Fadolivirus
Ultradünnschnitt vonFadolivirus-Partikeln in einerWirtszelle vonVermamoeba vermiformis, 36 h nach Infektion[2]
Systematik
Klassifikation: Viren Realm: Varidnaviria Reich: Bamfordvirae Phylum: Nucleocytoviricota Klasse: Megaviricetes Ordnung: Imitervirales Familie: Mimiviridae Unterfamilie: Klosneuvirinae[1] Gattung: Fadolivirus[1]
Taxonomische Merkmale
Genom: dsDNA linear nicht-segmentiert Baltimore: Gruppe 1 Symmetrie: ikosaedrisch Hülle: mehrschichtig
Wissenschaftlicher Name
Fadolivirus
Links
ICTV Taxon History: 202215030 (Gattung), 202215044 (Sp.FV1) NCBI Taxonomy: 2763561 (Gattung), 3060017 (Sp.FV1) NCBI Reference: MT418680, MT418681

Fadolivirus ist eine vomInternational Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) im April 2023 bestätigteGattung vonRiesenviren in derFamilieMimiviridae, UnterfamilieKlosneuvirinae.Als bisher einzigeSpezies (Art) dieser Gattung wurdeFadolivirus algeromassiliense bestätigt^[1] (mit Referenzstamm Fadolivirus FV1/VV64).^[1][3]Weitere vorgeschlagene Spezies sind „Fadolivirus FV2“ (Referenzstamm Fadolivirus FV2/VV64)^[4][2] und „Fadolivirus sp. IHUMIVV-54“ (Referenzstamm Fadolivirus IHUMI-VV54).^[5][6]

Molekulargenetische Untersuchungen zeigten, dass diese Viren in die Verwandtschaft derKlosneuviren gehören, für die das ICTV im April die UnterfamilieKlosneuviridae einrichtete.^[2][6][1]

Bemerkenswert ist, dass sich die Viren vonFadolivirus algeromassiliense zusammen mitAmöben der SpeziesVermamoeba vermiformis als ihremWirtkultivieren lassen.^[2][6] Die ersten Vertreter dieser Gruppe, die inKlosterneuburg gefundenen mutmaßlichen Gattungen „Klosneuvirus“, „Catovirus“, „Hokovirus“ und „Indivirus“, sind bislang nur ausMetagenomikanalysen bekannt (Stand April 2023).^[7]

Offenbar istVermamoeba vermiformis für alle Spezies der Gattung ein geeigneter Wirt (sieheSystematik).

Fadolivirus algeromassiliense ist die offizielle Bezeichnung der zuerst gefundenenFadolivirus-Art (frühere provisorische BezeichnungFadolivirus FV1).^[1][3][8] Der Stamm Fadolivirus FV1/VV64 stammt aus einer Abwasserprobe, die im Mai 2017 von Boudjemaaet al. in der Nähe des Bahnhofs vonSidi bel Abbès,Algerien entnommen wurde (35,2° N,0,6414° W35.2-0.64138888888889).^[8][2] Wie von diesem Team 2020 berichtet, konnte er aufAmöben der ArtVermamoeba vermiformis kultiviert werden. ImUltradünnschnitt zeigten sichikosaedrischeViruspartikel (Virionen), die eine Größe von etwa 300 nm hatten und auf demKapsid kurze Fibrillen hatten (vgl. Wildtyp M1 vonMimivirus bradford­massiliense). Zum Innern hin zeigte sich eine zunehmende Packungsdichte der viralenDNA, was imElektronenmikroskop als dunkler („elektronendichter“) Kern erscheint, die schließlich mehrere Lagen aufweist, ähnlich wie beimBodo-saltans-Virus (Theia­virus salishense, ebenfalls UnterfamilieKlosneu­virinae).^[2]

Das Genom des Virus besteht aus zwei Teilen (englischscaffolds).^[6]Die Genomanalyse bestätigte die Verwandtschaft mit den inKlosterneuburg gefundenen Klosneuviren mit einer Genomlänge von mehr als 1,5 Mbp (Megabasenpaaren):Einephylogenetische Analyse auf der Grundlage derRNA-Polymerase-Untereinheit 1 zeigt eine Nähe zu diesen aus derMetagenomik rekonstruierten Viren, insbesondere zeigte dieMaximum-Likelihood-Methode einen geringen Abstand diesesFadolivirus-Stamms zu „Indivirus“ und „Klosneuvirus“.^[2]

In den im Mai 2017 von Boudjemaa entnommenen Abwasserproben aus der Bahnhofsumgebung von Sidi bel Abbès, Algerien, fand sich noch ein weiteres Virus, das vermutlich derselben Gattung angehört (Fadolivirus FV2/VV64). Es gibt derzeit (Stand 10, Mai 2023) noch keine offizielle Bestätigung der Spezies mit der provisorischen Bezeichnung „Fadolivirus FV2“.^[4][1]

Im September 2021 berichteten Julien Andreaniet al. vom Fund und derCo-Kultivierung einer weiteren mutmaßlichenFadolivirus-Spezies. Referenzstamm ist IHUMIVV-54 aus einer ebenfalls algerischen Probe vom September 2017.^[6][5] Das Virus hat ebenfalls einikosaedrisches Kapsid, seine Genomgröße beträgt 1,59 Mbp (Megabasenpaare) und derGC-Gehalt liegt bei 27,10 %. Es kodiert 66tRNAs (Transfer-RNAs), 23Aminoacyl-tRNA-Synthetasen und besitzt 11Kapsidproteine. Es konnte mitVermamoeba vermiformis (Stamm CDC19) kultiviert werden. Die phylogenetischen Analysen bestätigten die Klassifizierung unter denKlosneuvirinae. Eine Bestätigung durch das ICTV steht auch hier noch aus (Stand 10. Mai 2023).^[6]

Nach den Informationen von Andreaniet al. (2021), Boudjemaaet al. (2020) und derTaxonomie des ICTV, ergänzt um die imNational Center for Biotechnology Information (NCBI) dokumentierten Vorschläge und Gensequenzen, ergibt sich für die Systematik der GattungFadolivirus folgendes Bild:

OrdnungImitervirales, Familie:Mimiviridae

• UnterfamilieKlosneuvirinae
  • GattungFadolivirus^[9]
    • SpeziesFadolivirus algeromassiliense^[8][2]
      mitFadolivirus FV1/VV64, Wirt:Vermamoeba vermiformis
    • Spezies „Fadolivirus FV2“^[4]
      mit Fadolivirus FV2/VV64, Wirt:Vermamoeba vermiformis
    • Spezies „Fadolivirus sp. IHUMI-VV54“^[5][6]
      mit Fadolivirus strain IHUMI-VV54 (mit Schreibvariante IHUMIVV-54), Wirt:Vermamoeba vermiformis

Phylogenie nach Boudjemaaet al. (2020):^[2]

Eine neuere, ausführlichere Phylogenie nach Andreaniet al. (2021), Fig. 5, zeigt eine veränderteTopologie, vereinfacht wie folgt:^[6]

• Clara Rolland, Julien Andreani, Amina Cherif Louazani, Sarah Aherfi, Rania Francis, Rodrigo Rodrigues, Ludmila Santos Silva, Dehia Sahmi, Said Mougari, Nisrine Chelkha, Meriem Bekliz, Lorena Silva, Felipe Assis, Fábio Dornas, Jacques Yaacoub Bou Khalil, Isabelle Pagnier, Christelle Desnues, Anthony Levasseur, Philippe Colson, Jônatas Abrahão, Bernard La Scola:Discovery and Further Studies on Giant Viruses at the IHU Mediterranee Infection That Modified the Perception of the Virosphere. In:MDPI:Viruses, Band 11, Nr. 4, März/April 2019, pii: E312;doi:10.3390/v11040312,PMC 6520786 (freier Volltext),PMID 30935049.
  Anm.:Yasminevirus,Fadolivirus, sowie „Clandestinovirus“ und „Usurpativirus“ (Vorschläge aus der Metagenomik) repräsentieren eine gemeinsame neueUnterfamilie –Familie –Klosneuvirinae, deren erster isolierter Vertreter dasBodo-saltans-Virus ist.
• Khalil Geballa-Koukoulas, Bernard La Scola, Guillaume Blanc, Julien Andreani:Diversity of Giant Viruses Infecting Vermamoeba vermiformis. In:Frontiers in Microbiology, Band 13, 22. April 2022, S. 808499;doi:10.3389/fmicb.2022.808499,PMID 35602053,PMC 9116030 (freier Volltext),PDF.

1. ↑^abcdefgICTV:Master Species Lists § ICTV Master Species List 2022 MSL38 v1 (xlsx), 8. April 2023.
2. ↑^abcdefghiHadjer Boudjemaa, Julien Andreani, Idir Bitam, Bernard La Scola:Diversity of Amoeba-Associated Giant Viruses Isolated in Algeria. In:MDPI:Diversity, Band 12, Nr. 6, 215, Special Issue Giant Virus Biology and Biodiversity, 29. Mai 2020;doi:10.3390/d12060215.
3. ↑^abFrank O. Aylward, Jônatas S. Abrahão, Corina P. D. Brussaard C, Matthias G. Fischer, Mohammad Moniruzzaman, Hiroyuki Ogata, Curtis A. Suttle:Create 3 new families, 3 subfamilies, 13 genera, and 20 new species within the orderImitervirales (phylumNucleocytoviricota) and rename two existing species (zip:docx). Vorschlag 2022.004F an das ICTV vom Oktober 2021.
4. ↑^abcNCBI Taxonomy Browser:Fadolivirus 2 (species), Nucleotide:Fadolivirus 2 strain FV2/VV64, …
5. ↑^abcNCBI Taxonomy Browser:Fadolivirus (species), Nucleotide:Fadolivirus strain IHUMIVV-54 …
6. ↑^abcdefghiJulien Andreani, Frederik Schulz, Fabrizio Di Pinto, Anthony Levasseur, Tanja Woyke, Bernard La Scola:Morphological and Genomic Features of the New Klosneuvirinae Isolate Fadolivirus IHUMI-VV54. In:Frontiers in Microbiology, Band 12, Section Virology, 21. September 2021, S. 719703;doi:10.3389/fmicb.2021.719703,PMID 34621250,PMC 8490762 (freier Volltext).
   Zitat:The two scaffolds of Fadolivirus IHUMI-VV54 are available on the NCBI website under accession numbers MT418680.1 and MT418681.1. Die beiden genannten Zugriffsnummern zeigen aber auf FV1/VV64 bzw. FV2/VV64; eine Sequenz zu IHUMIVV-54 hat dagegen Zugriffsnummer MT394894.1 (unklar).
7. ↑Frederik Schulz, Natalya Yutin, Natalia N. Ivanova, Davi R. Ortega, Tae Kwon Lee, Julia Vierheilig, Holger Daims, Matthias Horn,Michael Wagner:Giant viruses with an expanded complement of translation system components. In:Science. 356. Jahrgang,Nr. 6333, 7. April 2017,S. 82–85,doi:10.1126/science.aal4657,PMID 28386012,bibcode:2017Sci...356...82S (englisch,sciencemag.org). , UCPMS ID: 1889607,escholarship.org (PDF; 1,8 MB).
8. ↑^abcNCBI Taxonomy Browser:Fadolivirus 1 (species).
9. ↑NCBI Taxonomy Browser:Search: Fadolivirus (token set).

• Virusgattung
• Mimiviridae