Byl založen roku1899 jako první klub na americkém kontinentě bez účasti cizinců. Vznikl fúzí klubů Montevideo FC a Uruguay AC.[1] Nacional byl přijat do Uruguayské ligy v roce 1901. V následujícím roce získal klub svůj první ligový titul. V roce 1903reprezentační tým Uruguaye, složený pouze z hráčů Nacional, odehrál první mezinárodní zápas protinárodnímu týmu Argentiny vBuenos Aires.Své domácí zápasy hraje na stadionuEstadio Gran Parque Central s kapacitou 33 000 míst.[1]
Největší střelec v historii klubu je argentinský útočník Atilio García. V letech 1938–1951 sehrál za Nacionalu 438 zápasů, z toho 211 ligových a vstřelil 468 gólů, z nichž 207 bylo ligových.
Klub byl založen 14. května 1899 po fúzi dvou klubů – Montevideo Football Club a Uruguay Athletic Bilbao. V roce 1902 získal Nacional premiérové vítězství v Uruguayské lize, které dokázal zopakovat i v následujícím ročníku. V následujících sezónách zaznamenal Nacional pokles. O devět let později triumfoval Nacional v Uruguayské lize. Nacional pak získal v letech 1912 – 1924 devět ligových titulů. V tomto období absolvoval Nacional poprvé zámořské turné. V Evropě odehrál osmatřicet zápasů s bilancí šestadvacet výher, sedm remíz a pět proher.
Ve většině 90. let klub trpěl finanční krizi a dosáhl jen málo sportovních výsledků. Vyhrál šampionát v roce 1992 skvělými výkony Julia Césara Dely Valdése a Antonia Vidala Gonzáleze. V roce 1993 vyhrál Nacional Campeonato Uruguaye, v roce 1998 vítězství na turnajích Apertura a Clausura. Bylo to vůbec poprvé, co kterýkoli klub dosáhl tento úspěch, od vzniku v roce 1994, což zopakoval pouze Danubio v sezóně 2006-07.
Nacional si udržoval základnu svého týmu tři roky za sebou (2000, 2001 a 2002). V roce 2005 se Nacional rozhodl obnovit svůj stadion Estadio Gran Parque Central. Nacional je nejúspěšnějším uruguayským týmem od počátku století, kdy vyhrál tituly 2005, 2005-06, 2008-09, 2010-11, 2011-12, 2014-15 a 2016.
Rok 2016 byl tak 46. uruguayským šampionátem, který vyhrál Nacional. V roce 2018 Nacional se kvalifikoval na Copa Libertadores, což bylo 45. vystoupení nacionalne na turnaji a dvacáté druhé po sobě a představuje absolutní rekord v historii poháru. Po rezignaci Martína Lasarte představenstvo klubu jmenovalo bývalého trenéra hvězdných a rezervních týmů Alexandra Medinu za nového trenéra hlavního týmu.[2] V letech 1998 – 2016 získali jedenáct ligových titulů.
