Kusama naskiĝis en familio de komercistoj, kiuj posedis plantvartejon kaj sembienon. Ŝi komencis pentri bildojn dekukurboj jam en bazlernejo kaj kreis artaĵojn kiuj reflektis ŝiajnhalucinojn. Ŝia patrino kontraŭstaris sian artan agadon kaj kutimis forpreni ŝiajn verkojn de ŝi. Ŝia patrino ŝajne ankaŭ fizike fitraktis ŝin. Kusama memoras ŝian patron kiel "ulo kiu preteriras kaj flirtas multe kun ulinoj."
La artisto rakontis, ke ŝia patrino ofte sendos ŝin sekvi la rilatojn de sia patro kun aliaj virinoj. Ŝia deproksima kono de la amaferoj kondukitaj fare de ŝia patro ensorbigis en ŝi timon kaj malemon al sekseco, precipe direkte al la vira korpo, "Mi ne ŝatas sekson, mi havis obsedon pri sekso. Kiam mi estis juna mi vidis mian patron kun la geamantinoj, kiujn li havis al si. Mia patrino sendis mi spioni pri li. "Mi ne volis havi sekson kun iu ajn dum jaroj," ŝi diris.
Dekjaraĝa, Kusama komencis sperti "vivajn" halucinojn, kiujn ŝi priskribis kiel "fulmetojn deaŭreola lumo aŭ densaj kampoj de punktoj." Tiuj halucinoj ankaŭ inkludis florojn kiuj supozeble parolis kun ŝi, kaj padronoj en kanvaso, kiuj elkanvasiĝis, reproduktiĝis kaj englutis ŝin. Ŝia traŭmata infanaĝo kaj la vizioj kiujn ŝi travivis ekde infanaĝo estas la fonto de ŝia arta stilo.
Tiele, Yayoi Kusama komencis krei arton en juna aĝo. En1948 ŝi komencis studi pentraĵon enKioto, kaj evoluigis intereson en laokcidenta stilo. Ŝi estis unu el la unuaj virinoj en Japanio kiuj studis arton, ĉar en Japanio virinoj estis permesitaj studi arton nur postDua Mondmilito. Ŝi komencis ekspozicii siajn verkojn komenciĝantajn en la1950-aj jaroj.
Ŝiaj verkoj estas karakterizitaj per obsedantaj padronoj de punktoj kaj kradoj kiuj kovras surfacojn en senfina ripeto. Senfinaj Ĉambroj ("Infinity Rooms") kiuj estas ĉirkaŭitaj despeguloj kaj grandaj instalaĵoj, kiujn ŝi kreas, donas al la spektanto enmergan multsensan sperton.