Morton blev allerede i1881 opfordret til at være vicepræsidentkandidat for præsidentJames Garfield, men takkede nej til det. Havde han accepteret dette tilbud ville han have været blevet USA's 21. præsident, da Garfield blev skudt og dræbt i juli 1881. I stedet blev han ambassadør iFrankrig og indirekte skyld i attentatet mod Garfield, da dette blev udført af manden, som ønskede denne stilling.
Han blev en meget populær ambassadør i Frankrig og var virksom i at fremme handelen mellem de to lande.
Efter hjemkomsten fra Frankrig valgtes han som vicepræsident. Efter denne periodes afslutning blev Mortonguvernør for New York fra 1895 – 1896. Herefter trak han sig tilbage fra den politiske arena og genoptog sit liv som forretningsmand, denne gang med køb og salg af ejendomme.