Po studiu v kolejiTovaryšstva Ježíšova vMedině del Campo vstoupil v roce1563 v jednadvaceti letech dokarmelitánského řádu, kde přijal jméno Jan od svatého Matouše. Tento řád si vybral kvůli kontemplativnímu způsobu života a úctě kPanně Mariii. O rok později1564 zahájil studium teologie a filosofie na univerzitě vSalamance. Kde patřil k nejnadanějším a nejpilnějším žákům.[1]
Připojil se k reformě karmelitánského řádu, kterou započala v její ženské větvi sv.Terezie od Ježíše (zÁvily) a byl vůbec prvním, kdo obléklhábit reformovaného řádu, tzv.bosých karmelitánů a začal žít podle původní karmelitánskéřehole vkonventu vDuruelu (tehdy začíná důsledně používat jméno Jan od Kříže).
Účastnil se zakládání reformovaných konventů a měl na starostimnichy anovice, kteří v těchto konventech žili. Postupně vzrůstalo napětí mezi „bosými“ a „obutými“ karmelitány, při němž došlo k násilí ze strany „obutých“ na hlavních představitelích reformy, zvl. Jana od Kříže. Jeho spolubratři ho uvěznili v klášteře Vtělení v Avile, kde zůstal po devět měsíců (od 2. prosince1577 až do 15. srpna1578). Právě období uvěznění se stalo rozhodující fází jeho duchovního života. Během věznění také sepsal své nejlepší duchovní básně.[2] Po útěku z vězení působil jakozpovědník karmelitánských mnišek (na žádost Terezie z Ávily) a postupně jakopřevor několika domů, posléze jako představený reformovaných konventů vAndalusii. V posledním období svého života neměl žádné zvláštní poslání v rámci svého řádu.
Již za jeho života se podařilo prosadit rozdělení bosých karmelitánů a tzv. „obutých“ karmelitánů, tedy těch, kdo se k reformě řádu nepřipojili. Nejprve byla vytvořena samostatná provincie bosých bratří vKastilii, nakonec byl řád osamostatněn a roku1593 získal svého vlastního generálního představeného.
Sv. Jan od Kříže je považován za jednoho z nejvýznamnějších španělských básníků. Přibližně tisíc veršů a tisíc stran prozaického textu z něho činí jednu z nejdůležitějších křesťansko-mystických osob všech dob. Jeho sebrané básně Duchovní píseň a Temná noc jsou všeobecně pokládané za jedny z nejlepších děl španělsky psanépoezie, a to jak ze stylistického hlediska, tak i díky bohaté symbolice a metaforičnosti.
Duchovní píseň je ekloga, v níž nevěsta (představující duši) hledá ženicha (představujícíhoJežíše Krista) a prožívá úzkost z jeho ztráty. Nakonec jsou oba naplněni radostí ze vzájemného shledání. Báseň je možné číst jako volnou španělskou adaptaciPísně písní, která vznikla v době, kdy byl překladBible do lidového jazyka zakázán.
Temná noc (od níž se odvozuje stejný duchovní termín) popisuje cestu duše z pozemského života k sjednocení s Bohem. Děje se tak v noci, jež představuje strádání a obtíže, které duši doprovází, když se odděluje od světa a nachází světlo ve spojení se Stvořitelem. Noc zahrnuje několik kroků vyprávěných v jednotlivých slokách. Hlavní myšlenku básně je možné chápat jako bolestnou zkušenost, kterou prožívají lidé usilující o růst v duchovní zralosti a spojení s Bohem. V roce 1586 – rok po dokončení Temné noci – napsal k básni sv. Jan od Kříže také komentář. Vysvětluje v něm verš po verši význam celé básně.
Svatý Jan napsal také čtyři pojednání o mystické teologii, dvě pojednání o obou výše uvedených básních. V nich vysvětluje význam básní verš po verši a dokonce i slovo po slovu.
Výstup na horu Karmel, jeho třetí dílo, představuje systematičtější studii asketického úsilí duše hledající dokonalé spojení s Bohem. Dále popisuje mystické události doprovázející toto hledání. Čtvrté veršované dílo – Živý plamen lásky – popisuje velkou důvěrnost, kdy duše odpovídá na Boží lásku. Tyto básně tvoří spolu s dílem Dichos de Luz y Amor (Vyprávění o světle a lásce) a spisy sv. Terezie nejdůležitější mystická pojednání ve španělštině. Hluboce ovlivnily pozdější autory duchovní literatury z celého světa. Patří mezi ně T.S. Eliot,Terezie z Lisieux, Edith Steinová (Terezie Benedikta od Kříže) a Thomas Merton. Sv. Jan ovlivnil také filozofy (Jacques Maritian), teology (Hans Urs von Balthasar), pacifisty (Dorothy Day, Daniel Berrigan a Philips Berrigan) a umělce (Salvador Dalí). Papež sv. Jan Pavel II. napsal teologickou disertaci na mystickou teologii sv. Jana od Kříže.