Howard skiftede i juli 2006 tilEverton på en lejeaftale. Efter en imponerende sæson på lån, så blev skiftet gjort permanent i februar 2007.[5] Han var i med det samme fast mand på Everton holdet, og spillede den 8. november 2008 sin kamp nummer 100 for klubben.[4]
I løbet af 2011-12 scorede han et mål, da et langt udspark, takket være en meget stærk vind, fløj hele vejen ned til modstanderens mål, og hoppede overBolton-målmandÁdám Bogdán. Howard nægtede at fejre målet, da han ikke synes det var retfærdigt overfor Bogdán, som ikke stod en chance som resultat af den stærke vind imod ham.[6]
Hans imponerende statistik med at have spillet i 210Premier League kampe i steg, som strakte tilbage til september 2007, kom til sin ende i marts 2013 som resultat af en skade til sin finger. Han var kun 3 kampe for at slå Evertons klubrekord på 212 kampe i streg, sat afNeville Southall.[7]
Howard forsatte i rollen som førstevalgsmålmand frem til februar 2016, hvor som resultat af flere skader og en række dårlige kampe, blev sat på bænken til fordel forJoel Robles. Han forlod Everton i marts af samme år efter at have spillet mere end 400 kampe for klubben på tværs af alle turneringer.[8]