I1555 dødeHenrik 2. af Navarra, og Johanne og hendes mand blev Navarras regentpar. I sine første regeringsår indkaldte Johanne til en konference medhugenotministrene og erklærede efterfølgendecalvinismen somstatsreligion i Navarra. Magtkampen mellemkatolikker oghugenotter om det franske hof og hele Frankrig ledte tilreligionskrig. Anton af Bourbon valgte at støtte katolikkerne. Efter hans død blev sønnen Henrik «første prins av blodet».
I 1567 brød religionskrigen ud igen, og Johanne flygtede til hugenotternes byLa Rochelle. I forbindelse med fredsforhandlingerne indledte hun officielle samtaler om et giftemål mellem sønnenHenrik og den franske konges søsterMargarete. Johanne døde i Paris i1572, to måneder før brylluppet.