Navnet GNU er etrekursivtakronym, der står forGNU's Not Unix (GNU er ikke Unix).
Forkortelsen er et ordspil på velkendte programnavne indenforUNIX-verdenen. Et særdeles udbredt program, som anvendes til at skriveoversættere (engelsk: compiler), hed "Yet Another Compiler Compiler" altså "YACC" som udtales på samme måde som det engelske ord forYakokse. Efterfølgeren hertil blev derfor kaldt "Bison". Bemærk, at GNU'sstyresystemHurd følger trenden (HURD står forHIRD of Unix-Replacing Daemons, hvor HIRD står forHURD of Interfaces Representing Depth, sådan at de to akronymer er gensidigt rekursive).
Unix var navnet på et beskyttet operativsystem allerede i udstrakt brug. Sidenteknologien som lå til grund havde vist sig at være teknisk god, blev GNU-systemet designet til at være kompatibelt med det. Unix-arkitekturen tillod at GNU blev skrevet som individuelle programvarekomponenter, hvor komponenter som allerede var frit tilgængelige - som fxTeX satssystemet ogX Windows grafiske system - kunne blive tilpasset og genbrugt. De resterende ville blive skrevet fra bunden af.
For at sikre sig at GNU-programmellet ville forblive fri for alle brugere til at køre, kopiere, modificere og distribuere, ville projektet blive frigivet under enlicens som var designet til at give alle de rettigheder og samtidig forhindre at det blev pålagt yderligere restriktioner. Denne idé blev kaldtcopyleft - som et ordspil på det engelske ord for ophavsret "copyright" - og blev taget ind iGNU General Public License (GPL).
I1985 stiftede StallmanFree Software Foundation (FSF), en organisation med det formål at give logistisk, juridisk og finansiel støtte til GNU projektet. FSF har også hyret programmører udefra til at bidrage til GNU. En stor andel af udviklingen blev (og bliver) gjort af frivillige. I de senere år er GNU blevet mere kendt, og interesserede firmaer er begyndt at bidrage til udviklingen eller sælge GNU-programvare og give teknisk støtte.
I1990 havde GNU-systemet tekstbehandleren Emacs, en meget succesrig optimerende compiler (GCC), og det meste af kernebibliotekerne og værktøjerne til en standard Unix-distribution. Hovedkomponenten som fortsat manglede var kernen, hvilket løstes ved at Linus Thorvalds lavede sin egen og frigav den under GPL.