 de febrero logra su primer gol de tiro libre con el club en la victoria 2 a 0 como local frente aRacing Club, ese día anotó un gol de tiro libre que estuvo compitiendo por elPremio Puskás, terminó entre los 3 mejores goles de la temporada.
Al partido siguiente marca en el empate 1 a 1 como visitante en casa de Rosario Central. Marca gol el 24 de febrero un gol en la victoria 2-1 frente aSan Martín de Tucumán. El 17 de marzo en un partido válido por la fecha 23 de la Liga, sale lesionado en el partido que ganarían 3-0 sobreIndependiente, al final el club da un comunicado en el que se confirma que Juanfer tiene rotura del ligamento cruzado de la rodilla izquierda, por lo que estará de baja entre seis y ocho meses.[20]
El 11 de octubre Quintero fue convocado para jugar un partido por laCopa Argentina después de una grave lesión de los ligamentos de la rodilla izquierda que lo tuvo alejado 208 días, ingresando a los 19 minutos del segundo tiempo con una enorme ovación en la victoria 2 por 0 sobreAlmagro.
El 29 de febrero de 2020 marca su primer gol después de un año sin anotar, lo hace de tiro penal para el empate a un gol frente aDefensa y Justicia siguiendo en la lucha por el título.
En octubre de 2020 fichó por elShenzhen de laSuperliga de China.[21] El 21 de abril de 2021 jugó su primer encuentro, dando dos asistencias para el 2-1 definitivo sobre elHenan Songshan Longmen.[22] El 8 de mayo volvió a dar otra asistencia en la victoria del Shenzhen 2-4 sobre elGuangzhou R&F.[23] El 22 de julio completó siete partidos jugados, tuvo una destacada presentación en el duelo que acabó 3-0 a favor de su club contra el Chongqing Liangjiang Athletic.
El 14 de enero de 2022, en una rueda de prensa con laSelección Colombia, previo al juego amistoso contraHonduras, Quintero confirmó su regreso a River Plate.[24]
El 21 de enero de 2022 se confirmó su vuelta aRiver Plate de laLiga Profesional de Fútbol Argentino.[25] El 16 de febrero marcaba su primer gol en su vuelta, en la victoria de River Plate 4-1 sobrePatronato por la Liga Argentina. En su segundo paso por River disputó 29 partidos con el Millonario, en 12 fue inicialista y convirtió cinco anotaciones. En total, logró sumar 1.176 minutos en el año con el cuadro argentino.
El 14 de enero de 2023 fue presentado oficialmente como nuevo jugador del equipo tiburón.[26] El 12 de marzo marcaría su primer gol en la derrota 1-2 conEnvigado FC por la Liga Betplay.[27]
El 30 de julio de 2023 se oficializa su llegada alRacing Club de la Primera División de Argentina. El equipo argentino adquiere el 100 % de su pase por 3,6 millones de dólares y fichará hasta diciembre de 2026.[28] Su primer partido fue contra Unión por la fecha 1 de laCopa de la Liga Profesional, el día 18 de agosto, donde empatarían 1-1.
Convirtió su primer gol contra Tigre en la segunda fecha de la Copa de la Liga. Días después, sería el único de sus compañeros en convertir el penal en la tanda de penales contra Boca Juniors en los cuartos de laLibertadores 2023.[29] ContraEstudiantes de La Plata, por el torneo local, volvería a convertir otro gol.
Después de quedar relegado varios partidos, en la última fecha contraBelgrano volvió a ser titular y convirtió su primerdoblete en Racing Club.[30] Para el 3 de diciembre, sobresalió su actuación en la derrota por penales ante Rosario Central, convirtiendo uno en la tanda y siendo autor de uno de los 2 tantos de laAcademia.[31]
El 31 de enero convirtió su primer gol en la temporada anteTigre en la victoria 3-0 de Racing Club en Avellaneda, por la 2.ª fecha de laCopa de la Liga Profesional.[32] En ese mismo certamen, el 10 de marzo, anotó un gol anteBoca Juniors enla Bombonera, en la derrota 4-2 de su equipo por la 10.ª fecha.[33] El 16 de marzo, por la 11.ª fecha anotó anteDefensa y Justicia en el Cilindro para sentencia el empate 1-1.[34]
El 24 de mayo convirtió su primer gol en laLiga Profesional ante Tigre, en la victoria 4-0 de Racing Club en elestadio José Dellagiovanna.[35] También produjo asistencias destacadas, siendo una de las más recordadas la que le hizo a su compatriotaRoger Martínez para dar vuelta un partido 2-1 contra Boca Juniors en el Cilindro.[36] El 10 de noviembre le dio la victoria 2-1 a su equipo frente aIndependiente Rivadavia en el Cilindro, con un gol de tiro libre en los últimos minutos.[37]
En laCopa Sudamericana, anotó su primer gol el 13 de agosto anteHuachipato de Chile enSausalito, durante el partido de ida de losoctavos de final, que Racing Club ganó 2-1.[38] En la vuelta, el 20 de agosto, tuvo el infortunio de errar un penal, pero los argentinos aun así ganaron por 6-1.[39] El 31 de octubre, volvió a brillar al marcar su primer doblete en el Cilindro contra elCorinthians de Brasil, por las semifinales, asegurando la clasificación de su equipo a una final internacional después de 32 años.[40] En dicho certamen, se consagró campeón luego de que su equipo venciera aCruzeiro de Brasil en lafinal.
En laselección colombiana sub-20 heredó el dorsal 10 que utilizóJames Rodríguez anteriormente. Quintero jugaría su primer partido con laselección colombiana sub-20 ante laSelección Chilena por elCampeonato Sudamericano Sub-20 2013, Quintero anotaría el único gol de la tricolor en el partido por la vía del penalti, pero finalmente el partido lo ganaríaChile por 2-1. Quintero volvería a anotar contraArgentina por la última fecha del Grupo A, pero no sería suficiente porque perderían por 3-2, cabe rescatar que Quintero anotaría uno de los mejores goles del torneo un tiro libre de unos 35 metros, a pesar de esto,Colombia se clasificaría al Hexagonal Final. Quintero marcaría 3 goles más en el Hexagonal anteEcuador,Perú y marcaría uno de los 2 goles que le darían el título sudamericano a Colombia anteParaguay. Después del campeonato, Quintero sería elegido por laConmebol como elMejor Jugador del Sudamericano Sub-20.
Colombia jugaría en el Grupo C ante la anfitrionaTurquía,Australia yEl Salvador. Juan Fernando marcaría anteTurquía y anteEl Salvador, al terminar la Fase de grupos, laFIFA lo reconoció como el mejor jugador de la primera fase de laCopa Mundial de Fútbol Sub-20 de 2013.[41] Por los octavos de final, Colombia enfrentaría aCorea del Sur, en un partido en el que Quintero marcaría un tremendo gol de tiro libre en el minuto 94 cuando la Selección Coreana ganaba por 1-0, esta anotación sería elegida al terminar el campeonato como elMejor Gol del Mundial Sub-20, Increíblemente, Corea del Sur eliminaría a Colombia en penaltis por 8-7 (Quintero anotaría en la tanda de penaltis).
El 19 de mayo de 2012 recibió su primer llamado a laselección de Colombia para los partidos de eliminatorias contra Perú y Ecuador. El 16 de octubre de 2012 debuta con la selección de mayores de Colombia, en un partido amistoso contra la selección de Camerún en el Estadio Metropolitano Roberto Meléndez de la ciudad de Barranquilla. El partido terminó 2-1 a favor del combinado "cafetero". Quintero fue sustituido en el minuto 46', cuando comenzó el segundo tiempo. Luego de su vinculación alF. C. Oporto, y su debut frente alS. S. C. Napoli, Quintero es convocado para jugar un partido amistoso frente al combinado de Serbia en Barcelona el 14 de agosto de 2013 teniendo muy buena actuación. El 28 de agosto de 2013 recibiría su segundo llamado a la selección colombiana absoluta, para los partidos que se disputarían contra Ecuador y Uruguay, correspondientes a las fechas 15 y 16 de las eliminatorias.
El 13 de mayo de 2014 fue incluido por el entrenadorJosé Pekerman en la lista preliminar de 30 jugadores con miras a laCopa Mundial de Fútbol de 2014.[42][43] Finalmente, fue seleccionado en la nómina definitiva de 23 jugadores el 2 de junio.[44][45]
Su debut en el MundialBrasil 2014 se dio en la fase de grupos contra Costa de Marfil, el 19 de junio de 2014, entrando en el minuto 53 en reemplazo porVíctor Ibarbo. Cuando llevaba 17 minutos en el campo de juego, anota su primer gol con laselección de Colombia, sentenciando el 2-1 a favor de los cafeteros y sellando la clasificación de Colombia a octavos de final.
El 11 de mayo de 2015 fue seleccionado porJosé Pekerman en los 30 pre-convocados para disputar laCopa América 2015.[46]El 28 de mayo se confirma que Juan Fernando Quintero se pierde laCopa América 2015 tras un problema en la rodilla izquierda.[47]
El 16 de marzo de 2018 volvió a ser llamado a la selección de Colombia para los amistosos previos aRusia 2018 frente aFrancia yAustralia enEuropa.[48] El 23 de marzo anota el gol de la victoria 2-3 anteFrancia marcando al minuto 87 luego de ingresar porJames Rodríguez.
El 14 de mayo fue incluido por el entrenadorJosé Pekerman en la lista preliminar de 35 jugadores para disputar laCopa Mundial de Fútbol de 2018.[49] Finalmente sería incluido en la lista de los 23 seleccionados. El 19 de junio debuta en elMundial Rusia 2018 marcando el único gol de su equipo de tiro libre, siendo el primer gol que se hace por debajo de la barrera en un mundial, al final caerían derrotados 2-1 frente aJapón.[50] Quintero cumpliría un gran torneo siendo una de las jóvenes sorpresas, cerró la cita en octavos de final con dos asistencias y un gol. En 2021 fue nuevamente llamado a la Selección Colombia porReinaldo Rueda. El 16 de enero de 2022 marcaría en la victoria 2-1 contraHonduras por un partido amistoso.[51]
El 15 de noviembre de 2024 vuelve a marcar con la selección está vez sí primero gol por eliminatorias mundialistas, marca un golazo de tiro libre para el 0-1 parcial frente aUruguay, al final perderían 3-2 al último minuto enMontevideo.
Juanfer mantiene una relación de amistad con el reconocidocantante colombianoMaluma, desde cuando este último jugaba en las inferiores deAtlético Nacional y Quintero enEnvigado.[55]
Desde 2015 Juanfer ingreso al mundo de la música como cantante dereguetón paralelamente a su faceta de futbolista, haciendo un remix con Element Black en la canción «Cibernauta».[56] Un año más tarde lanzó junto aLui-G 21 Plus la canción «No te enamores».[57]
Poco más de cinco años después de su última canción, Juanfer volvió al estudio y el 8 de octubre de 2021 lanzó «Guille 2. 0» junto a Element Black y Rayo & Toby.[58]
El 26 de abril de 2022 participó en la canción 1,2,3 junto al dúo "Los Hermanos del Barrio".
Es muy recordado entre los hinchas de River Plate el gol a Boca Juniors durante la final de laCopa Libertadores 2018 desempatando el partido durante el minuto 108 del alargue. Este gol fue relatado por el famoso locutor argentinoMariano Closs.