A la edad de 15 años se incorporó a la sexta división del clubDefensor Sporting y luego pasó en el 2003 alClub Atlético Cerro, de la primera división del fútbol uruguayo. En sus comienzos se desempeñaba en la posición de delantero, pero luego pasó a jugar en la posición de defensa central donde tuvo su mejor rendimiento. Debido a su gran desempeño en Cerro, fue fichado en el 2006 por elClub Nacional de Football. Su debut oficial en Nacional fue el 26 de agosto de 2006 (Nacional 0 -Danubio Fútbol Club 1, Torneo Apertura 2006). ConNacional, fue campeón de la Liguilla Pre-Libertadores 2007, y también fue muy importante en la campaña de Nacional en laCopa Libertadores 2007 donde marcó dos goles y fue figura del equipo y del torneo.
Con el conjunto amarillo jugó un total de 116 partidos anotando 4 goles y 6 asistencias en 3 temporadas.
El día 4 de agosto de 2010, el Villarreal acordó su traspaso alAtlético de Madrid por una cifra de entre 8 y 10 millones de euros,[6] club con el que firmó por 5 temporadas.
Su llegada al Atlético de Madrid no pudo comenzar mejor pues el 27 de agosto de 2010 consiguió su primer título internacional al imponerse en laSupercopa de Europa alInter de Milán, campeón de laLiga de Campeones, por dos goles a cero.
Durante la pretemporada siguiente, el 28 de julio de 2011, juró la constitución española para que el club no excediera el límite de jugadores extracomunitarios.[7]
El 3 de octubre, en el empate a cero ante elSevilla correspondiente a la séptima jornada deLiga, jugó su partido número 200 en las diferentes ligas en las que ha participado. El 30 de enero de 2012 marcó su primer gol enLiga con la camiseta delAtlético de Madrid en la victoria por cero a uno anteOsasuna. El 9 de mayo de 2012, se proclamó con su equipo campeón de laLiga Europa al vencer en la final por 3 goles a 0 alAthletic Club. El 31 de agosto de 2012 consiguió su segundaSupercopa de Europa al vencer alChelsea, campeón de laLiga de Campeones, por cuatro goles a uno.
Durante latemporada 2012-13 se convirtió en pieza clave de la defensa del Atlético de Madrid. Junto aJoao Miranda formó pareja en el centro de la zaga del equipo rojiblanco solo perdiéndose tres partidos y siendo la defensa menos goleada de la Liga y ayudando a su compañeroThibaut Courtois a ganar el Trofeo Zamora.
En laCopa del Rey, el 17 de mayo disputó la final frente al Real Madrid en elEstadio Santiago Bernabéu. Godín de nuevo fue titular y se proclamó campeón al vencer en la prórroga por dos goles a uno.
Celebración del título de liga delAtlético de Madrid club de fútbol en la temporada 2013-2014.
En los primeros meses de la temporada se anunció la renovación del jugador uruguayo[8] por el Atlético de Madrid hasta 2018.
De nuevo volvió a ser la pareja de Miranda en el centro de la defensa del equipo y el 15 de marzo de 2014 en la victoria por uno a cero ante elEspanyol disputó su partido número 150[9] con la camiseta rojiblanca.
Durante toda esa temporada el Atlético de Madrid estuvo peleando por conseguir el título liguero pero no fue hasta la última jornada en la que se decidió todo. El Atlético se enfrentó en la jornada trigésimo octava alBarcelona, segundo clasificado y al que le sacaba tres puntos, en elCamp Nou. Debido a que el partido de la primera vuelta había terminado en empate, si el Barcelona ganaba ese partido se proclamaba campeón mientras que al Atleti le bastaba con empatar.
Godín fue titular y aunque el Barcelona se adelantó mediante un gol deAlexis Sánchez en la primera parte, al comienzo de la segunda Godín anotó el definitivo empate a uno que proclamó al club colchonero campeón deLiga.
Durante el final de la temporada el estado de forma de Godín fue excepcional lo que le llevó a ser elegido mejor jugador de la Liga durante los meses de abril[10] y mayo y a formar parte del once ideal[11] de la temporada. Durante esos últimos dos meses, disputó cinco partidos como titular y anotó dos goles. Además, por segundo año consecutivo, la defensa del Atlético de Madrid fue la menos goleada yThibaut Courtois el Premio Zamora.
En la Liga de Campeones el equipo se clasificó para jugar la final por segunda vez en su historia. El partido se disputó el 24 de mayo enLisboa frente alReal Madrid. De nuevo, Godín fue titular y un gol suyo adelantó al Atlético de Madrid en la primera parte pero en el tiempo de descuento de la segunda parteSergio Ramos anotó el empate a la salida de un córner. En la prórroga, el Real Madrid se mostró más fuerte y anotó tres goles más dejando el resultado final en cuatro a uno.
Tras sus buenas actuaciones en el periodo 2013-14 fue incluido en la lista Goal 50[12] en el puesto número 24.
Durante la pretemporada 2014-15 y ante la salida deTiago (segundo capitán rojiblanco),Raúl García pasó a ser el segundo capitán y se designó a Godín[13]
como tercer capitán rojiblanco. En agosto consiguió su primeraSupercopa de España tras vencer al Real Madrid por un global final de 2-1. Godín fue titular tanto en el partido de ida como en el de vuelta.
A comienzos del año 2015 laUEFA anunció el equipo ideal de 2014[14] elegido por los usuarios de su web en el que se encontraba Godín como uno de los cuatro defensas que lo formaban.
El 1 de marzo, en el empate a cero ante elSevilla F. C. correspondiente a la vigésimo quinta jornada de Liga, disputó su partido número 200[15] como rojiblanco. Godín fue, de nuevo, un fijo en el eje de la defensa y contribuyó a que el equipo quedara en tercera posición y fuera el segundo menos goleado.
En laLiga de Campeones, Godín fue incluido en el equipo de la semana[16] de la ida de los cuartos de final.
Llegado noviembre, marcó su 25.º gol en partido oficial como jugador delAtlético, muy celebrado por tratarse de un "gol del cojo" (lo marcó estando lesionado), el cual supuso una victoria en el descuento.[18]
El 7 de mayo de 2019 anunció su salida del club después de 9 temporadas.[19] Así, 5 días más tarde, en el encuentro liguero que enfrentaba al Atlético de Madrid contra elSevilla F. C. (1-1), se le hizo un acto de despedida que se realizó al finalizar el encuentro.
Se dispusieron los ocho trofeos que logró el uruguayo con el Atlético en el círculo central delMetropolitano, y se realizó un pasillo formado por todos sus compañeros y cuerpo técnico. Además, elFrente Atlético realizó una pancarta con la frase «un gol para el recuerdo, un faraón para la historia», en referencia al gol que marcó el capitán rojiblanco en elCamp Nou que dio al Atlético de Madrid su décimo título liguero en latemporada 2013/14.
El equipo le entregó una camiseta con su nombre y las firmas de todos los jugadores, y además la leyenda rojiblancaLuiz Pereira, le entregó en mano una placa conmemorativa en reconocimiento a las 9 temporadas que disputó con el conjunto madrileño.
Tras un vídeo recopilatorio con sus mejores momentos en el Atlético, Godín dio con sus compañeros una última vuelta de despedida al estadio, dejando atrás unas cifras históricas: el futbolista extranjero con más partidos y el décimo de la historia del club rojiblanco (387 partidos); y el segundo futbolista con más títulos (dosLigas Europeas de la UEFA, unaCopa del Rey y tresSupercopas de la UEFA).[20][21]
El 1 de julio de 2019 elInter de Milán hizo oficial su incorporación para las siguientes tres temporadas.[22]
En septiembre de 2020, tras solo una temporada en el conjuntonerazzurro jugando un total de 36 partidos y disputando una final de Liga Europa de la UEFA, terminó fichando por elCagliari Calcio hasta 2023.[23]
Con este equipo jugó 40 encuentros antes de rescindir su contrato el 12 de enero de 2022.[24]
Pocas horas después de haber quedado libre,Atlético Mineiro anunció su contratación por un año.[25]
El 20 de junio de 2022 rescindió su contrato[26] y al día siguiente se hizo oficial su fichaje porVélez Sarsfield, donde iba a ser dirigido por su compatriotaAlexander Medina.[27]
El 27 de julio de 2023 anunció su retirada y tres días después disputó el último encuentro de su carrera anteC. A. Huracán.[28][29]
Sin embargo, en febrero de 2024 optó por regresar al fútbol y firmó conPorongos para la disputa de laLiga Capital de Fútbol de Flores y laCopa Nacional de Clubes, torneo que acabaría ganando, siendo la cuarta vez en la historia del Club en lograrlo.[30]Después de la obtención del título, se retiró del futbol.
Su debut en laselección de Uruguay fue el 26 de octubre de 2005 en un amistoso contraMéxico enGuadalajara.[31] Ha participado en más de cien partidos con la Selección uruguaya, marcando en 8 oportunidades.
Fue seleccionado para participar en laCopa América 2011, en la que se alzó con el título pese a sólo poder disputar los dos últimos minutos de la final debido a una lesión que se hizo antes del comienzo de la competición.[32]
Al ser campeón de América en 2011, Uruguay participó en laCopa Confederaciones 2013 y de nuevo, Godín estuvo entre los jugadores convocados.
Fue titular en todos los partidos salvo en el enfrentamiento ante la débilTahití, ayudando con sus actuaciones a que su selección consiguiera el cuarto puesto.
El 12 de mayo de 2014 el entrenador de la selección uruguaya,Óscar Washington Tabárez, incluyó a Godín en la lista provisional de 25 jugadores con los que inició la preparación para laCopa Mundial de Fútbol de 2014.[33][34][35] Fue confirmado en la lista definitiva de 23 el 31 de mayo.[36] En la fase de grupos disputó los tres partidos como titular siendo el capitán de la Selección en el segundo y el tercero. Tras la derrota en el primer partido y la victoria en el segundo, Uruguay necesitaba ganar aItalia en el tercer partido para clasificarse para la siguiente fase, cosa que consiguió por uno a cero gracias a un gol de Godín tras sacar un córner.[37] En los octavos de final, de nuevo Godín fue titular pero la selección uruguaya fue derrotada por dos a cero por laselección colombiana quedando de esta forma eliminada del Mundial.
El 23 de mayo de 2015 fue convocado[38] para disputar laCopa América 2015. Godín participó en tres de los cuatro partidos que disputó su selección, perdiéndose uno por sanción, antes de que cayera eliminada en cuartos de final ante la anfitrionaChile. En la primera jornada fue incluido en el equipo ideal.
EnRusia 2018 es convocado para jugar su tercer Mundial. Completa una actuación impecable, llegando conUruguay hasta los cuartos de final, y destacando como uno de los mejores centrales del Mundial.[39]
El 25 de marzo de 2019 superó al jugadorMaximiliano Pereira como el jugador que más partidos ha jugado con laselección uruguaya de fútbol,[40] logrando así el récord con más partidos jugados hasta el día de hoy.
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