Moyá begann seine Profikarriere 1995. Im selben Jahr gewann er inBuenos Aires seinen ersten ATP-Titel. Sein erstes Finale bei einemGrand-Slam-Turnier erreichte Moyá 1997 bei denAustralian Open. Auf dem Weg dorthin schlug er u. a.Boris Becker undMichael Chang. Im Finale unterlag er dem WeltranglistenerstenPete Sampras. Im selben Jahr erreichte Moyá das Halbfinale der ATP-WM in Hannover, wobei er in der Vorrunde diesmal Sampras bezwingen konnte. Im Halbfinale unterlag er dannJewgeni Kafelnikow.
1998 gewann Moyá mit denFrench Open seinen einzigen Grand-Slam-Titel. Zudem erreichte er dasFinale der ATP-WM, wo erÀlex Corretja unterlag. Am 15. März 1999 war Moyá die Nummer 1 der Welt. Er hielt die Spitzenposition der Weltrangliste zwei Wochen lang.
Nach zwei schwächeren Jahren gewann Moyá 2002 das Masters inCincinnati und qualifizierte sich für denMasters Cup in Shanghai. Dort erreichte er das Halbfinale, in dem erJuan Carlos Ferrero unterlag. 2004 gewann er das Masters-Turnier vonRom. 2007 erreichte Moyá das Viertelfinale derFrench Open und unterlag dortRafael Nadal mit 4:6, 3:6 und 0:6. Ende Juli gewann er mit dem Turnier vonUmag seinen letzten Einzeltitel.
Im April 2009 ließ sich Moyá nach einer Verletzung an der Hüfte operieren, er musste anschließend eine mehrmonatige Zwangspause einlegen. Anfang des Jahres 2010 kehrte er auf die ATP Tour zurück, scheiterte aber meist in der ersten Runde. So unterlag er unter anderem dem DeutschenBenjamin Becker beimMadrid Masters glatt mit 0:6 und 2:6. Dieses Match im Mai 2010 war sein letztes auf der Tour. Im November 2010 verkündete Moyá aufgrund anhaltender Fußprobleme seinen Rücktritt vom professionellen Tennis. Er wurde im Rahmen derATP Finals in London feierlich verabschiedet.[1]
Nach dem Leistungssport spielte Moyá auf derATP Champions Tour. Zudem war er von 2013 bis Ende 2014 zwei Jahre lang Kapitän derspanischen Davis-Cup-Mannschaft, für die er in seiner aktiven Zeit eine Bilanz von 20:7 vorweist.
Seit 2017 ist er im Trainerteam vonRafael Nadal und nachToni Nadals Rückzug seit 2018 dessen Haupttrainer.
Moyá hatte mit bis zu 218 km/h einen sehr hartenAufschlag. Im Wettkampf versuchte er hauptsächlich seine starke Vorhand einzusetzen. Die Rückhand spielte er beidhändig. Er war besonders auf Sandplätzen erfolgreich. Obwohl er Linkshänder ist, spielte er Tennis mit der rechten Hand.