DerKernel einesPC-kompatiblen DOS ist in der DateiMSDOS.SYS beiMS-DOS beziehungsweiseIBMDOS.COM beiPC DOS undDR DOS gespeichert und befindet sich im Hauptverzeichnis des Dateisystems.
MSDOS.SYS wird unterMS-DOS vonIO.SYS initialisiert und lädt die inCONFIG.SYS angegebenenGerätetreiber und Einstellungen. WennCONFIG.SYS fehlt bzw. darin nichts anderes angegeben ist startetMSDOS.SYS daraufhin denKommandozeileninterpreterCOMMAND.COM im Hauptverzeichnis desBootlaufwerks.
Unter PC DOS, das ein von IBM weiterentwickeltesMS-DOS mit gleicherCodebasis ist, heißt die DateiIBMDOS.COM und wird vonIBMBIO.COM aus initialisiert, ist aber sonst identisch.
Unter DR DOS heißt die Datei bis Version 3.41DRBDOS.SYS und ab Version 5.0 ebenfallsIBMDOS.COM. Sie beinhaltet den vonCP/M abgeleitetenBDOS-Kernel und ist erst mit Novell DOS 7 vollständig zu PC DOS und damit auch zuMS-DOS kompatibel. Aufgerufen wird der Kernel aus dem Pendant zuIO.SYS heraus, welches den DateinamenDRBIOS.SYS (bis Version 3.41) bzw.IBMBIO.COM (ab Version 5.0) trägt.
UnterWindows 9x wurdeMSDOS.SYS inIO.SYS integriert und ausMSDOS.SYS wurde eine Konfigurationsdatei[1], die Startoptionen für das auf DOS basierte Windows zulässt.