Phylogenese (altgriechischφῦλονphýlon, deutsch‚Stamm‘ undaltgriechischγένεσιςgénesis, deutsch‚Ursprung‘) oderPhylogenie bezeichnet sowohl diestammesgeschichtliche Entwicklung (Stammesgeschichte) derGesamtheit allerLebewesen als auch bestimmterVerwandtschaftsgruppen auf allen Ebenen derbiologischen Systematik. Der Begriff umfasst auch dieEvolution einzelnerMerkmale im Verlauf der Entwicklungsgeschichte von Lebewesen. Im Gegensatz dazu bezeichnet dieOntogenese die individuelle Entwicklung eines Lebewesens. Beide zusammen sind Gegenstand derbiogenetischen Grundregel.
Die Wissenschaft von der Erforschung der Phylogenese bezeichnet man auch alsPhylogenetik. Sie umfasst unter anderem folgende Methoden:
Bei der Bewertung dieser Merkmale ist es entscheidend,Homologien (aufgrund gemeinsamer Abstammung) vonHomoplasien (Analogien aufgrund von Parallelentwicklungen, etwa bei gleichen Umweltbedingungen) zu unterscheiden.Aus diesen Daten kann dann ein phylogenetischer Baum erstellt werden, der die rekonstruierten Verwandtschaftsverhältnisse darstellt.
Einwissenschaftstheoretisches Problem der Phylogeneseforschung ist, dass die der Phylogenese zugrundeliegenden Evolutionsprozesse in der Regel nicht direkt beobachtet oder experimentell nachvollzogen werden können. Daher müssen Belege aus verschiedenen Bereichen herangezogen werden, um einigermaßen stimmige Stammbäume rekonstruieren zu können. So kommt es häufiger zu unterschiedlichen Auffassungen, wie beispielsweise die Diskussion um die Einteilung verschiedenerprotostomer Tierstämme inHäutungstiere (vorwiegend genetisch begründet) oderArticulata (vorwiegend morphologisch begründet) zeigt.
Die Synphylogenese beschreibt die entwicklungsgeschichtliche strenginterdependente Entwicklung von Lebewesen. Auch der Begriff Parasitophylese wird dazu verwendet. Dabei betrachtet sie die evolutionäre Entwicklung vonParasit/Wirt-Systemen. Der Parasitismus ist als wichtiger Motor der Evolution beschrieben.[1]
