Sefydlwyd y ddinas yn y cyfnod Rhufeinig. Tua11 CC, roedd uned o'r fyddin Rufeinig a gwersyll ar y safle, a chyn hynny roedd aelodau o lwyth yrUbii wedi eu sefydlu yma gan y fyddin. Efallai fod yr enwLladinBonna yn dod o enw'r llwyth arall yn yr ardal, yr ,Eburones. Yn ddiweddarach, datblygodd sefydliad milwrol mawr o'r enwCastra Bonnensis. Hon yw'r gaer Rufeinig fwyaf o'i math y gwyddir amdani.
Wedi'rAil Ryfel Byd, pan rannwyd yr Almaen, dewiswyd Bonn yn brifddinas Gorllewin yr Almaen ganKonrad Adenauer, oedd yn frodor o'r ardal.
Mae Bonn hefyd yn nodedig fel man geni'r cyfansoddwrLudwig van Beethoven; gellir gweld y tŷ lle ganed ef yn y Bonngasse.
