siRNA (zangl.small interfering RNA, případněshort interfering RNA čisilencing RNA) je označení pro skupinudvouvláknových RNA o délce 20–25 nukleotidů. Uplatňují se v procesu tzv.RNA interference, tedy jevu, kdy tato RNA ovlivňujeexpresi (tedy mírutranslace) určitéhogenu. Dále hraje roli i v dalších procesech souvisejících s RNA interferencí, jako je ochrana předviry. Navíc ale zřejmě také ovlivňují prostorovou strukturuchromatinu.
.png)
SiRNA má obvykle velmi typickou a dobře definovatelnou stavbu, skládá se obvykle z 21 nukleotidů, je dvouvláknový (dsRNA) a na jedné straně každého vlákna přečnívají dva nukleotidy, nespárované s nukleotidy vlákna druhého. Na 5' konci jefosfátová skupina, na 3' koncihydroxylová skupina.
Tato struktura je dána na základěenzymatického účinku proteinudicer, který je schopný nastříhat dlouhé dvouvláknové řetězce RNA (ale i tzv.small hairpin RNA) na malé kousky.[1]
siRNA byly původně chápány jako čistě exogenního původu, tzn. jako molekuly vznikající rozštěpením napříkladvirové čitranspozonové RNA. A opravdu, kanonické siRNA vznikají rozštěpením právě takových, poměrně dlouhých a dvouvláknových molekul RNA. Dnes je však známo, že siRNA mohou vznikat i přepisem částí samotnéhogenomu, například vcentromerických neborepetitivních oblastech DNA. Jisté siRNA vznikají i štěpením určitých částí molekul mRNA.[2]
V typickém případě (v kanonické siRNA dráze) se siRNA asociuje s proteinovým komplexemRISC a navádí ho ke konkrétnímu úsekumRNA, jenž je s danou siRNA plně komplementární. RISC pak katalyzuje chirurgicky přesné rozštěpení této cílové mRNA. Díky tomu dochází k tzv.posttranskripčnímu umlčení (silencingu) daného genu, tzn. gen se sicepřepisuje, ale jeho mRNA je následně štěpena, takže kýžený bílkovinný produkt nenívytvářen. Byly však odhaleny i způsoby, jak siRNA blokuje i samotný přepis genu – existují totiž mechanismy, jimiž siRNA navozuje vznikheterochromatinu, jenž není přepisován.[2]
V tomto článku byl použitpřeklad textu z článkuSmall interfering RNA na anglické Wikipedii.
Obrázky, zvuky či videa k tématusiRNA na Wikimedia Commons| Hlavní typynukleových kyselin | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Stavební kameny | ||||||||||
| Obecná charakteristika | Konformace (A-forma,B-forma,Z-forma) • Počet vláken (dsRNA •ssRNA •dsDNA •ssDNA •třívláknová DNA •DNA-RNA vlákna) | |||||||||
| Deoxyribonukleová kyselina | ||||||||||
| Ribonukleová kyselina |
| |||||||||
| Analogy nukleových kyselin | ||||||||||
| Klonovací vektory | Fagemid •Plasmid •Lambda fág •Kosmid •Fosmid •Umělý chromozom odvozený od fága P1 (PAC) bakterií (BAC) kvasinek (YAC) lidských chromozomůHAC | |||||||||
| TypyRNA | |
|---|---|
| Syntéza proteinů | |
| Zpracování RNA | |
| Regulace genové exprese | |
| Regulační elementy na RNA | |
| Parazitické RNA elementy |
|
| Ostatní |
|