Karlovým otcem bylšpanělský králFilip IV. z roduHabsburků a matkouMarie Anna Habsburská, která byla manželkou Filipa IV. a zároveň i jehoneteří. Syn Karel nebyl prvním dítětem vzešlým z tohoto svazku, ale většina jeho dříve narozených sourozenců již zemřela. I Karel byl dítětem často nemocným a fyzicky slabým, což bylo způsobeno především vlivem častých příbuzenských sňatků mezi jeho předky. Sedm z jeho osmi praprarodičů tak například pocházelo přímo od jediné osoby, odJohany Šílené. Malý Karel měl od samého počátku nepřirozeně velkou hlavu, slabé tělo, ještě v šesti letech neuměl pořádně chodit, jeho tvář byla znetvořena pro Habsburky typickým převislým rtem a spodní část obličeje měl silně zdeformovanou, což mu způsobovalo značné potíže při mluvě i při kousání potravy. Omezené byly také jeho rozumové schopnosti. Naučil se číst a psát, ale nebyl schopen pochopit komplikovanější problémy. Byl také psychicky labilní a po celý život trpěl úzkostnými stavy, nerozhodností a záchvaty hlubokémelancholie.
Když byly Karlovi čtyři roky, jeho otec zemřel. Čtyřletý Karel II. se stal novým panovníkem španělské říše, ke které patřila iNeapol,Milán,Sardinie,Sicílie,Filipíny a rozsáhlá území vAmerice. Vzhledem k tomu, že Karel byl právně nezletilý, byla jeho matkaMarie AnnaRadou Kastilie jmenována královnou regentkou. Snažila ze všech sil sblížit španělskéHabsburky s Habsburky rakouskými a narušit tak dosavadní křehké spojenectvíŠpanělska sFrancií. V opozici se tak ocitli všichni přívrženci španělsko-francouzské koalice, v jejichž čele stál nemanželský syn zemřeléhoFilipa IV. a bratr dospívajícího Karla II.don Juan José de Austria. Ten se dostal roku1677 k moci, plně Karla II. ovládl a postaral se o to, aby se sesazená regentka Marie Anna Habsburská odebrala do vyhnanství vToledu. Roku1679 byl dohodnut sňatek Karla II. s princeznouMarií Louisou Orleánskou z francouzského roduBourbonů. V tomtéž roce aledon Juan José de Austria náhle umírá, Karlova matka se znovu ujímá vlády a opět nastolí u dvora protifrancouzskou atmosféru. Uprostřed této nervní a složité situace přijíždí do Španělska Karlova nevěstaMarie Louisa Orleánská, dcera vévodyFilipa I. Orleánského a neteř francouzského králeLudvíka XIV. S Karlem II. se poprvé osobně setkala 19. listopadu1679, kdy uzavřeli sňatek.
Vztah Karla II. a Marie Louisy Orleánské byl překvapivě velmi pěkný. Marie Louisa pociťovala ke svému manželovi téměř mateřskou něhu a s láskou o něj pečovala. Karlův zdravotní stav nebyl nikdy dobrý, neustále ho sužovaly horečky, nevolnost a bolest hlavy. Tento nepříznivý stav měl vliv na jeho náladu, která kolísala od hněvu a zlosti po melancholii. Marie Louisa mu přesto byla vždy nablízku a snažila se jej rozptýlit. Karel II. zažil po boku této své manželky zřejmě nejšťastnější chvíle svého života. O sexuálním životě manželů toho nevíme mnoho, ale je pravděpodobné, že Karel II. zřejmě trpěl některou zesexuálních dysfunkcí, která znemožňovala otěhotnění jeho ženy.
Reálnou moc v zemi držela ve svých rukou i nadále Karlova matkaMarie Anna Habsburská a jí věrní ministři. Karel II. pouze podepisoval předložené dokumenty. Původní nevraživost vůči francouzské snaše přešla Marii Annu Habsburskou velmi rychle, jelikož zjistila, že synova manželka nejeví sebemenší zájem o politiku a není tedy nebezpečná. Se sňatkem se tak nakonec smířila a se snachou jednala laskavě. Méně spokojený byl ale strýcLudvík XIV., který si od sňatku svéneteře s Karlem II. sliboval navázání nové vzájemné spolupráce obou zemí. Roku1683 vyprovokovalLudvík XIV. další z řady francouzsko-španělských válek a dosáhl toho, žeŠpanělsko muselo přenechatFrancii územíLucemburska. Ve Španělsku se zvedl prudký odpor ke všemu francouzskému a nenávist lidu se obrátila i proti Marii Louise Orleánské. Stále více jí bylo vyčítáno i to, že dosud neporodila následníka trůnu. Psychický tlak na mladou královnu den ode dne sílil a zastání časem nenacházela už ani u svého manžela, který rovněž podlehl protifrancouzským náladám. Nenávist mezi manželi se ještě více prohloubila tehdy, když Karel II. propustil ode dvora zbytek francouzského doprovodu své ženy a zemi navíc opustil i francouzský velvyslanec. Marie Louisa se v těchto těžkých chvílích uchýlila k tomu, že předstírala těhotenství, což v pozdějších letech použila ještě několikrát. Spory byly okamžitě zapomenuty a na královském dvoře nastal na chvíli čas radostného očekávání. Roku1689 se Karlova matka Marie Anna Habsburská, stojící i nadále v čele prorakouské strany, snažila svého syna znovu zatáhnout do války proti Francii. Karlova manželka se ale na nátlak svého strýce Ludvíka XIV. poprvé a naposledy pokusila ovlivnit rozhodnutí svého manžela a přesvědčit ho o tom, že Španělsko má v této válce, známé jako válka o falcké dědictví, zachovat neutralitu. Už se zdálo, že Karel II. odolá vlivu své dominantní matky a poslechne manželku, ta však náhle 12. 2.1689 zemřela. Dva měsíce po smrti své první ženy Marie Louisy Orleánské tak král Karel II., a s ním celé Španělsko, stál opět na prahu dalšího válečného konfliktu.
Necelé tři měsíce po smrti první manželky bylo oficiálně oznámeno zasnoubení ovdovělého Karla II. sMarií Annou Falcko-Neuburskou, dceroufalckého kurfiřtaFilipa Viléma. Marie Anna byla spřízněna s mnoha panovnickými domy v Evropě, její sestry byly totiž velmi výhodně provdány. Sestra Marie Sofie bylaportugalskou královnou, sestra Hedvika Alžběta měla za manžela synapolského krále a sestra Eleonora byla dokonce císařovnou a nyní tedy i součástí rodu rakouských Habsburků. Nová španělská královna dorazila do Španělska po sedmi měsících strastiplné cesty 26. 3.1690. Sňatek se uskutečnil 4. 5.1690. Ke své druhé ženě ale Karel II. nikdy nepocítil takovou náklonnost jako k ženě první. Marie Anna byla údajně panovačná, náladová, zlostná a hysterická. Značně u dvora protežovala své příbuzné, kterým pomáhala k získání výnosných úřadů, čímž si proti sobě popudila většinu španělské šlechty. Karel II. zažíval v tomto manželství neradostné chvíle, jelikož se ocitl mezi dvěma dominantními ženami, matkou a manželkou, které obě toužily po moci. Tchyně Marie Anna Habsburská a její druhá snacha se tak od samého počátku nenáviděly a snažily se Karla II. ovlivnit. Stejně jako jeho první manželka, používala i Marie Anna často lest předstíraného těhotenství, pomocí které na svého nerozhodného manžela nejednou činila nátlak.
Celé období vlády španělského krále Karla II. se neslo ve znamení neustávajících válečných konfliktů s expanzivně se rozšiřující Francií. Karlůvšvagr, francouzský králLudvík XIV., se snažil oslabit mocHabsburků v Evropě a využil k tomu každé možné příležitosti. První konflikt za vlády Karla II. vypukl už v druhém roce jeho panování, roku1667, když bylo Karlovi pouhých šest let. Jednalo se tzv.devoluční válku, kdy Ludvík XIV. vpadl doŠpanělského Nizozemí, na které měla dle jeho názoru nezpochybnitelný dědický nárok jeho manželka, Karlova sestraMarie Tereza. V roce1672 vypuklaholandská válka, v níž stála na jedné straněFrancie,Anglie,Bavorsko,kolínskéarcibiskupství amünsterskébiskupství a na straně druhé pakNizozemí,Dánsko aŠpanělsko. Španělsko ztratilo v této válce několik měst ve Španělském Nizozemí a vzdalo se ve prospěch FrancieFranche-Comté. V roce1686 byla proti Francii uzavřena aliance, nazvanáaugšpurská liga, kdy své síly spojilcísařLeopold I.,Španělsko,Švédsko,Bavorsko a některá svobodnáříšská města. Zanedlouho následujeválka o falcké dědictví, v nížLudvík XIV. vznesl jménem své švagrovéAlžběty Šarloty Falcké, manželkyFilipa I. Orleánského, dědický nárok na částFalce, a to navzdory tomu, že se Alžběta Šarlota Falcká těchto nároků vzdala už vesvatební smlouvě. Císař Leopold I.,Anglie,Skotsko,Nizozemí,Španělsko aSavojsko uzavřeli velkou alianci proti Francii. V roce1696 došla situace v této válce tak daleko, že nepřátelská francouzská vojska postoupila až kBarceloně a zamířila naMadrid. V tom okamžiku náhle navrhlLudvík XIV. mírová jednání. Francouzský král už zřejmě počítal s blízkým koncem churavějícího švagra Karla II. Španělského a rozhodl se upravit a zlepšit své vztahy s ostatními mocnostmi tak, aby nepřišel zkrátka při budoucím dědickém vypořádání. 11. 10.1698 uzavřeliLudvík XIV. aVilém III. Oranžský tajnou smlouvu o rozdělení španělských držav po smrti Karla II. Španělského. Další tajné dohody byly uzavřeny roku1700. Španělsko bylo v té době vyčerpané neustálými válkami, země byla ve finanční krizi, zavládl hlad a hrozila vzpoura obyvatelstva. Karel II. ale již neměl sílu nastolit potřebné změny. Byl vážně nemocen, trpěl vodnatelností, natékaly mu klouby, částečně oslepl. Barva kůže svědčila o postupném selhávání jater. Karel mluvil se stále větší námahou a jeho řeč se nakonec stala nesrozumitelnou.
Vzhledem k tomu, že Karel II. Španělský nezplodil potomka, stala se otázka budoucího následnictví trůnu v zemi aktuální už za jeho života. Příčinou opakovaného jednání o tomto problému byl rovněž Karlův dlouhodobě neuspokojivý zdravotní stav. Nárok na trůn si do budoucna činili předevšímHabsburkové aBourboni. Karel II. váhal s tím, kterému z těchto rodů dát přednost, jelikož měl rodinné vazby na oba. Sám byl po obou rodičích Habsburk a jeho sestraMarkéta Tereza Španělská byla kdysi provdána zacísařeLeopolda I. Habsburského. Druhá, polorodá sestraMarie Tereza byla ale dcerouIzabely Bourbonské a později se provdala za svého bratrance, francouzského králeLudvíka XIV. Také teta Karla II.,Anna Rakouská, se provdala do Francie za králeLudvíka XIII. Nelze opomenout ani to, že první žena Karla II. pocházela z francouzského královského rodu. Budoucí dědicové Karla II. a kandidáti na španělský trůn tak byli původně tři. Druhorozený císařův syn,arcivévodaKarel Habsburský, dáleJosef Ferdinand Bavorský, prasynovec Karla II. Španělského, aFilip z Anjou, vnuk francouzského králeLudvíka XIV. Na Karla II. byl v posledních letech jeho života vyvíjen silný tlak, aby včas určil svého nástupce. Francouzská strana neměla v té době u španělského dvora žádné přímluvce, a tak se rozhodovalo jen mezi dvěma kandidáty. Karlova manželkaMarie Anna Falcko-Neuburská obhajovala svého synovce arcivévoduKarla Habsburského, zatímco Karlova matka bojovala za syna své vnučky, maléhoJosefa Ferdinanda Bavorského. Matka nakonec zvítězila a Karel II. podepsal roku1696 závěť ve prospěch Josefa Ferdinanda. Rozlícená manželka mu následně udělala děsivou scénu a Karel II. upadl do dalšího záchvatu své těžké melancholie. V následujícím roce byl svou manželkou donucen napsat dopis císaři, v němž ho ujistil, že následníkem budearcivévoda Karel. Své rozhodnutí ale znovu změnil (1698) a jako svého dědice definitivně určilJosefa Ferdinanda Bavorského. O rok později však tento následník zemřel a Karel II. byl znovu vystaven silnému tlaku vlivných skupin u dvora. Karlův psychický i fyzický stav se rychle zhoršoval. Dne 2. října1700 seprimas španělské zemské církveLuís Manuel Fernández de Portocarrero vydal k umírajícímu králi Karlovi II., aby mu poskytlposlední duchovní útěchu. Zároveň Karla II. přesvědčil k tomu, aby sepsal poslední a řádnou závěť. Pod vlivem tohoto duchovního vznikla 3. 10. 1700 Karlova závěť ve prospěch francouzského kandidátaFilipa z Anjou.
Karel II. zemřel 1. listopadu 1700 ve věku 38 let. Jeho poslední přání nebylo Habsburky uznáno a objevil se názor, že Karel II. neučinil své rozhodnutí vědomě a že buď nevěděl, co podepisuje, nebo byla tato pasáž na listinu přidána později. Toto zpochybnění vedlo ke třináct let trvajícíválce o dědictví španělské, v níž nakonec Filip z Anjou své nároky obhájil a nastoupil na španělský trůn jakoFilip V. Jeho potomci vládnou ve Španělsku dodnes.
S: také španělský infant T: také toskánský princ M: také modenský princ P: také portugalský infant B: také belgický princ kurzívou jsourakouští panovníci