Die Topografie des Gemeindegebietes ist von den unterbrochenen Tafelbergen desZentralspanischen Tafellandes bestimmt und damit uneinheitlich: Aus der Höhe des Ortes (823 m) und den höchsten Erhebungen (El Castro, 915 m, und Barrigüelo, 913 m) ergibt sich eine durchschnittliche Höhe von 850 m. Während desTertiär bedeckte ein See größeren Ausmaßes und beachtlicher Tiefe diesen Landstrich. Zeugnis dieses Sees sind die tiefen Sedimentschichten mit Fossilien. Die so entstandenen Böden sind sehr fruchtbar. Sie werden fast ausschließlich landwirtschaftlich genutzt und teilweise aus den Flüssen Úrbel und Arlanzón bewässert.
Die Geschichte Tardajos lässt sich bis in diekeltische Epoche derIberischen Halbinsel (hier: 8. Jahrhundert v. Chr.) zurückverfolgen. Die Belege dafür sind archäologische Funde ausElCastro: Mauern und Keramik. Der keltische Stamm wurdeTurmogi genannt, er kam aus Mitteleuropa und besiedelte auch die StadtDeobrigula die teilweise als Vorläufer des heutigen Tardajos angesehen wird. Deobrigula wird in derGeographia vonClaudius Ptolemäus und imItinerarium Antonini alsrömisches Feldlager erwähnt. Der ursprüngliche Siedlungskern wird aufgrund der archäologischen – bis auf dieEisenzeit zurückgehenden – Funde sowie der Entdeckung römischer Verteidigungsanlagen im schon erwähnten El Castro vermutet. Eindeutige Ortszuschreibungen existieren jedoch nicht, so dass sich auch der Nachbarort Rabé de las Calzadas als Nachfolger Deobrigulas sieht.
Nach der endgültigen Eroberung der Iberischen Halbinsel durch Römern und dem Ende der Kämpfe mit keltiberischen Stämmen verlagerte sich die Siedlung in die Ebene, wo ihre Bewohner wiederum gut auswertbare Keramik, Bronzegegenstände undInschriften der Nachwelt hinterließen.
Im Jahr 882 unterAlfons III. (Asturien) begann die Wiederbesiedlung nach derReconquista der Gegend. Nuño Núñez, Graf von Kastilien, begann zeitgleich eine Verteidigungslinie zur Burg vonCastrojeriz zu errichten, die dem Lauf desRío Arlanzón folgt. Dazu gehört neben anderen auch das „Castillo de Tardajos“. Für 929 gibt es eine Erwähnung für „Otero de Ajos“ (Hügel des Knoblauchs) und der dortigen Kirchen San Pelayo und Santa Eulalia. 1117 warAlfons VII. Gefangener des GrafenPedro de Lara im Castillo de Tardajos. Aus dieser Zeit sind auch dieFueros de Tardajos.
Während der RegierungszeitAlfons VIII. unterstand das Viertel Santa María dem burgaleser Bischof, während das Viertel „Barrio del Rey“ zuHospital del Rey gehörte. 1749 setzte sich die Teilung des Ortes in zwei Viertel mit zwei Kirchen fort, die der Jungfrau María und der heiligen Magdalena geweiht waren. Darüber hinaus gab es sechs Ermitas: San Sebastián, San Juan (hl. Johannes), San Salvador (Erlöser), Santiago (hl. Jakob), San Lázaro (hl. Lazarus) und San Roque (hl. Rochus). Die Verbindung mit dem Pilgerweg verdeutlichen Heilige wie Jakob, Rochus und Lazarus.
Bis 1955 war Tardajos nach Burgos der wichtigste Ort in derComarca.