Místo bylo prokazatelně osídleno již za časůbadárské kultury přibližně v roce 4 500 př. n. l..[1] Později prošlo obdobímNakáda I. Město dosáhlo značného významu v letech 3800-3500 př. n. l..[1] V čase svého největšího rozvoje okolo r. 3400 př. n. l. měl Nechen aspoň 5 000 a možná až 10 000 obyvatel. Osídlená plocha zaujímala rozlohu obdélníku o stranách 2,5*3,5 km.[2] Průzkumem sídliště bylo zjištěno jeho rozdělení na obytné, výrobní, kultovní a hřbitovní čtvrti.[2]
Řemesla pracující s ohněm fungovala z bezpečnostních důvodů na okraji města.[2] Výzkum odhalil bydliště hrnčíře a jeho dílnu. Dochovány jsou střešní trámy a zdi s masivními kůly. Zahloubená část měřila 4*3,5 metru a byla hluboká až 0,8 metru. Prozkoumaná stěna byla postavena zvepřovic.[2] Vnitřní část domu byla vybavena pecí, zásobní nádobou a keramickým blokem.[2]
Dále se dochovaly zbytky dvorce pravděpodobně chovatele dobytka s velkými nádobami.[2] Také se dochovaly zbytky pivovaru s osmi varnými káděmi. Dle vědců mohl pivovar obstarat denní spotřebu piva až pro 300 lidí.[2]
Nechen byl také kultovním městem sokolího bohaHora, kterému byl na tomto místě zasvěcen jeden z nejstarších chrámů v Egyptě. Dlouho po zániku města jako významného sídle existovala vestarověkém Egyptě úcta k dušímBau z Pe a Nechenu (jedna duše měla být zPe, druhá z Nechenu). Mělo se jednat o předky prvních faraonů. Též měly pomáhat faraonům při cestě dopodsvětí. Ba z Nechenu měla hlavu šakala.[3]
Uprostřed města se nacházela svatyně. Před budovou se nacházel oválný dvůr o rozměrech 40*13 m. Tento dvůr byl obklopen rákosovým plotem omítnutým hlínou. Později byla přistavěna zeď zvepřovic. Naproti od vchodu do svatyně se nacházela kulatá jáma, do níž byl zřejmě postaven stožár. Svatyně fungovala přibližně 500 let a byla několikrát přestavěna. U svatyně byly nalezeny střepy lahví a kostikrokodýlů (nilských čibahenních),hrochů,gazel a divokýchkoz. Také došlo k nálezu střepů s vyrytou podobiznou egyptské bohyně plodnostiBat a obrázkem zajatkyně ovládané znakem krále Horního Egypta.[4]
Vykopávky chrámu vynesly na světlo velké množství posvátných předmětů zpředdynastické doby. Byly nalezeny dva hřbitovy s malovanými hrobkami a bohatou výbavou (pazourkové dýky,zlato,slonovina, kosmetické palety) a zbytky města znakkádského období. Pohřebiště dělníků vykazuje také stopy po primitivní mumifikaci (částečné zavinutí rukou u ženských těl z doby asi 3600 př. n. l.). Pohřební zvyky a mumie se dochovaly díky suchosti písku. V nekropoli notáblů ve vádí byly objeveny masky, kamenné sochy a pohřební architektura, která předznamenala pozdější tradice.
Ruiny města byly poprvé vykopány na konci 19. století anglickými archeologyJ. E. Quibellem aF. W. Greenem. V hlavní depozitní komoře nechenského chrámu našli důležité protodynastické artefakty, například takéNarmerovu paletu[5] a slavnou hlavici palice nesoucí jméno králeŠtíra.
V nedávné době byly uskutečněny na místě předešlých vykopávek další práce. Tým mezinárodních odborníků složený z archeologů, egyptologů, geologů a dalších vědců řídil až do své smrti roku1990 Michael Hoffman, po něm Barbara Adamsová zUniversity College of London a Dr. Renee Friedmanová zBerkeley University a od roku2001, kdy Barbara Adamsová zemřela, Dr. Renee Friedmanová.
Mnohé dýky naležené v Nechenu byly ozdobeny ornamenty zvířat.
Takzvaná Pevnost[6] je masivní stavba z nepálených cihel, kterou nechal vystavět králChasechemuej z2. dynastie. Zdá se, že byla vystavěná stejným způsobem a za stejným účelem jako "pevnosti" vAbydu a neměla vojenský význam. Pravý účel těchto staveb není znám, ale pravděpodobně souvisel s obřady královského úřadu.[7]
Stavba byla postavena na předdynastickém pohřebišti. Vykopávky na tomto místě, spolu s krádežemi cihel, vážně poškodily statiku zdí a to vedlo téměř k zhroucení objektu. Poslední dva roky se pokouší tým pod vedením Dr. Friedmanové stabilizovat objekt a vyplnit místa hrozící rozpadem novými nepálenými cihlami.[8]