ElCentro Nacional para la Información Biotecnológica[1] (en inglés:National Center for Biotechnology Information [NCBI]) es parte de laBiblioteca Nacional de Medicina de Estados Unidos, una rama de losInstitutos Nacionales de Salud (NIH). Está localizado enBethesda y fue fundado el 4 de noviembre de 1988 con la misión de ser una importante fuente de información debiología molecular.[2] Almacena y constantemente actualiza la información referente a secuenciasgenómicas enGenBank, un índice deartículos científicos referentes abiomedicina,biotecnología,bioquímica,genética ygenómica enPubMed, una recopilación deenfermedades genéticas humanas enOMIM, además de otros datos biotecnológicos de relevancia en diversas bases de datos.
Todas las bases de datos del NCBI están disponibles en línea de manera gratuita, y son accesibles usando el buscadorEntrez.
El NCBI ofrece además algunas herramientasbioinformáticas para el análisis de secuencias deADN,ARN yproteínas, siendoBLAST una de las más usadas.
NCBI alberga genoma secuenciado enGenBank, y un índice de los artículos biomédicos de investigación enPubMed Central yPubMed, así como otra información relevante a la biotecnología. Todas estas bases de datos son accesibles en línea con el motor de búsqueda deEntrez.
El NCBI dirigido porDavid Lipman, uno de los autores originales del programa de alineación de secuenciasBLAST y una figura extensamente respetada enbioinformática. También dirige un programa de investigación intramuros, incluyendo grupos dirigidos porStephen Altschul (otro coautor de BLAST), David Landsman, y Eugene Koonin (autor prolífico sobregenómica comparativa). David Landsman se retiró de su cargo en 2017.[3]
El NCBI ha tenido la responsabilidad de hacer accesible la base de datos de secuencias de ADN de GenBank desde 1992.[4] GenBank se coordina con laboratorios individuales y otras bases de datos de secuencias tales como las delEuropean Molecular Biology Laboratory (EMBL) y la Base de Datos de ADN de Japón (DDBJ).
Desde 1992, NCBI ha crecido para proporcionar otras bases de datos además de GenBank. NCBI proporcionaHerencia Mendeliana en el Hombre en línea,[5] laMolecular Modeling Database (estructuras 3D de proteínas),dbSNP (una base de datos depolimorfismos de nucleótidos simples, laUnique Human Gene Sequence Collection, un mapa de genes delgenoma humano, un buscador taxonómico, y se coordina con elInstituto Nacional del Cáncer para proporcionar elCancer Genome Anatomy Project. El NCBI asigna un identificador único (número de identificación de la taxonomía) a cada especie de organismo.
Estantería de libros de NCBI
[editar]NCBI Bookshelf[6] es una colección de versiones en línea, de libre acceso y descargables, de libros biomédicos seleccionados. La estantería cubre una amplia gama de temas que incluyenbiología molecular,bioquímica,biología celular,genética,microbiología, estados patológicos desde un punto de vista molecular y celular, métodos de investigación yvirología . Algunos de los libros son versiones en línea de libros publicados anteriormente, mientras que otros, comoCoffee Break, están escritos y editados por el personal de NCBI. Bookshelf es un complemento del repositorioEntrez PubMed de publicaciones revisadas por pares.
Herramienta básica de búsqueda de alineación local (BLAST)
[editar]Artículo principal: BLAST BLAST es unalgoritmo utilizado para calcular la similitud de secuencia entre secuencias biológicas como secuencias denucleótidos deADN y secuencias deaminoácidos deproteínas.[7] BLAST es una herramienta poderosa para encontrar secuencias similares a la secuencia de consulta dentro del mismo organismo o en diferentes organismos(alineamiento de secuencias). Busca la secuencia de consulta en lasbases de datos y servidores de NCBI y envía los resultados al navegador de la persona en el formato elegido. Las secuencias de entrada al BLAST están principalmente en formatoFASTA o Genbank, mientras que la salida se puede entregar en una variedad de formatos comoHTML, formatoXML y texto sin formato. HTML es el formato de salida predeterminado para la página web de NCBI. Los resultados de NCBI-BLAST se presentan en formato gráfico con todos los aciertos encontrados, una tabla con identificadores de secuencia para los aciertos que tienen datos relacionados con la puntuación, junto con las alineaciones para la secuencia de interés y los aciertos recibidos con puntuaciones BLAST análogas para estos.
El sistema de búsqueda cruzada de bases de datos de Entrez Global Query se utiliza en NCBI para todas las bases de datos principales, como secuencias de nucleótidos y proteínas, estructuras de proteínas,PubMed,taxonomía, genomas completos,OMIM y muchas otras. [10] Entrez es un sistema de indexación y recuperación que tiene datos de varias fuentes para la investigación biomédica. NCBI distribuyó la primera versión de Entrez en 1991, compuesta por secuencias de nucleótidos dePDB y GenBank., secuencias de proteínas deSWISS-PROT, GenBank, PRF, PDB traducidos y resúmenes y citas asociados de PubMed. Entrez está especialmente diseñado para integrar los datos de varias fuentes, bases de datos y formatos diferentes en un modelo de información uniforme y un sistema de recuperación que puede recuperar de manera eficiente las referencias, secuencias y estructuras relevantes.[8]
Gene se ha implementado en NCBI para caracterizar y organizar la información sobregenes. Sirve como un nodo principal en el nexo del mapa genómico, expresión, secuencia, función de la proteína, estructura y datos dehomología. Se asigna un GeneID (identidad) único a cada registro genético que se puede seguir a través de ciclos de revisión. Los registros de genes para genes conocidos o predichos se establecen aquí y están demarcados por posiciones de mapa o secuencias de nucleótidos. Gene tiene varias ventajas sobre su predecesor, LocusLink, que incluyen una mejor integración con otras bases de datos en NCBI, un alcance taxonómico más amplio y opciones mejoradas de consulta y recuperación proporcionadas por el sistema Entrez.[9][10]
- ↑Cañedo Andalia, Rubén; Rodríguez Labrada, Roberto; Vázquez Mojena, Yaimeé (2009-04-XX).«Centro Nacional para la Información Biotecnológica de los Estados Unidos: un palacio de la información para la medicina molecular».ACIMED19 (4): 0-0.ISSN 1024-9435. Consultado el 19 de abril de 2021.
- ↑Gutiérrez González, Rodrigo (4 de noviembre de 2023).«Efemérides 4 de noviembre: los acontecimientos históricos que marcaron la humanidad».infobae. Consultado el 4 de noviembre de 2024.
- ↑«National Library of Medicine Announces Departure of NCBI Director Dr. David Lipman».www.nlm.nih.gov. Consultado el 19 de abril de 2021.
- ↑«GenBank Overview».www.ncbi.nlm.nih.gov. Consultado el 19 de abril de 2021.
- ↑«Home - OMIM - NCBI».www.ncbi.nlm.nih.gov. Consultado el 19 de abril de 2021.
- ↑«Home - Books - NCBI».www.ncbi.nlm.nih.gov. Consultado el 19 de abril de 2021.
- ↑«Basic local alignment search tool».Journal of Molecular Biology(en inglés)215 (3): 403-410. 5 de octubre de 1990.ISSN 0022-2836.doi:10.1016/S0022-2836(05)80360-2. Consultado el 19 de abril de 2021.
- ↑Ostell J. (2002). The NCBI Handbook, 2nd edition, Chapter 15, The Entrez Search and Retrieval System
- ↑Maglott D. Pruitt K. & Tatusova T. (2005). The NCBI Handbook, 2nd edition, Chapter 19, Gene: A Directory of Genes
- ↑Brown, Garth R.; Hem, Vichet; Katz, Kenneth S.; Ovetsky, Michael; Wallin, Craig; Ermolaeva, Olga; Tolstoy, Igor; Tatusova, Tatianaet al. (28 de enero de 2015).«Gene: a gene-centered information resource at NCBI».Nucleic Acids Research43 (Database issue): D36-D42.ISSN 0305-1048.PMC 4383897.PMID 25355515.doi:10.1093/nar/gku1055. Consultado el 19 de abril de 2021. Se sugiere usar
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