Waldheim var som ung medlem af ennazistisk studenterforening og nazistisk paramilitær rytterienhed, omend han efterfølgende har bestridt at have underskrevet medlemsansøgninger. Som 23-årig gjorde han tjeneste som ordonnansofficer i det besatteGrækenland og senere iJugoslavien. Waldheim havde ikke stillinger, der gav ham direkte indflydelse på fxjødedeportationer ogmassakrer mod civilbefolkningen, men var til stede ved stabsmøder, der har givet ham indsigt i, hvad der foregik, herunder i krænkelser affolkeretten. Waldheim påstod i sinselvbiografi fra1977, at han trak sig fra aktiv tjeneste efter at være blevet såret i december1941. Løgnen blev afsløret i marts1986 af WJC (Den jødiske verdenskongres). Deres daværende juridiske rådgiver, Eli Rosenbaum havde fremskaffet et fotografi af Waldheim i løjtnantuniform iJugoslavien i maj1943, stående ved siden af SS-oberst Artur Phleps fra den berygtede Prinz Eugen-division. Fra april1942 havde Waldheim genoptaget aktiv tjeneste, og deltaget i den brutale kamp modbosniskepartisaner, som gjorde ham fortjent til kong Zvonimir-medaljen med egeløv for "tapperhed under ild". Medaljen blev uddelt afUstasja-regimet. I foråret 1943 tjenestegjorde Waldheim iThessaloniki, mens byens ca 54.000 jøder blev deporteret, og efterretningsenheden i Waldheims armégruppe E stod ansvarlig for drabene på syv britiske soldater fra Special Boat Service, der var taget til fange i april 1944.[1]
Efter krigen vendte Waldheim tilbage tilWien, hvor han i1945 afsluttede sinejurastudier.
I perioderne1964-68 og 1970-71 var Waldheim Østrigs FN-ambassadør. I1972 valgtes han til FN's generalsekretær og bestred dette embede i to femårsperioder. Hans kandidatur for en tredje periode blev forhindret af etkinesiskveto iSikkerhedsrådet i december1981.
Ved præsidentvalget i 1986 opstillede Waldheim som kandidat for det konservative østrigske folkeparti (ÖVP). Det østrigske nyhedsmagasinProfil afslørede under valgkampen, at han i sinselvbiografi havde løjet om sin stilling underanden verdenskrig. Valgkampen blev usædvanligt skarp. Waldheims støtter talte om en "skraldespandskampagne", men resultatet blev, at Waldheim vandt valget. Mange østrigere betragtede afsløringerne som en jødisk kampagne. "Vi østrigere vil vælge, hvem vi vil!" stod der på enplakat.Simon Wiesenthal var allerede i1979 blevet anmodet afIsrael om at granske Waldheims fortid, fordi han som generalsekretær i FN viste sig tydeligt partisk i favør af araberlandene. Wiesenthals undersøgelser konkluderede med, at selv om Waldheim havde løjet, var han øjensynligt ingen krigsforbryder.Beate Klarsfeld udtalte, at "det at Wiesenthal holder til i Wien, er en af grundene til, at der ikke blev gjort noget med Waldheims fortid, da han blev generalsekretær i FN".[2] Eli Rosenbaum fra WJC mente, at fortielserne også skyldtes, at Wiesenthal ikke ville risikere, at socialisterne gik af med valgsejren.[3]
Den østrigske regering iværksatte en international historikerundersøgelse for at dokumentere Waldheims aktiviteter under krigen. Undersøgelsen påviste ingen krigsforbrydelser, men fastslog, at Waldheims fremstilling af sin militære fortid på en række områder ikke stemte overens med undersøgelsens resultater. Waldheim havde forsøgt at skjule sin militære fortid og, hvor dette ikke var muligt, at bagatellisere den. Han påstod i sin selvbiografi, at han sluttede i aktiv fronttjeneste i december 1941, mens han i virkeligheden havde væretsoldat påBalkan undergeneral Alexander Löhr, efter krigen kendt som "Slagteren fra Balkan" og henrettet somkrigsforbryder. Som liaison-officer ogtolk overforitalienske enheder tyder ingenting på, at Waldheim begik nogen krigsforbrydelse. Problemet var, at han løj om sin fortid.[4]
Offentliggørelsen af undersøgelsen forårsagede en regeringskrise i1988, kort før 50-årsdagen forØstrigs indlemmelse idet tredje rige. Mange så i Waldheim-sagen et symptom på Østrigs manglende opgør med landets nazistiske fortid.
På forslag fra jødiske organisationer blev Waldheim i1987 opført på den amerikanske liste over uønskede personer. Han kunne således ikke rejse tilUSA.[5]
I1990 rejste Waldheim – umiddelbart førgolfkrigen – tilBagdad for, med succes, at udvirke frigivelse af de østrigske ogschweiziske gidsler, somSaddam Hussein holdt som skjold mod angreb. I1995 blev det kendt, atMossad havde plantet falske dokumenter for at sætte Waldheim i et dårligt lys. Grunden var, at han stillede sig kritisk til påståede israelske overgreb i det sydligeLibanon.[6]
De fleste vestlige lande valgte under Waldheims præsidentperiode at undgå personlige kontakter på højt niveau med ham.