Området består i dag afChagosøerne, der er ubeboede, bortset fra øenDiego Garcia, der huser en amerikanskmilitærbase. Den lokale befolkning blev tvangsflyttet i perioden 1967-73. Der er ikke muligt at besøge området uden særlig tilladelse.
Storbritannien har meddelt Mauritius, at området vil blive givet tilbage til Mauritius, når øerne ikke længere har militær betydning.
Storbritannien lader til at ville overdrage Chagosøerne til Mauritius i 2024.[5]
Området blev opdaget i 1500-talet af portugisiske søfarende. Området var ubeboet og påkaldte sig begrænset interesse, men franskmændene etablerede i slutningen af 1700-tallet kokosnødplantager på øerne ved brug afslaver. I forbindelse med oprettelsen af plantagerne, lagde franskmændene området ind under den den franske koloniMauritius, der også omfattedeSeychellerne. Overhøjheden over området var omstridt mellem Frankrig og Storbritannien indtil indtil 1814, hvor Mauritius, Seychellerne og tilhørende områder blev overdraget til Storbritannien i forbindelse med Frankrigs nederlag i densjette koalitionskrig og den efterfølgendefredsaftale.
Storbritannien udskilte i 1965 Chagosøerne fra Mauritius og øerneAldabra,Farquhar ogDesroches (Des Roches) fra Seychellerne og lod disse udskilte områder indgå i British Indian Ocean Territory. Ved udskillelsen, der skete i forbindelse med, atMauritius opnåede selvstændighed fra Storbritannien i 1968, modtog 3.000.000britiske pund.
Formålet med udskillelsen af øerne i et selvstændigt område under britisk overhøjhed var at oprette en militærbase til fordel for Storbritannien og USA. Øerne blev formelt oprettet den 8. november 1965. Den 23. juni 1976 blev Aldabra, Farquhar og Desroches returneret til Seychellerne i forbindelse med, at Seychellerne opnåede selvstændighed fra Storbritannien. Herefter har BIOT alene bestået af Chagosøerne.
Beboerne på Chagosøerne, kaldet 'Ilois' ('Øboerne'), der overvejende bestod af efterkommere af slavearbejderne i plantagerne, blev i 1967-73 tvangsflyttet til Mauritius. Mauritius modtog i 1973 en kompensation fra Storbritannien på £650.000 for at huse de tvangsflyttede beboere fra Chagosøerne. Tvangsflytningen har dog siden fortsat givet anledning til debat og kritik, og Storbritannien betalte i 1982 yderligere £ 4.000.000 til en fond, der skulle sikre de forflyttede øboere bedre forhold. I 2002 fik beboere i BIOT, herunder et større antal øboere, britiskstatsborgerskab.
En række tvangsforflyttede øboere anlagde sag mod Storbritannien vedDen Europæiske Menneskerettighedsdomstol, der dog afviste sagen, da øboerne havde accepteret de oprindelige forlig, der var indgået i sagen og de dertil knyttede kompensationer.
