Praga cuenta con una estructura de gobierno local de dos o tres niveles, dependiendo de la zona de la ciudad. En la parte superior es el Juez de Paz de la Ciudad Capital de Praga (encheco:Magistrát hlavního města Prahy), que es responsable deltransporte público, recolección de residuos, policía municipal, bomberos, servicios de ambulancias, actividades culturales, cuidado de los sitios históricos, el zoológico de Praga y otras actividades de importancia para toda la ciudad.
Desde 1990, la ciudad se ha dividido en 56 (desde 1992, 57) distritos municipales de autogobierno (encheco:městské části). Los distritos son responsables de los parques y la protección del medio ambiente, algunas de las actividades culturales y deportivas; actividades para las personas mayores, algunos programas sociales y de salud, cementerios o equipamiento para las escuelas. Otra actividad importante de los distritos municipales es la propiedad, el mantenimiento y, a veces, la venta de los bienes públicos, sobre todo vivienda pública.
Los 57 municipios han sido agrupados, desde 2001, en 22 distritos administrativos (encheco:správní obvody), con fines nacionales y de gobierno. Un distrito municipal en cada distrito administrativo tiene la responsabilidad de proporcionar ciertos servicios para todo el distrito administrativo. Estos servicios incluyen suministro de licencias de negocios, tarjetas de identidad y pasaportes. El término municipal con esa responsabilidad comparte nombre con el distrito administrativo al que sirve. Por ejemplo, el término municipal de Praga 19 ofrece esos servicios a los términos municipales de Praga 19, Praga-Čakovice, Praga-Satalice y Praga-Vinoř. Los residentes de Satalice pueden obtener placas de identificación en su barrio, pero deben ir a Kbely, sede del gobierno de Praga 19, para obtener una tarjeta de identidad.
En 2001, el gobierno checo ordenó que todos los distritos municipales que sirven distritos administrativos enteros deben tener el mismo nombre que el distrito administrativo. Por lo tanto, los términos municipales de Radotín, Řepy, Letňany, Kbely, Horní Počernice, Újezd nad Lesy y Uhříněves son ahora Praga 16 a 22, respectivamente. Los nombres antiguos persisten como los nombres de las zonas catastrales.
Todos los distritos nombrados oficialmente comienzan con "Praga", o, en checo, "Praha-". Por lo tanto, el nombre oficial de Kunratice es "Praga-Kunratice" o "Praha-Kunratice".