Erstmals urkundlich erwähnt wurde Mohyliw-Podilskyj 1595, als es dermoldauische Fürst Jeremia Movilă seiner Tochter bei der Einheirat in die polnische AdelsfamiliePotocki zur Mitgift gab. Der Bräutigam schließlich benannte die Stadt daraufhin nach seinem Schwiegervater Jeremia Movilă.
Der Zusatz Podilskyj (ukrainischПоділляPodillja) bezeichnet lediglich den die Stadt umgebenden Landstrich, um eine Verwechslung mit der gleichnamigen Großstadt im Osten vonBelarus (Mogiljow oderMahiljou) zu vermeiden.
Nach demÜberfall auf die Sowjetunion 1941 wurde Mohyliw-Podilskyj vonRumänien verwaltet und gehörte zumGouvernement Transnistrien. Die Stadt war bei der Einnahme durch Beschuss und Bombardierung stark zerstört worden. Das Ruinenviertel wurde zum jüdischen Getto erklärt und abgeriegelt.
Zu Beginn waren in dem Getto 30.000 Menschen interniert, von denen bald viele verhungerten, an Krankheiten starben und im Winter erfroren. Immer wieder wurden erneut Menschen dorthin deportiert. Als das Getto 1944 von derRoten Armee befreit wurde, hatten etwa 10.000 Gefangene überlebt; insgesamt sind circa 40.000 Menschen dort gestorben.
Der SchriftstellerEdgar Hilsenrath war mit Mutter, Bruder und Onkel unter den Internierten. Er verarbeitete seine Erlebnisse in dem RomanNacht.[2]
Am 12. Juni 2020 wurde die Stadt zum Zentrum der neugegründetenStadtgemeinde Mohyliw-Podilskyj (Могилів-Подільська міська громада/Mohyliw-Podilska miska hromada). Zu dieser zählen auch die 20 in der untenstehenden Tabelle aufgelisteten Dörfer sowie die AnsiedlungenKoschtulja,Kryschtofiwka,Nowa Hryhoriwka,Odaja undSonjatschne,[3] bis dahin bildete sie zusammen mit den AnsiedlungenOdaja undSonjatschne die gleichnamigeStadtratsgemeinde Mohyliw-Podilskyj (Могилів-Подільська міська рада/Mohyliw-Podilska miska rada) unter Oblastverwaltung im Süden des ihn umgebendenRajons Mohyliw-Podilskyj.
Am 17. Juli 2020 kam es im Zuge einer großen Rajonsreform zum Anschluss des Rajonsgebietes an denRajon Mohyliw-Podilskyj.[4]
Folgende Orte sind neben dem Hauptort Mohyliw-Podilskyj Teil der Gemeinde:
Mogilev-Podolskiy. In: Guy Miron (Hrsg.):The Yad Vashem encyclopedia of the ghettos during the Holocaust. Jerusalem : Yad Vashem, 2009,ISBN 978-965-308-345-5, S. 493–496.