Nach derVolkszählung im Jahr 2000 lebten im Siskiyou County 44.301 Menschen. Es gab 18.556 Haushalte und 12.228 Familien. Die Bevölkerungsdichte betrug 3 Einwohner pro Quadratkilometer. Ethnisch betrachtet setzte sich die Bevölkerung zusammen aus 87,07 % Weißen, 1,31 % Afroamerikanern, 3,90 % amerikanischen Ureinwohnern, 1,19 % Asiaten, 0,13 % Bewohnern aus dem pazifischen Inselraum und 2,76 % aus anderen ethnischen Gruppen; 3,65 % stammten von zwei oder mehr ethnischen Gruppen ab. 7,57 % der Bevölkerung waren spanischer oder lateinamerikanischer Abstammung.
Von den 18.556 Haushalten hatten 27,60 % Kinder und Jugendliche unter 18 Jahre, die bei ihnen lebten. 51,70 % waren verheiratete, zusammenlebende Paare, 10,10 % waren allein erziehende Mütter. 34,10 % waren keine Familien. 28,60 % waren Singlehaushalte und in 12,80 % lebten Menschen im Alter von 65 Jahren oder darüber. Die Durchschnittshaushaltsgröße betrug 2,35 und die durchschnittliche Familiengröße lag bei 2,87 Personen.
Auf das gesamte County bezogen setzte sich die Bevölkerung zusammen aus 24,00 % Einwohnern unter 18 Jahren, 6,70 % zwischen 18 und 24 Jahren, 22,70 % zwischen 25 und 44 Jahren, 28,40 % zwischen 45 und 64 Jahren und 18,10 % waren 65 Jahre alt oder darüber. Das Durchschnittsalter betrug 43 Jahre. Auf 100 weibliche Personen kamen 96,50 männliche Personen, auf 100 Frauen im Alter ab 18 Jahren kamen statistisch 94,10 Männer.
Das jährliche Durchschnittseinkommen eines Haushalts betrug 29.530USD, das Durchschnittseinkommen der Familien betrug 36.890 USD. Männer hatten ein Durchschnittseinkommen von 31.936 USD, Frauen 22.650 USD. DasProkopfeinkommen betrug 17.570 USD. 18,60 % Prozent der Bevölkerung und 14,00 % der Familien lebten unterhalb der Armutsgrenze. 26,60 % davon waren unter 18 Jahre und 7,30 % waren 65 Jahre oder älter.
