Hernych startete 1998 seine Profi-Karriere und setzte in der Anfangszeit mit zweiITF-Turniersiegen erste Akzente. 1999 besiegte er mit dem SpanierAlbert Portas seinen ersten Top-100-Spieler. Zwei Jahre später feierte er inTulsa seine erstenChallenger-Erfolg: Er gewann das Finale gegenVincent Spadea mit 7:5, 7:5.
InPrag gewann er2004 sein zweites Challenger-Turnier und nahm erstmals an Turnieren derATP World Tour teil. Dabei errang er mehrere Achtungssiege, unter anderem gegen den damaligen Weltranglisten-ZwölftenMark Philippoussis und den BrasilianerGustavo Kuerten. Des Weiteren spielte er inWimbledon, schied allerdings bereits in der ersten Runde aus. Im August 2004 befand Hernych sich erstmals unter den Top 100 derWeltrangliste.
Im Jahr darauf festigte er seine Top-100-Position und verteidigte seinen Titel in Prag. Zudem zog er bei drei der vier Grand-Slam-Turniere in die zweite Runde ein, nur dieUS Open beendete er in der Auftaktrunde. Im April 2006 bezwang er inValencia die damalige Nummer sechsNikolai Dawydenko mit 7:5, 7:5, was seinen bis dato einzigen Sieg gegen einen Top-10-Spieler darstellte. Zwei Monate später feierte er mit dem Finaleinzug in das ATP-Turnier in’s-Hertogenbosch eine weitere Premiere, verlor aber gegenMario Ančić in drei Sätzen.
Am 27. April 2009 erreichte Hernych mit Platz 59 seine bisher beste Weltranglisten-Platzierung. Sein größter Erfolg ist das Erreichen der dritten Runde derAustralian Open 2011. Er gewann als Qualifikant in der ersten Runde mit 6:3, 6:4, 3:6, 6:2 gegenDenis Istomin. Die darauffolgende Partie gegenThomaz Bellucci entwickelte sich zum Marathon-Spiel: Erst nach 4 Stunden und 36 Minuten verwandelte Hernych seinen Matchball zum 6:2, 6:7 (11:13), 6:4, 6:7 (3:7), 8:6. In der dritten Runde verlor er schlussendlich deutlich gegenRobin Söderling.
Seit 1998 ist Hernych auch regelmäßig in Doppel-Turnieren vertreten. 2002 feierte er an der Seite vonShaun Rudman inWolfsburg seinen ersten Challenger-Turniersieg, ein Jahr später war er zusammen mitUros Vico inAptos erfolgreich. 2009 gewann er als Doppelpartner vonIvo Minář das ATP-Turnier inMünchen durch ein 6:4, 6:4 gegen die damaligen Top-30-SpielerAshley Fisher undJordan Kerr.
Sein letztes Profiturnier spielte Hernych im Februar 2018, wo er in der ersten Runde der Qualifikation anJoão Souza scheiterte.