Sňatek Henrietty i Karlaper procura se uskutečnil11. května1625, vzápětí po jeho nástupu na trůn, pár se však potkal teprve13. června1626, v kostele sv. Augustina vCanterbury v hrabstvíKent, a svatební obřad byl potvrzen. Vzhledem ke svému katolickému vyznání nebyla Henrietta Marie spolu se svým mužemkorunována.
Henrietta Marie si přivezla z Francie svůj vlastní dvůr, jehož všichni členové byli stejně jako ona katolického vyznání. Jejich vydržování stálo královskou pokladnu velké prostředky. Karel chtěl manželčin dvůr poslat pryč a ponechat jí pouzezpovědníka a dvědvorní dámy jako společnice, ale nakonec svůj příkaz odvolal. Královský pár se hádal, kdykoli se potkal, a potom se nevídal celé týdny. Královna nesnášelavévodu Buckinghama, králova favorita. Když byl Buckingham v srpnu roku1628 zavražděn náboženským fanatikemJohnem Feltonem, její vztahy s manželem se výrazně zlepšily.
Henrietta Marie a Karel I. se svými syny Karlem a Jakubem (Antoon van Dyck,1633)
Z manželství Henrietty Marie a Karla vzešlo devět potomků, dva z nich však zemřeli v útlém věku a další dva v mládí:
Její odmítnutí vzdát se katolicismu způsobilo, že se od ní mnoho lidí odvrátilo; např.William Laud, arcibiskup z Canterbury, čiThomas Wentworth, 1. hrabě ze Straffordu. Přesto, když se v Anglii schylovalo kobčanské válce, hledala Henrietta Marie prostředky na podporu svého muže. Konflikt vypukl v srpnu roku1642, když Henrietta nebyla v Anglii. Posílala royalistům peníze, ale do země se vrátila teprve v roce1643, kdy se spolu s vojenskými jednotkami a zbraněmi vylodila vBridlingtonu vYorkshire a podpořila tak royalisty bojující v severní Anglii. O několik měsíců později se s králem naposledy setkala vOxfordu. Když Karel I. utrpěl poslední porážku a odmítl podepsání ústavy, Henrietta v červnu roku1644 spolu s dcerouHenriettou Annou a se syny uprchla do Francie; nejstarší synKarel II. se usadil vHaagu v Holandsku. Karel I. byl30. ledna roku1649 sťat, anglická monarchie byla nahrazenarepublikou (Commonwealth of England) (1649–1653) a pozdějiprotektorátem (1653–1659) pod osobní vládouOlivera Cromwella, jenž se prohlásilLordem Protektorem.
Jménem Henrietty Marie byly nazvány jeden ze státůUSA –Maryland (latinskyterra Mariae – Mariina země) a výběžek pevninyCape Henrietta Maria vHudsonově zálivu ve státuOntario.