Kotoński studierte von 1945 bis 1951 an der Höheren Staatlichen Musikschule (heuteFryderyk-Chopin-Universität für Musik) beiPiotr Rytel. Außerdem nahm er privaten Unterricht beiTadeusz Szeligowski (1950/1951). In den 1950er Jahren widmete er sich im Auftrag des Nationalen Kunstinstituts der Erforschung der polnischen Volksmusik. Als Ergebnis erschien 1956 das BuchGóralski i zbójnicki.
Zwischen 1957 und 1961 nahm Kotoński an denDarmstädter Ferienkursen teil. Er befasste sich mit elektroakustischer Musik und arbeitete seit 1958 regelmäßig mit dem Experimentalstudio des Polnischen Rundfunks zusammen. Seine 1959 entstandeneEtiuda na jedno uderzenie w talerz war die erste elektronische Komposition Polens. In den folgenden Jahren arbeitete er mit vielen Zentren für elektroakustische Musik in Europa zusammen: Mit dem Studio des Westdeutschen Rundfunks in Köln (1966/1967), demGroupe de Recherches Musicales ORTF in Paris (1970), dem Experimentalstudio des Südwestfunks Baden-Baden Studio in Freiburg (1979), derStiftelsen Elektroakustik Musik i Sverige in Stockholm (1984) und demGroupe de musique expérimentale de Bourges (1986).
1963 veröffentlichte er das BuchInstrumenty perkusyjne we współczesnej orkiestrze („Schlaginstrumente im modernen Orchester“, Schott, Mainz 1968), 1989 die MonographieMuzyka elektroniczna und 1999 dasLeksykon współczesnej perkusji (Lexikon der zeitgenössischen Perkussion).
Tance góralskie („Volkstänze der Goralen“) für Orchester, 1950
Quartettino für vier Hörner, 1950
Preludium i passacaglia für Orchester, 1953
Sześć miniatur („Sechs Miniaturen“) für Klarinette und Klavier, 1957
Muzyka kameralna („Kammermusik“) für 21 Schlaginstrumente, 1958
Musique en relief, fünf Miniaturen für sechs Orchestergruppen, 1959
Etiuda na jedno uderzenie w talerz, muzyka konkretna („Etüde für einen Beckenschlag, konkrete Musik“), 1959
Trio na flet, gitarę i perkusję („Trio für Flöte, Gitarre und Schlagzeug“), 1960
Concerto per quattro (Version 1) für Harfe, Cembalo, Klavier und Kammerorchester, 1960
Canto per complesso da camera, 1961
Selection I für vier Jazzmusiker, 1962
Pezzo per flauto e pianoforte, 1962
Musica per fiati e timpani, 1963
Mikrostruktury für Tonband, 1963
Monochromia für Oboe solo, 1964
Kwintet na instrumenty dęte („Quintett für Bläser“), 1964
Concerto per quattro (Version 2) für Harfe, Cembalo, Gitarre, Klavier und Kammerorchester, 1965
A battere für Gitarre, Viola, Cello, Cembalo und Schlagzeug, 1966
Pour quatre für Klarinette, Posaune, Cello und Klavier, 1968
Muzyka na 16 talerzy i smyczki („Musik für 16 Becken und Streicherensemble“), 1969
AELA czyli gra struktur aleatorycznych na jednym dźwięku harmonicznym („AELA oder Spiel aleatorischer Strukturen auf einem harmonischen Klang“), elektronische Musik, 1970
Multiplay, Instrumentaltheater für sechs Blasinstrumente, 1971
Concerto per oboe für Oboe (d’amore), sechs Blasinstrumente und Orchester, 1972
Promenada I, Instrumentaltheater für vier Musiker, 1973
Promenada II, Instrumentaltheater für drei Synthesizer, Klarinette, Posaune und Cello, 1973
Harfa Eola („Äolsharfe“) für Sopran und vier Instrumentalisten, 1973
Musical Games, Instrumentaltheater für Bläserquintett, 1973
Róża wiatrów (Windrose) für Orchester, 1976
Muzyka wiosenna („Frühlingsmusik“) für Flöte, Oboe, Violine und Synthesizer, 1978
Pełnia lata („Hochsommer“) für Klarinette, Klavier, Cello und elektronische Klänge, 1979
Bora für Orchester, 1979
Sirocco für Orchester, 1980
Pieśń jesienna („Herbstlied“) für Cembalo und Tonband, 1981
Terra incognita für Orchester, 1984
Sceny liryczne („Lyrische Szenen“) für neun Instrumente, 1986
Tlaloc für Cembalo und Schlagzeug, 1986
Ptaki („Vögel“), acht kurze Stücke für Klarinette, Cello und Klavier, 1988
Cadenze e arie für Gitarre, 1988
Antiphonae für Tonband, 1989
Bucolica (Morton Feldman in memoriam) für Flöte solo, 1989
Trzy etiudy rytmiczne („Drei rhythmische Etüden“) für Klavier, 1990
La gioia für Streichorchester, 1991
Tierra caliente für Tonband, 1992
Motu proprio für Fagott und Klavier, 1992
Sonant für Posaunenquartett, 1992
7 Haiku für Frauenstimme und fünf Instrumente, 1993
Koncert na gitarę elektryczną i zespół instrumentalny („Konzert für elektrische Gitarre und ein Instrumentalensemble“), 1993
Podróż zimowa (Winterreise) für Flöte, Oboe, Klarinette, Cembalo, Violine, Cello und Tonband, 1995
Symfonia nr 1, 1995
Mijikayo für japanische Instrumente, 1996
Speculum vitae für Tonband und Orchester, 1996
Koncert na skrzypce i orkiestrę („Konzert für Violine und Orchester“), 1996
