Filogeneza arbo aŭEvolua arbo estas arboforma skemo montranta lafilogenezon, tio estas la parenceco inter grupoj, oftespecioj (sed povas esti de io ajn studfako ekz. fikciaj rakontoj transmisataj inter la generacioj enparola tradicio), kiuj havas kunan prapatron. Tiuj grupoj estas nomatajfolioj. Ĉiu nodo en la arbo figuras teorian prapatron de ĉiuj ties idoj; ĝia nomo estas tiu el ĉiuj la idaj branĉoj, sed ne tiu de la prapatro, ĉar ne eblas distingi lin. La arbo povas esti radika aŭ ne.Karolo Darvino estis unu el la unuaj sciencistoj kiuj proponis montri la historion de specioj per arbo. Plej ofte, la filogenezaj arboj estaskladistikaj.
En arbo ne eblas montri horizontalajn transirojn, kaj en filogenetiko disvolviĝas nova modelo, la filogeneza reto, kiu permesas tion.
Ekzistas pluraj metodoj, pli malpli rapidaj kaj fidindaj, por fari tiujn arbojn.
Eblas optimumigi diversajn kriteriojn en la arbo: distanco, ŝparemo, aŭ verŝajneco.
Ĉe la metodoj pri distanco, la unua kriterio rilatas al la distanco inter la estontaj folioj de la arbo. Ekzemple, se tiuj folioj estasDNA-sekvencoj, oni povas elekti la nombron de malsamajnukleotidoj. Por fari tion, necesas vicigi la sekvencojn.
Poste oni povas uzi la metodojnUPGMA aŭNeighbour Joining por dedukti ties arbostrukturon.
La metodoj pri ŝparemo estas ĉefe uzataj por morfologiaj studoj. Ĉe molekulaj aliroj, tio signifas trovi la arbon kiu minimumigas la nombron demutacioj, forigoj kaj aldonoj inter unu sekvenco kaj la alia. Tiu metodo serĉas la arbon la plej ŝpareman je ŝanĝoj. Tio baziĝas sur larazilo de Okam. Tiuj metodoj supozas kekonverĝa evoluo estas sufiĉe malofta, ĉar la plej mallonga arbo estas tiu, kiu havas malmulte da konverĝado.
Estas tri ŝtupoj:
Plej ofte, la nombro de eblaj arboj estas tro granda por ke eblu serĉi ĉiujn (eĉ per la plej potencaj komputiloj). Necesasas do farialgoritmon kiu trovas unu el la plej mallongaj arboj, sed oni ne povas certi ke ĝi estas la plej mallonga.
Per tiuj metodoj, la arboj estas neradikaj, tamen la uzo de eksteraj grupoj (angleOut Groups) permesas poste enmeti la radikon.
Fine, la metodoj pri verŝajneco baziĝas sur la maksimuma verŝajneco. Konante la mutacian kvanton por ĉiunukleotido, oni taksas la verŝajnecon de la arboj.
