Breckinridge war der Sohn von Joseph und Mary Clay (Smith) Breckinridge und damit Spross einer mächtigen Familie. Sein Großvater warJohn Breckinridge,Justizminister unterPräsidentThomas Jefferson. Er besuchte zunächst diePisgah Akademie imWoodford County, Kentucky und ging nach seinem Abschluss 1839 auf demCentre College inDanville, Kentucky zumCollege of New Jersey, der heutigenPrinceton University. Danach studierte Breckinridge Jura an derTransylvania University in Lexington, Kentucky. 1840 wurde er schließlich als Anwalt zugelassen. Zuerst betrieb er seine Anwaltskanzlei inBurlington,Iowa. Doch 1843 kehrte er nach Kentucky zurück und übersiedelte 1845 wieder nach Lexington, wo er als Anwalt und Juradozent an derTransylvania University tätig war. Im Dezember 1843 heiratete erMary Cyrene Burch.
Das Parlament von Kentucky hatte ihn währenddessen in denUS-Senat gewählt. Das Mandat übte er von März bis September 1861 aus. Er unterstützte denCrittenden-Kompromiss in der Hoffnung, einen Krieg vermeiden zu können. Breckinridge verteidigte dieSklaverei nicht, wechselte aber wegen der Behinderung der Operationen seines Staates durch die Bundesregierung die Seiten. Er kehrte im September 1861 nach Kentucky zurück, um dort die provisorische konföderierte Regierung für diesen Staat zu organisieren. Am 4. Dezember 1861 wurde er aus dem US-Senat ausgeschlossen, weil erWashington, D.C. verlassen hatte, um sich denKonföderierten anzuschließen.
Im November 1861 wurde Breckinridge zum General im konföderierten Heer ernannt und diente im Sezessionskrieg unter GeneralAlbert S. Johnston. Er zeichnete sich in den Schlachten vonBowling Green undShiloh aus. Im Juni 1862 wurde er während derSchlacht um Vicksburg zum Divisionskommandeur ernannt und nahm am gescheiterten Sturmangriff aufBaton Rouge,Louisiana teil. Unter GeneralJoseph E. Johnston kämpfte er in derSchlacht bei Jackson und nahm unter GeneralBraxton Bragg Ende 1862 an derSchlacht am Stones River (mit hohen Verlusten seiner so genanntenOrphan Brigade) und im September 1863 an derSchlacht am Chickamauga teil. Im Mai 1864 schlug er GeneralmajorSigel beiNew Market und rückte mit GeneralleutnantEarly im Juli auf Washington, D.C. vor, wobei er im September dessen Niederlage beiWinchester, Virginia teilte. 1864 wurde er zum Befehlshaber des Wehrbezirks westliches Virginia ernannt.Präsident Jefferson Davis ernannte ihn am 6. Februar 1865 zum Kriegsminister. Es war zu diesem Zeitpunkt allerdings zu spät, größere Veränderungen zu bewirken. Im April verließ er mit dem KabinettRichmond, Virginia und entkam nach Kuba.
Nach dem Krieg reiste Breckinridge kreuz und quer durch Europa. 1869 kehrte er nach Lexington zurück, nachdem ihm die US-Regierung die Erlaubnis zur Rückkehr erteilt hatte, und wurde dort wieder Anwalt. Durch das wegen seiner Teilnahme an der Sezession ausgesprochene Verbot, ein öffentliches Amt zu bekleiden, war er nicht mehr in der Lage, am öffentlichen Leben der Nachkriegszeit seines Staates teilzunehmen. Er wurde 1869 Vizepräsident derElizabethtown, Lexington and Big Sandy Railroad Company. Seine Familie war wie viele andere in diesem Konflikt gespalten. Enge Verwandte kämpften auf beiden Seiten des Krieges. Er war eine der vielen Personen, deren Leben und Loyalität durch diesen Bürgerkrieg gespalten wurden. Am 17. Mai 1875 verstarb er in Lexington an den Folgen einer Operation und wurde auf dem dortigen Friedhof begraben.
Jules Witcover:The American Vice Presidency: From Irrelevance to Power. Smithsonian Books, Washington, D. C. 2014,ISBN 978-1-5883-4471-7, S. 129–136 (=14. John C. Breckinridge of Kentucky).
William C. Davis:Breckinridge: Statesman, Soldier, Symbol. Baton Rouge, LA 1974.
Jon L. Wakelyn:Biographical Dictionary of the Confederacy Louisiana State University Press, Baton RougeISBN 0-8071-0092-7
The Civil War Almanac World Almanac Publications, New York, NYISBN 0-911818-36-7