Γεννήθηκε στην πόληΣαν Αντρέ Ντε Κουμπζάη, μια μικρή κωμόπολη κοντά στοΜπορντώ. Το περιβάλλον στο οποίο μεγάλωσε είναι βέβαιο ότι δημιούργησε τις προϋποθέσεις για τη μετέπειτα πορεία του, καθώς ο πατέρας του Ντανιέλ Κουστώ εργαζόταν ως νομικός σύμβουλος ενόςΑμερικανού επιχειρηματία που είχε πάθος με τα ταξίδια κι ετσι ο Κουστώ έζησε τα παιδικά του χρόνια ταξιδεύοντας διαρκώς. Έμαθεκολύμπι σε ηλικία μόλις τεσσάρων ετών, κάτι όχι σύνηθες για την εποχή.
Το1930 σε ηλικία 20 ετών εισήχθη στη Ναυτική Ακαδημία τηςΒρέστης και στο πρώτο του κιόλας εκπαιδευτικό ταξίδι πήρε μαζί του κινηματογραφική μηχανή και κατέγραψε εξωτικές σκηνές, καθώς και αλιείςμαργαριταριών στηΝότια Θάλασσα. Υπηρέτησε ως πλοίαρχος στοΓαλλικό Πολεμικό Ναυτικό κατά τη διάρκεια τουΒ΄ παγκοσμίου πολέμου όπου τιμήθηκε με διάφορα παράσημα και αποστρατεύτηκε το1948 με το βαθμό του αρχιπλοιάρχου.
Κατασκεύασε μόνος του το1936 την πρώτη μάσκα καταδύσεων που υπήρξε ποτέ, εμπνευσμένος από τα περίεργαγυαλιά που φορούσαν οι αλιείς μαργαριταριών. Με τη μάσκα αυτή ο Κουστό έκανε συνεχείς καταδύσεις και εξερευνήσεις, καθώς όμως ήθελε να παραμείνει όσο το δυνατόν περισσότερο μέσα στηθάλασσα, καταπιάστηκε με την κατασκευή στολής που θα διατηρούσε ζεστό το σώμα του, καθώς και με την κατασκευή συσκευής παροχής αέρα. Ταυτόχρονα έφτιαξε και μια αδιάβροχη θήκη για την κάμερα, ώστε να μπορεί να κινηματογραφεί όσα έβλεπε. Με τη βοήθεια του μηχανικού Εμίλ Γκανιάν το1943 κατάφερε να κατασκευάσει την πρώτη ολοκληρωμένη στολήαυτόνομης κατάδυσης.
Ο Κουστώ έπεισε τις στρατιωτικές και πολιτικές αρχές τηςΓαλλίας να δημιουργήσουν μια υποβρύχια ερευνητική ομάδα κι έτσι το1950 ιδρύθηκε η Γαλλική Ωκεανογραφική Υπηρεσία και 2 χρόνια αργότερα το Κέντρο Εξελιγμένων Θαλασσίων Ερευνών. Ο ίδιος υπήρξε ο πρόεδρος αυτών των ιδρυμάτων. Παράλληλα είχε ήδη ξεκινήσει τα γυρίσματα των πρώτων ντοκιμαντέρ, βραβεύτηκε γι' αυτά μάλιστα στοφεστιβάλ των Καννών.
Την ίδια χρονιά αγόρασε ένα παλιόναρκαλιευτικό σκάφος το οποίο μετέτρεψε σε εξερευνητικό και το ονόμασε "Καλυψώ". Μ' αυτό ξεκίνησε να εξερευνά το βυθό τηςθάλασσας και το1955 ξεκίνησε ένα ταξίδι 13.800 μιλίων που τον οδήγησε στα βάθη όλων τωνωκεανών τουπλανήτη, με σκοπό να καταγράψει με την κάμερα όλα όσα συνάντησε. Κατέγραψε όλη τη θαλάσσια ζωή, εξερεύνησε αμέτρηταναυάγια, ενώ προσπάθησε να δώσει απαντήσεις σε πολλές ανθρώπινες απορίες.
Το1975, μετά από πρόσκληση τηςΕλληνικής κυβέρνησης άρχισε εξερευνήσεις στοΑιγαίο. Εξερεύνησε διάφορες περιοχές, κυρίως ανάμεσα στηΣαντορίνη και τηνΚρήτη και απέκλεισε την ύπαρξη της χαμένηςΑτλαντίδας στη συγκεκριμένη περιοχή[23]. Επίσης εξερεύνησε το αρχαίο ναυάγιο, η αρχική ανακάλυψη του οποίου έφερε στο φως τονμηχανισμό των Αντικυθήρων, ενώ ανακάλυψε και το κουφάρι του βυθισμένου πλοίουBritanic(Βρετανικός).
Ο Κουστώ έγραψε αρκετάβιβλία, σημαντικότερο εκ των οποίων ήτανΟ Σιωπηλός Κόσμος (1953), όπως ο ίδιος χαρακτήριζε το βυθό τηςθάλασσας. Το βιβλίο πούλησε 5 εκατομμύρια αντίτυπα και μεταφράστηκε σε 22γλώσσες. Άλλο γνωστό βιβλίο του ήταν τοΚόσμος χωρίς Ήλιο (1965), αλλά και ηεγκυκλοπαίδεια 21 τόμωνΟ Κόσμος του Ωκεανού (γράφτηκε μεταξύ1973 και1978).
Γύρισε εκατοντάδες ντοκιμαντέρ καιταινίες που έχουν τεράστια επιστημονική αξία. Πολλά από αυτά βραβεύτηκαν (ανάμεσά τους 2Όσκαρ και 10Έμμυ). Τα πιο γνωστά:
Ο Κουστώ είχε πολυτάραχη προσωπικήζωή, ειδικά προς το τέλος του βίου του. Παντρεύτηκε το1937 τη Σιμόν Μελχιόρ η οποία τον ακολουθούσε σε όλες του τις περιπέτειες και μαζί απέκτησαν 2 γιους, τουςΖαν-Μισέλ και Φιλίπ. Τον Φιλίπ προόριζε για διάδοχό του, όμως πέθανε αιφνιδιαστικά το1979. Υποχρεώθηκε να συνεργαστεί με τον μεγαλύτερο γιο του, με τον οποίο όμως διατηρούσε πολύ κακές σχέσεις. Οι συνεχείς τριβές μάλιστα οδήγησαν τον Ζαν-Μισέλ να αποχωρήσει από το ίδρυμα Κουστώ που είχε στο μεταξύ δημιουργηθεί, το1992. Οι σχέσεις τους ήταν τόσο τεταμένες που το1996 ο Κουστώ έφτασε στο σημείο να μηνύσει τον γιο του, επειδή αυτός επιχείρησε να ανοίξει παραθεριστικό κέντρο στανησιά Φίτζι με το όνομαΚουστώ.
Ένα χρόνο μετά το θάνατο της συζύγου του (1990) και σε ηλικία 81 ετών παντρεύτηκε την Φρανσίτ Τριπλέ με την οποία είχε ήδη αποκτήσει 2 παιδιά από της αρχές τηςδεκαετίας του '80. Το τελειωτικό χτύπημα για τον ηλικιωμένο εξερευνητή ήρθε το1996, όταν η θρυλική πια "Καλυψώ" η οποία τον συνόδευε στα ταξίδια του από το1955 προσάραξε σε ύφαλο στολιμάνι τηςΣιγκαπούρης με αποτέλεσμα να βυθιστεί. Ένα χρόνο αργότερα πέθανε από καρδιακή προσβολή στοΠαρίσι σε ηλικία 87 ετών.
Ο αδελφός του, Πιερ-Αντουάν Κουστώ ακολούθησε πολύ διαφορετική πορεία. Υπήρξε συγγραφέας και θερμός υποστηρικτής τουφασισμού. Έζησε μια πολυτάραχη ζωή αλλά τελικά πέθανε από ασθένεια το1958.
Σύμφωνα με τον βιογράφο του, Μπερνάρ Βιολέ, ο ίδιος ο Κουστώ ήταν αντισημιτιστής και συχνά έκανε υποτιμητικά σχόλια για τουςΆραβες.[24][25]
Εθνικό Οπτικοακουστικό Αρχείο Συνάντηση του ωκεανολόγου Ζακ-Ιβ Κουστώ με τον Υπουργό Προεδρίας της Κυβερνήσεως και Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων Γεώργιο Ράλλη στην Αθήνα.