Mustafa se narodil vEdirnském paláci28. ledna1717. Jeho otcem byl sultánAhmed III. a matkou konkubínaMihrişah Kadın. Měl pouze jednoho bratra, který měl i stejnou matku, Şehzade Sulejmana. V roce1720 se pro něj a jeho bratry, Sulejmana a Bajezida, uspořádala patnáctidenní oslava obřízky. V roce1730 po povstáníPatrony Halila, byl jeho otec Ahmed sesazen z trůnu a vlády se ujal jeho bratranecMahmud I. Od té doby byl s otcem a bratry uvězněn vpaláci Topkapi. V roce 1756 po smrti jeho staršího bratra Mehmeda byl první v pořadí na následnictví.
Krátce po svém nástupu Mustafa věnoval pozornost hlavně justici. Zavedl několik nových opatření, které měli zlepšit prosperitu Istanbulu. Reguloval ražení mincí, vybudoval několik kamenných obchodů, zřídilakvadukty a zavedl přísnou finanční kontrolu. Často cestoval a kontroloval, zda jsou jeho nařízení a zákony dodržovány.
Mustafa se snažil uzavřít dohodu sFridrichem II. Velikým a v roce1761 uzavřel mírovou dohodu sPruskem. Mustafa preferoval cvičení svých jednotek vBerlíně předPaříží čiLondýnem, aby mohl přeorganizovat svou armádu. V roce1763 si poprvé v historii tyto země vyměnily diplomaty a velvyslance.
Koca Ragip Paša, který byl velkovezírem do roku1763, se snažil uzavřít mír se všemi sousedními státy. Díky vlivu Ruska naKavkaz a ovládnutí Polska začal postupně mezi Osmany a Ruskem vznikat konflikt. Nástupce Ragipa,Muhsinzade Mehmed Paša, navrhoval také mír, avšak Mustafa stále byl pro válku. V roce1768 tak Mehmed rezignoval. Sultán Mustafa očekával jednoduché vítězství nad Ruskem, říše však na dlouhou válku nebyla připravena. Během války proběhlo několik vojenských reforem, především díky francouzskému úředníkoviFrançois Baron de Tott. ProOsmanskou říši byla válka zdrcující. Ruská vojska okupovalaKrym,Rumunsko i částBulharska, které doposud ovládaliOsmané.
Během vlády Mustafy se podařilo obnovit několik staveb téměř od základů, včetněFatihovy mešity, kterou v15. století zbudoval sultánMehmed II. Mimo jiné nechal Mustafa vystavětmešitu Laleli a upravil nábřeží podélYenikapı. Po zemětřeseních v letech1766 a1767 nechal opravit poničené budovy.
Mustafa se oženil se všemi konkubínami, se kterými udržoval poměr. Sňatky uzavíral především z důvodu, že všechny tyto ženy se už jako muslimky narodily a měly tak být odděleny od konvertitek a otrokyň. Tyto ženy nejdříve oficiálně propustil ze služeb a následně složil manželský slib před Şeyhülislamem. Celkem se oženil s pěti ženami:
Mihrişah Sultan (zemřela 16. října 1805 a byla pohřbena ve vlastním mauzoleu v Eyüp)
Mihrişah Kadın (zemřela v roce 1799 a byla pohřbena v hrobce Şah Sultan v Eyüp)
Aynülhayat Kadın (zemřela 21. července 1764 a byla pohřbena v mešitě Lalali spolu s manželem)
Adilşah Kadın (zemřela 19. prosince 1803 a byla pohřbena v mešitě Lalali spolu s manželem)
Rif’at Kadın (zemřela 25. prosince 1804 a byla pohřbena na hřbitově Haydarpaşa)
Mustafa zemřel na srdeční infarkt v pátek21. ledna1774 vpaláci Topkapi a byl pohřben vmešitě Laleli, kterou nechal sám vystavět. Jeho nástupcem na trůnu se stal jeho bratrAbdulhamid I. Po jeho smrti procházela říše ekonomickou a administrativní krizí.