Crespo debutoval v dresuRiver Plate v sedmnácti letech. Ve své první celé sezóně (1993/94) vstřelil v 25 utkáních 13 gólů a pomohl tak týmu získat argentinský titul. SRiver Plate se rozloučil vítězstvímPoháru osvoboditelů, když ve finálovém dvojzápase vsítil obě branky argentinského celku.
DoitalskéParmy Hernán přestoupil po získání stříbrné medaile naolympiádě vAtlantě, kde se stal se šesti zásahy nejlepším střelcem turnaje. Pod trenéremAncelottim se mu vParmě nebývale dařilo. Během čtyř sezón si udržel poměr jeden gól na dva zápasy, v roce 1999 pomohl Parmě vyhrátitalský pohár a ve stejném roce skóroval i ve finálePoháru UEFA, které italský celek vyhrál 3:0 nadOlympique de Marseille.
V létě roku 2000 se stal nejdražším fotbalistou světa, když ho za tehdy rekordních 35 milionůeur (16 milionů v hotovosti +Matías Almeyda +Sérgio Conceição) koupilořímskéLazio. Crespo se ihned stal nejlepším střelcemSerie A s 26 zásahy.
O dva roky později se stěhoval doInteru Milán za 20 milionů eur aBernarda Corradiho jako náhrada za BrazilceRonalda, jenž odešel doRealu Madrid. Crespo vstřelil 7 branek v 18 zápasechSerie A a 9 gólů v 12 utkáníchLigy mistrů, než se začátkem roku 2003 zranil a vypadl ze hry na 4 měsíce.
Přestože vstřelil v sezóně 26 gólů, Crespo požádal vedeníChelsea o přestup doAC Milán.Chelsea však jeho požadavek zamítla s tím, že ho uvolní tehdy, až na něj přijde kvalitní nabídka. Ta přišla v srpnu2006 odmilánského konkurenta –Interu, který dlouhovlasého Argentince získal na dvouleté hostování. Crespo se v závěru sezóny nechal ostříhat a o 2 dny později pomohlhattrickem sestřelitLazio Řím a získat proInter titul za vítězstvíSerie A.
Hostování se Hernánovi změnilo v přestup v létě2008, kdy mu vypršel kontrakt sChelsea. Opět se tak setkal s trenéremMourinhem, jenž zamířil po stejné trase. Opět však Crespovi nedával mnoho příležitostí, když nastoupil jen do 13 ligových zápasů. Navíc se nevešel na soupisku proLigu mistrů.
Ihned po skončení smlouvy naSan Siru v roce 2009 putoval Crespo jako volný hráč doJanova, kde měl nahraditDiega Milita, který zamířil opačným směrem. V lednu2010 se však stal součástí výměny meziJanovem,Atalantou aParmou a vrátil se tak po deseti letech zpět do týmuFC Parma.
Crespo debutoval zareprezentaci v únoru1995 v duelu protiBulharsku ve věku devatenácti let. Na další start v dresuArgentiny si však musel počkat 16 měsíců, a více než 2 roky mu trvalo, než se vreprezentaci prosadil střelecky.