Fernandes wuchs in derLissaboner VorstadtAmadora auf, wo er regelmäßig mit seinem FreundNani Straßenfußball spielte.[1] 2002 wurde er ins Jugendteam vonBenfica Lissabon aufgenommen. Sein Debüt beiBenfica machte er2003/04 in der portugiesischenPrimeira Liga. Er beeindruckte mit seinen guten Leistungen im defensiven Mittelfeld schnell den damaligen Trainer,José Antonio Camacho, und die Fans. Mit seinem Tor gegenGil Vicente machte er sich zum zweitjüngsten Torschütze für Benfica aller Zeiten. Stammspieler – oft an der Seite vonPetit – wurde er in der Saison2004/05. Unter der Leitung vonGiovanni Trapattoni half er dem Team nach einer Durststrecke von 11 Jahren 2005 erstmals wieder den Titel zu holen. Fernandes verpasste während dieser Saison nur fünf Ligaspiele und brachte es auf sieben Europapokaleinsätze, wo Benfica in der Zwischenrunde desUEFA-Cups scheiterte.
Während der Saison2005/06 musste er sich aufgrund einesLeistenbruchs einer Operation unterziehen.[2] In dieser Saison spielte er mit Benfica in derChampions League, wo er ein Tor gegen denFC Villarreal erzielen konnte. Im Viertelfinale war gegen den späteren SiegerFC Barcelona Endstation und in der Liga wurde er mit Benfica Vizemeister.
Im Sommer 2006 platzte ein Wechsel zumFC Portsmouth, da er aufgrund seiner Leistenprobleme durch den Medizincheck fiel. So einigten sich die beiden Klubs zunächst auf ein Leihgeschäft für ein halbes Jahr. Fernandes traf gleich in seinem ersten Spiel für seinen neuen Klub imLigapokal gegenMansfield Town. Später kam er dann aber nur noch zu sporadischen Einsätzen, da er anSean Davis undPedro Mendes nicht vorbeikam. Später enthüllteHarry Redknapp, der damalige Trainer, dass Portsmouth aufgrund einer Klausel im Vertrag den Spieler bei mehr als 12 Einsätzen für 18 Millionen Euro fest hätte verpflichten müssen. Da man das nicht wollte, wurde das Leihgeschäft im Winter 2007 beendet.
Fernandes wurde sofort wieder ausgeliehen diesmal an denFC Everton[3], außerdem unterschrieb er einen längeren Vertrag bei Benfica[4]. Sein erstes Spiel imGoodison Park bestritt er gegen dieBlackburn Rovers. Insgesamt traf er in 9 Spielen zwei Mal, unter anderem gegenManchester United.Anschließend kehrte er wieder zu Benfica zurück, da Everton nur 9 Millionen Euro statt der geforderten 18 bezahlen wollte. Es kam dann zu Rechtsschwierigkeiten beim Transfer nach Everton, eigentlich war der Deal schon fix. Everton sicherte sich die Hälfte der Rechte an Fernandes und Benfica die andere. DiePremier League ließ diesen Deal allerdings nicht zu, da Everton den Spieler nicht vollständig besitzen würde.[5] Everton war sauer, da andere Spieler wieCarlos Tévez oderJavier Mascherano unter diesen Umständen wechseln durften. So wechselte er letztlich für 18 Millionen Euro zumFC Valencia und erhielt dort einen Vertrag bis 2013.[6]
Sein Debüt gab er als Einwechselspieler im Spiel gegenUD Almería, insgesamt bestritt er 7 Ligaspiele für Valencia in dieserSaison. Im Januar 2008 ging Fernandes wieder einmal leihweise zumFC Everton, der auch eine Kaufoption hatte[7], diese aber nicht zog. Zur Saison 2008/09 erklärte Valencias neuer TrainerUnai Emery, dass er Fernandes in seine Pläne einbeziehe. Sein erstes Tor für Valencia machte er am 5. Oktober gegenReal Valladolid.[8] In dieser Saison wurde Fernandes regelmäßig eingesetzt und absolvierte insgesamt 27 Ligaspiele, davon 20 von Anfang an. In der darauffolgenden Saison bestritt er nur sechs Ligaspiele über die volle Spielzeit. In der Wintertransferzeit der Saison 2010/2011 wurde er mit Kaufoption bis zum Ende der Saison an den türkischen VereinBeşiktaş Istanbul ausgeliehen. Besiktas nahm die Kaufoption in Anspruch und verpflichtete den Mittelfeldspieler. Zum Sommer 2014 verließ er die Istanbuler und schloss sichLokomotive Moskau an.[9] In Moskau verbrachte er fünf Jahre, bevor er ligaintern zumFK Krasnodar wechselte. Ein Jahr später nahmKayserispor den Portugiesen unter Vertrag. Im Februar 2022 schloss er sichApollon Smyrnis an.
Im Juni 2007 nahm er mit Portugals U-21 an derU21-EM-2007 teil, wo er alle Spiele bestritt. Auch an derU-21-EM-2006 und der Quali zurU-21-EM-2009 nahm er teil.Sein Debüt für die A-Nationalmannschaft hatte er 2004 gegen dieirische Fußballnationalmannschaft. Sein erstes internationales Tor erzielte er in einem Freundschaftsspiel gegenKanada.