Med et afvandingsareal på 1.855.000 km² har Amur det 4. største i Rusland efterJenisej,Ob ogLena og er verdens 10. længste flodsystem. Amurs flodsystem fra kildeflodenArguns uspring er 4.444 km langt.[1] og omfatter 10.610 floder (hvoraf 1.684 vandløb er kortere end 10 km) og 61.426 søer med et areal på 10 599 km² (herunder stagnerende Torreyskie søer).
Amurs floddal betragtes som tre afsnit: i den øverste del af Amurs løb, til udmundingen af floden Zeja, ca. 880 km, er strømhastigheden 5,3 km/t, i den midterste del af Amurs løb, fra udmundingen af Zeja til udmundingen af Ussuri, ca. 975 km, er strømhastigheden 5,5 km/t, og i den nedre del af Amurs løb, fra udmundingen af Ussuri til Nikolaevsk-on-Amur, ca. 966 km, er strømhastigheden 4,2 km/t.
Regn udgør 75% af den årlige afstrømning fra Amur og sommer- og efterårsregnskyl medfører store udsving i vandstanden, der har væsentlig indflydelse på forholdene i floden og floddalen. Vandstanden i flodlejet stiger op til 10-15 meter i de øverste og midterste dele af floden og op til 6-8 m på den nedre del af Amur. Amur oversvømmer floddalen 4-6 gange årligt i forbindelse med kraftige nedbør. I de midterste og nedre dele af Amur er der observeret oversvømmelser i en brede på op til 10-25 km i op til 70 dage, hvilket kan resultere i delvis oversvømmelse af større byer somBlagovesjtjensk,Khabarovsk. I 1897, 1928 og 1956 var der omfattende oversvømmelser. Efter opførelsen afvandkraftværker på de vigtigste bifloderZeja,Bureja ogSunkhuatszjan er sommer/efterårs oversvømmelserne i floden og mindre udtalte i den nederste del og øger kun vandstanden med 3-6 m. Amurs øvre løb fryser i begyndelsen af november, den nederste del i slutningen af november. Amur er isfri fra slutningen af april i de nedre dele, i begyndelsen af maj i de øvre. Amur er sejlbar i hele sin længde.