Nacido en Blackpool, Lancashire, el británico Jonathan Mahoney fue el séptimo de los ocho hijos de un matrimonio formado por un panadero y un ama de casa apasionada de la lectura. Decidió emigrar a Estados Unidos junto con Vera, su hermana mayor, y combatió en la II Guerra Mundial para acelerar el proceso para lograr la ciudadanía.

Durante más de una década trabajó como editor de una revista médica. Pero no se sentía feliz, así que cuando tenía 40 años tomó clases de actuación en St. Nicholas Theatre, debutando en el teatro en 1977, recibiendo buenas críticas, y el prestigioso premio Tony, en 1986, por su trabajo en “The House of Blue Leaves”.

Debutó en el cine con la olvidada Hudson Taylor, a la que siguieron pequeños papeles, como un juez en Sospechoso, profesor en Hechizo de luna, y embajador en Frenético, aunque llamaba sobre todo la atención como aclamado escritor reconvertido en guionista, a quien acude en busca de ayuda el personaje central de Barton Fink.

La fama le llegó a partir de 1993 cuando interpretó al colérico y ácido Martin Crane, padre del psiquiatra protagonista de Frasier, papel por el que obtuvo dos candidaturas a los Globos de Oro. La serie se mantuvo en antena durante once temporadas. Cuando acabó interpretó a relevantes personajes en las series En terapiay Póquer de reinas.

Receloso a la hora de hablar de su vida privada, un reportaje periodístico desveló que había tenido relaciones con diversas mujeres, pero que nunca se había decidido a contraer matrimonio.