Přel se sNapoleonem o postavení církve veFrancii a jím podrobené Evropě, korunoval jej sice na císaře, nicméně jejich spory stále rostly a nakonec vygradovaly v otevřený konflikt: Napoleon anektovalŘím, Pius VII. jejexkomunikoval a Napoleon jej na oplátku zaseinternoval.
Když v roce1797 vpadla doSeverní Itáliefrancouzská vojska, Chiaramonti se postavil do čela těch, co razili názor, že je třeba se podvolit a nesnažit se marně vzdorovat zdrcující přesile. Svůjcírkevní stát podřídilCisalpinské republice a svým věřícím přikázáních vysvětlil, žedemokracie není v rozporu s katolickou vírou. Opakovaně byl tak ostatními biskupy obviňován ze zrady a podporyrepublikánství, ale svůj postoj dokázal obhájit.
Vzhledem k obtížné situaci v Itálii, způsobené snahou revoluční Francie ovládnout další oblasti Itálie a z toho plynoucí válkou mezi ní a Rakouskem a jeho spojenci, bylo papeži důrazně doporučováno, aby se nevracel do Říma. On se však rozhodl jinak a naopak urychleně do Říma vyrazil. Vstoupil do něj3. července.11. srpna učinil enormně důležité rozhodnutí, když jmenoval do čelaKolegia kardinálů a úřadustátního sekretáře sekretáře konkláve, kterého z volilo,kardinála Consalviho, jednoho z největších státníků19. století.[1]
Jelikož Napoleonova Francie ve válce vítězila aŘím fakticky ovládala, snažil se s ní Pius VII. dohodnout. V průběhu svéhopontifikátu v době Napoleonovy první vlády přistoupil na většinu jeho požadavků, pokud šly nějakým způsobem skloubit s katolickými principy, neústupný zůstával pouze v otázkách svobody církve, v otázce papežského Říma a ve snaze přimět Napoleona k propuštění církevních hodnostářů, které uvěznil. V roce1801 uzavřel s Franciíkonkordát, který měl chránit katolíky, ovšem Napoleon konkordát o rok později při schvalování vylepšil o souběžné jednostranné přijetí tzv.organických článků, kterécírkevní práva omezovaly a papež je odmítl.Tento konkordát i organické články ovšem i přes to zůstaly v platnosti až do roku1905, kdy byly obojí zrušeny.[2] Nutno však podotknout, že organické články byly po většinu doby své platnostimrtvou literou, která nebyla vynucována.[1]
V roce1802 zahájil jednání s okleštěnou a postupně demontovanouSvatou říší římskou, ale konkordát se mu nepodařilo uzavřít ani s ní, ani s následnýmRýnským spolkem. Některé dílčí státy mu navrhly separátní jednání (zejménaBavorsko), ale ty papež odmítl v naději, že se přece jen dohodne s centrální vládou. To se ale nepodařilo dokonce ani po Napoleonově pádu, protože nově vzniklýNěmecký spolek žádnou neměl, takže papež musel přece jen přistoupit na dílčí konkordáty s jednotlivými státy. Celkově došlo v průběhunapoleonských válek v Německu k zřetelnému úpadku církevní moci, poničení církevní správy a likvidaci posledních zbývajících církevních území.
Korunovace v Paříži proběhla opravdu nestandardně. Napoleon, aby ukázal, kdo je tu pánem, si nejprve sám posadil korunu na hlavu (což představovalo na tehdejší dobu nemyslitelnérouhání) a vzápětí osobně korunoval svoji manželku.
V roce 1804, navzdory varování papežské kurie, se Pius VII. vydal doPaříže na korunovaci Napoleona za císaře (2. prosince1804) v naději, že Napoleon pozmění organické články. Nic takového se nestalo. Po vypuknutí nové války vEvropě se vztahy papeže s císařem zhoršily až natolik, že Napoleon 2. února1808 obsadil Řím a 17. května1809 zbytek papežského státu. Pius VII. 10. června 1809 exkomunikoval všechny „loupežníky Petrova dědictví“. Ačkoliv Napoleona výslovně neupomenul, dal ho císař 5. července 1809 internovat do úplné izolace v Savoně přiJanově. Později (květen – červen 1812) ho dal přemístit doFontainebleau. Tam ho vyčerpaného a chorého přinutil 25. ledna1813 podepsat koncept konvence takzvaného „Fontainebleauského konkordátu“, v kterém papež udělal dalekosáhlé ústupky, dokonce se zřekl i papežského státu. Je pravda, že s výčitkami svědomí svůj podpis 24. března 1813 odvolal, zvrat ve válce vedl Napoleona k tomu, že papeže v lednu 1814 opět poslal do Savony. Propustil ho 10. března1814. Papežův pohnutý život pokračoval. 24. března 1814 se sice vrátil do Říma, ale už na jaře 1815, když Napoleon utekl zElby, musel Pius hledat útočiště v Janově. Do Vatikánu se konečně vrátil 7. června1815.
Pius VII. se víc zajímal o náboženské než o politické problémy. Postupně obnovovalTovaryšstvo Ježíšovo, nejprve pro jednotlivé země (1801 vRusku,1804 vKrálovství obojí Sicílie,1813 vAmerice,Anglii aIrsku) a nakonec, bulouSollicitudo omnium ecclesiarum ze7. srpna1814, s celosvětovou působností. Otevřel semináře, které Francouzi zavřeli, podporoval umělce a snažil se z Říma udělat opět centrum umění. V rámci možností, které měl, se pokusil papežství přizpůsobit modernímu světu. Skutečnost dokazovala, že při jeho smrti mělo papežství větší vážnost než v čase, když nastupoval do úřadu.