Główny cel został określony jako wspieranie Kościoła, a zwłaszcza papieża, w realizacji najtrudniejszych zadań i w walce z najpoważniejszymi zagrożeniami. Założyciel nadał im ściśle zhierarchizowaną strukturę, z rezydującym w Rzymie, dożywotnio obieranym generałem na czele; wieloetapowe, długoletnie formowanie członków zakonu kończy się przyjęciem przez wybraną grupę dodatkowego, czwartego ślubu — bezwzględnego posłuszeństwa papieżowi (tzw. profesi, ojcowie o pełni praw). Jezuici skupili swoje działania na pracy oświatowej (jezuickie szkolnictwo), organizując największą w dziejach Kościoła sieć szkół średnich (kolegia) i wyższych (akademie), oraz na propagowaniu zasad nowej pobożności (szkoła ignacjańska), kładących nacisk na udział wiernych w dziele własnego zbawienia i metodyczną modlitwę wedługĆwiczeń duchowych świętego Ignacego Loyoli (rekolekcje, rozmyślania, spowiedź). Zakon rozwinął pracę misyjną w 3 kierunkach: walka o odzyskanie dla Kościoła wiernych w krajach objętych reformacją, misje ludowe wśród katolików, apostolstwo wśród pogan (pierwsi przyjęli metodęakomodacji, potępioną w tzw. sporze o ryty w Kościele chińskim 1742). Szczególną formę misji stanowiły zorganizowane w Ameryce Południowej tzw. redukcje (redukcje misyjne), czyli społeczności indiańskie żyjące według zasad ewangelicznych (zlikwidowane w połowie XVIII w.); w realizacji swoich celów jezuici sięgali po nowatorskie rozwiązania — pionierskie katolickie przekładyBiblii na języki narodowe, teatry szkolne, sodalicje; oryginalne koncepcje jezuitów — teorie tyranobójstwa i moralnej neutralności, a także skuteczność działań przysporzyły zakonowi wielu wrogów i doprowadziły do powstania tzw. czarnej legendy jezuitów; Towarzystwo odegrało zasadniczą rolę w dziele reformy Kościoła po soborze trydenckim, stając się najpotężniejszym zakonem katolickim; w XVIII w. wielu jezuitów należało do czołowych postaci oświecenia chrześcijańskiego, jednocześnie zakon toczył zacięty spór z głównymi filozofami epoki (Wolter, D. Diderot), którzy uważali go za ostoję wstecznictwa i podporę zwalczanego Kościoła. Idee te oraz konflikt z absolutystycznymi monarchiami europejskimi (likwidacja zakonu w Portugalii, Hiszpanii, Francjii 1759–67) doprowadziły do kasaty jezuitów (1773) przez papieża Klemensa XIV. Decyzji nie ogłoszono tylko w Rosji i początkowo również w Prusach; zakon został przywrócony (1814) przez papieża Piusa VII.