De første hvide kom til området omkring1730'erne. På dette tidspunkt var området beboet afMonocan indianere. Nogle af nybyggerne, som især var afirsk,skotsk ellertysk afstamning slog sig ned ved et gammelt indianerspor, og etablerede bebyggelsen"Gilbert Campbell's Ford" vedNorth River, nuMaury River[1]. Byen fik sit nuværende navn i1777,[2] da den blev det administrative centrum i Rockbridge County. Navnet blev valgt for at hædre frihedskrigens første store slag, der fandt sted vedLexington iMassachusetts.Thomas Jefferson, der ejede jord i området, skal have haft indflydelse på navnet på såvel by som amt. Sidstnævnte blev opkaldt efter VirginiasNatural Bridge, som lå på Jeffersons jord.
Byen var ikke stor i de første år. Faktisk var den kun ca. 400 m lang og 300 meter bred, men den voksede hurtigt og blev tidligt kendt som uddannelsesby. I1790 blevLiberty Hall Academy grundlagt lige uden for byen. Senere blev navnet ændret tilWashington College og endnu senere til Washington and Lee University.
I1816 besluttede staten Virginias regering at etablere tre våbendepoter i staten, og det ene blev placeret i Lexington. I1839 åbnede Virginia Military Institute i byen – det første statslige militærakademi i USA. Blandt lærerne ved VMI var den senere borgerkrigsgeneral,Thomas Jackson, der underviste ved akademiet fra1851 til1861, da denamerikanske borgerkrig brød ud. Under krigen blev byen udsat fra angreb fra nordstatstropper under generalDavid Hunter, som angreb VMI.
I1860 komjernbanen til byen, og det fik denne til at vokse. I1935 blev der bygget en ny bro over Maury River, ogU.S. Highway 11 fik omlagt sin rute til den nuværende, og i1956 blev der konstrueret en omfartsvej rundt om byen. I begyndelsen af1960'erne blevInterstate Highway 81 anlagt gennem Shenandoah Valley og ogsåInterstate Highway 64 blev anlagt i denne periode. De to motorveje mødes lige uden for Lexington.