Diversaj indiĝenaj triboj vivis en la areo kie la urbo situas ekde la12-a jarcento. Cuernavaca estis fondita iam ek de tiam ĝis la konkero de Meksiko fare deHispanio en la16-a jarcento. Sojle de la hispana konkero, Cuernavaca jam estis granda, riĉa kajfortika urbo.
Malgraŭ ĝia grandeco kaj fortikaĵoj, hispanaj trupoj, sub la gvidado deGonzalo de Sandoval (komandita deHernán Cortés ), okupis Cuernavaca ĉirkaŭ la jaro1520. La hispanoj komencis ekloĝi en Cuernavaca plurajn jarojn poste.
En1824, post laMeksika Milito de Sendependeco, Meksiko estis dividita en subŝtatojn kaj Cuernavaca estis elektita por esti parto de subŝtatoEstado de México. En1834 Cuernavaca ricevis oficialan urbostatuson. En1869 la ŝtatoMorelos estis kreita, kaj Cuernavaca estis elektita por esti ĝia ĉefurbo.
