Der 1050 Kilometer lange, ganzjährig Wasser führende Fluss entspringt auf etwa 1800 Metern im angolanischenHochland von Bié, der feuchtenLundaschwelle. Während er im etwa 300 km langenOberlauf eine Vielzahl vonStromschnellen undSchluchten aufweist, fließt er imMittellauf praktisch eben durch einen Teil desKalahari-Beckens, bevor er kurz vor der namibischen Grenze auf dieGroße Randstufe trifft. Von dort bis zur Mündung in den Atlantik finden sich zahlreiche Stromschnellen undWasserfälle, die bekanntesten und gleichzeitig spektakulärsten sind dieRuacana-Wasserfälle in der Nähe der namensgebenden OrtschaftRuacana und die eindrucksvollenEpupa-Fälle.
Ab Ruacana, wo der Kunene auf die namibische Grenze trifft, bildet der Fluss in westlicher Richtung die natürliche Grenze zwischen Angola und Namibia, bevor er in einem bis zu 30 Kilometer breitenDelta in denSüdatlantik mündet.
DerAbfluss des Kunene weist eine ausgeprägte Saisonalität auf. Nach den starken Niederschlägen imQuellgebiet imSommer beträgt der Abfluss in feuchten Jahren bis zu 1300 Mio. m³, in trockenen werden kaum 50 Mio. m³ erreicht. DerHochwasserscheitel wandert während derRegenzeit flussabwärts und erreicht imMai denUnterlauf bei Ruacana.
Der Abfluss würde von 1961 bis 1997 an der Station Ruacana etwa 200 km oberhalb der Mündung in m³/s gemessen (aus Diagramm abgelesen).[3]
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Am 16. Februar 2020 erreichte der Kunene oberhalb der Ruacanafälle mit einer Wassermenge von 2500 Kubikmeter pro Sekunden seinen höchsten Stand seit mindestens 1982.[4]
Der generelle Wasserreichtum und die permanente Wasserführung des Flusses haben immer wieder zu Plänen für Staudammprojekte (Cunene-Projekt) geführt. Während der Kunene bei Ruacana bereits angestaut ist, was den Ruacana-Wasserfällen viel von ihrer Pracht genommen hat, ist der geplante Staudamm an den Epupa-Fällen sowohl bei Naturschützern als auch bei den hier heimischenHimba auf heftigen Widerstand gestoßen, da der Staudammbau deren traditionelles Stammesgebiet vernichten würde.
Von einer Pumpstation amCalueque-Damm, noch vor den Ruacana-Wasserfällen, verläuft einePipeline und in deren Anschluss ein Kanal nach Namibia, um in dessen nördlicher Region die Wasserversorgung zu verbessern. Das Wasser wird zur Bewässerung landwirtschaftlich genutzter Flächen eingesetzt und in vier Wasseraufbereitungsanlagen zur Trinkwassergewinnung benötigt. Diese Wassernutzung begann mit dem Cunene-Projekt.[5]