Riigikogu vælger hvert femte år Estlands præsident, der overvejende har ceremonielle opgaver, idetregeringen har denudøvende magt. Regeringen udgår fra parlamentet og er afhængig af at have opbakning blandt et flertal her. Parlamentet ledes af et præsidium bestående af tre medlemmer; en formand og to næstformænd.
Den første Riigikogu-forsamling blev valgt i1920, og valgperioderne regnes fra og med denne. Imellemkrigstiden blev der valgt seks parlamenter. Det parlament, der blev valgt i1938 fik sin periode afbrudt af Sovjetunionens invasion og besættelse. Mellemkrigstidens parlamenter havde forskellige roller og mandater, ligesom Estland i de år havde fleregrundlove.
Efter at Estland i august1991 atter blev selvstændigt, skiftede organet navn til Riigikogu som led i overgangen tilsuveræntdemokrati. Fra1992 har der været afholdt almindelige frie valg til parlamentet med baggrund i landets nye grundlov, der blev vedtaget ved enfolkeafstemning i juni 1992. Den siddende rigsdagsforsamling blev valgt i 2011 og er den 12. i rækken.