Jmol

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Jmol

Basisdaten

EntwicklerJmol Development Team
Aktuelle Version16.3.7[1]
(22. Dezember 2024)
Aktuelle Vorabversion13.1.4
(10. September 2012)
BetriebssystemPlattformübergreifend
Programmier­spracheJava
KategorieMolekulardesign
LizenzGNU LGPL
deutschsprachigja
jmol.sourceforge.net

Jmol ist einComputerprogramm zur räumlichen Darstellung vonMolekülen. Es steht unter derGNU Lesser General Public License. Da es inJava programmiert wurde, ist es weitgehend plattformunabhängig.[2] EinJava-Applet von Jmol findet bei der Darstellung von Molekülen imWebbrowser Verwendung.[3] beispielsweise innerhalb derProtein Data Bank.[4] Es implementiert und erweitert die StandardsSMILES undSMARTS.[5] Die Software bietet verschiedene Darstellungsmöglichkeiten, wieStab-,Kugel-Stab- undKalottenmodell,Punktwolke undVan-der-Waals-Oberfläche.[2] AuchKristallstrukturen lassen sich darstellen.[6]Vieles kann in Jmol mit derMaus gesteuert werden, beispielsweise lassen sich die Moleküle um alle Raumachsen drehen und in der Größe verändern. Außerdem kann man Atomabstände und Winkel vermessen. Darüber hinaus verfügt Jmol über eine eigeneScriptsprache, die Syntaxelemente vonRasMol undMDL Chime geerbt hat.[7]

Weblinks

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Commons: Jmol – Sammlung von Bildern, Videos und Audiodateien

Einzelnachweise

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  1. ↑Jmol / Version 16.3 / Jmol 16.3.7. (abgerufen am 11. Januar 2025).
  2. ↑abAngel Herraez:Biomolecules in the Computer: Jmol to the Rescue. In:Biochemistry and Molecular Biology Education.Band 34,Nr. 4, 2006,ISSN 1470-8175,S. 255–261,doi:10.1002/bmb.2006.494034042644. 
  3. ↑Egon Willighagen, Miguel Howard:Fast and Scriptable Molecular Graphics in Web Browsers without Java3D. In:Nature Precedings. 2007,ISSN 1756-0357,S. 1–1,doi:10.1038/npre.2007.50.1. 
  4. ↑Peter W. Rose, Bojan Beran, Chunxiao Bi, Wolfgang F. Bluhm, Dimitris Dimitropoulos, David S. Goodsell, Andreas Prlić, Martha Quesada, Gregory B. Quinn, John D. Westbrook, Jasmine Young, Benjamin Yukich, Christine Zardecki, Helen M. Berman, Philip E. Bourne:The RCSB Protein Data Bank: redesigned web site and web services. In:Nucleic Acids Research.Band 39, suppl_1, 2011,ISSN 0305-1048,S. D392–D401,doi:10.1093/nar/gkq1021. 
  5. ↑Vincent F. Scalfani, Antony J. Williams, Valery Tkachenko, Karen Karapetyan, Alexey Pshenichnov, Robert M. Hanson, Jahred M. Liddie, Jason E. Bara:Programmatic conversion of crystal structures into 3D printable files using Jmol. In:Journal of Cheminformatics.Band 8,Nr. 1, 2016,ISSN 1758-2946,S. 66,doi:10.1186/s13321-016-0181-z,PMID 27933103. 
  6. ↑R. M. Hanson:Jmol – a paradigm shift in crystallographic visualization. In:Journal of Applied Crystallography.Band 43,Nr. 5, 2010,ISSN 0021-8898,S. 1250–1260,doi:10.1107/S0021889810030256. 
  7. ↑Angel Herráez:How to Use Jmol to Study and Present Molecular Structures. Lulu.com, 2008,ISBN 978-1-84799-259-8,S. 9. 
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