I 2001 udgav han den første bog iArtemis Fowl-serien og fik verden over en bestseller-plads. Siden har han udgivet 7 bøger i serien (eksklusiv ekstra materialer) og over 19 bøger til i dag.
I 2009 udgav han bogenAirman og blev desuden færdig med det 6. bind iArtemis Fowl-serien.
I 2010 udgav han 7. bind iArtemis Fowl-serien.
Det første bind iArtemis Fowl er udkom i 2007 som tegneserie på engelsk. Og den anden kom 2009. Der går rygter om, at det 3. bind også snart udkommer som tegneserie. Ingen af dem er oversat til dansk.
De første fem romaner iHitchhiker "trilogien" blev skrevet afDouglas Adams. Adams' enke, Jane Belson, og forlaget der har rettighederne til Adams' bøger bad Colfer om at skrive endnu en bog, som Adams havde planlagt til serien. Colfer var allerede fan af serien og så muligheden som "lige pludseligt at blive tilbudt en superkraft efter eget valg ... I årevis har jeg afsluttet denne fantastiske historie i mit hoved, og nu har jeg muligheden for at gøre det i virkeligheden ... Det er en gave fra guderne. Så tak, Thor og Odin."[3]
Colfer arbejder i øjeblikket med adskillige nye udgivelser, blandt andet bogenPlugged, men han arbejder også på at få bådeArtemis Fowl ogAirman filmatiseret.