Jindřich Flanderský na Michaelovi požadoval, aby uznal lenní svrchovanostLatinského císařství nad Epirským despotátem, přinejmenším alespoň formálně, což stvrdil sňatek Michaelovy dcery s Jindřichovým bratrem Eustacem v roce1209. Michael však tuto alianci nectil, maje za to, že hornatá epirská země je pro Latiny neproniknutelná, a své "závazky" vůči svým "spojencům" bezostyšně porušoval. Mezitím si příbuzní Bonifáce z Montferratu zItálie začali dělat nároky rovněž na Epirský despotát. V roce1210 Michael Komnenos Dukas uzavřel spojenectví sBenátčany a společně s nimi zaútočil na BonifácovoSoluňské království. S válečnými zajatci, kteří se Michaelovi vzdali, epirský despota naložil s nepředstavitelnou krutostí. Kromě jiných zvěrstev například nechal ukřižovat zajatélatinskéduchovní. Za to jejpapež Inocent III. nechal exkomunikovat zcírkve. Jindřich Flanderský město o rok později dobyl zpět a donutil Michaela obnovit jejich starou alianci.
Michael se však podrobit nehodlal a zaměřil svou pozornost nastrategicky významná městaLarissa aDrač, která drželikřižáci. Následně převzal kontrolu nad přístavy vKorintském zálivu. V roce1214 dobyl od Benátčanů ostrovKorfu. O rok později byl všakMichael Komnenos Dukas zavražděn a jeho místo zaujal jeho nevlastní bratr Theodor.
Řecko po čtvrté křížové výpravě skřižáckými státy a ostatními řeckými nástupnickými státy, 1265, (William R. Shepherd, Historical Atlas, 1911)
Soluň se už po bitvě u Klokotnitsy nikdy nepozvedla do své bývalé síly. Theodorův mladší synDemetrios Komnenos Dukas Soluň ztratil ve prospěchNikájského císařství v roce1246 a Michael II., vládce v Epiru se spojil s Latiny proti Nikáii. Roku1248 donutil Jan III. Dukas Vazatzes Michaela II., aby ho uznal jakobyzantského císaře a Jan III. na oplátku Michaela II oficiálně uznal jakodespotēs v Epiru. Vnučka Jana III. si později v roce1256 vzala Michaelova synaNikephora, ačkoliv manželství trvalo jen dva roky, do její smrti v roce1258. V roce1248 si Michaelova dcera Anna vzalaGuillauma II. de Villehardouin,achajského knížete, a Michael II. se rozhodl raději ctít alianci sachajským knížectvím, navzdory závazkům vůči Nikáii. Spojenectví bylo rozbito v roce1259 vbitvě u Pelagonie.
CísařTheodor II. Laskaris se spojil s Michaelem II. a jeho potomky a v roce1256 získal městoDrač zpět. Michael II. však nesouhlasil s tím, že tato země změnila svého vládce, a v roce1257 povstal a porazil nikájskou armádu vedenouGeorgiem Akropolitem. Stejně jako Michael zaútočil na Soluň, taksicilský král Manfred zaútočil na Epirus a dobylAlbánii aKorfu. Nicméně Michael se s Manfredem následně spojil a vzal si jeho dceru Helenu. Po smrti Theodora II. vyhlásili Michael, Manuel a Guillaume II. válku novému nikájskému císařiMichaelu VIII. Palaiologovi. Jejich spojenectví bylo velmi křehké a v roce1259 byl Guillaume II. zajat v katastrofální bitvě u Pelagonie. Michael VIII. se následně vydal dobýthlavní město Epirského despotátuArtu, dobyl však jen městaIoánina a Vonitsa. Arta byla obnovena v roce1260, kdy se Michael VIII. zmocnilKonstantinopole.
KdyžMichael VIII. znovu dobylKonstantinopolis a obnovil tak v roce1261Byzantskou říši, začal si dělat nároky na území Epiru a o čtyři roky později donutil syna epirského despoty Michaela II. Nikephora ke svatbě se svou neteří Annou. Od této chvíleMichael VIII. považoval Epirský despotát za svůj vazalský stát, ačkoliv Michael II. i jeho syn pokračovali ve spojenectví skřižáckými státyAchajským knížectvím aAthénským vévodstvím. V roce1267 nebo1268 Michael II. Komnenos Dukas zemřel a ostrovKorfu a velkou část Epiru převzal pod svou kontroluKarel z Anjou.Michael VIII. se nepokusil o přímou anexi Epiru, místo toho dovolil Nikephorovi dále vládnout a uzavřel dohodu sKarlem z Anjou, který roku1271 dobylDrač. V roce1279 se Nikephoros spojil s Karlem protiMichaelovi VIII. a souhlasil, že se stane Karlovým vazalem. Po fiasku tohoto plánu ztratil Epirský despotátAlbánii ve prospěchByzance.
Za vlády synaMichaela VIII.Andronika II. Nikephoros obnovil spojenectví sKonstantinopolí, nicméně byl v roce1292 přesvědčován ke spojenectví se synem Karla z AnjouKarlem II. z Neapole, ačkoliv Karel II. z Neapole byl poražen Andronikovým loďstvem. Nikephoros se oženil s dcerou Karlova synaFilipa I. z Tarentu, kterému část svého území prodal. Po Nikephorově smrti v roce1297 byzantský vliv stoupl v osobě vdovy Anny, Andronikovy sestřenice, která vládla jako regentka za svého nezletilého synaTomáše. V roce1306 ve jménu Andronika II. Anna proti Filipovi povstala a latinské obyvatelstvo bylo vyhnáno. Přesto některá území byla donucena Filipovi vrátit. V roce1312 Filip zanechal svých nároků na Epirus a začal se dovolávat svých práv na zanikléLatinské císařství coby dědictví své ženyKateřiny II. z Valois, vévodkyně z Acháje.
Anna uspěla se svatbou svého synaTomáše s dcerou Andronika II., ale Tomáš byl v roce1318 zavražděn svým bratrancemNicholasem Orsinim, ten se pak oženil s vdovou po Tomášovi a převzal kontrolu na Epirem. Andronikem II. byl Nicholas uznán jako legitimní vládce, ale už v roce1323 byl svržen svým bratremJanem II. V roce1335 byl Jan otráven svou ženou, která se tak stala regentkou svého synaNikephora II. Roku1337 novýbyzantský císařAndronikos III. Palaiologos přitáhl s vojskem, kde bylo mimo jiné 2000 tureckých vojáků Andronikova spojence Umura z Aydınu, do severního Epiru. Andronikos III. nejprve vyjednával s nespokojenými Albánci a potom, co jim slíbil odměnu, stočil svůj zájem na Epirský despotát. Anna zkoušela s Andronikem III. vyjednávat, ale ten požadoval úplnou a bezpodmínečnou kapitulaci, s čímž Anna nakonec musela souhlasit. Celý Epirus tak přešel nekrvavě pod přímou vláduKonstantinopolského dvora.
V rámci kapitulační dohody bylo obsaženo, že se Nikephoros II. může oženit s dceroucísařovy pravé ruky,Jana Kantakouzena. Když přišel čas zásnub, Nikephoros zmizel, jako pára na hrncem. Andronikos III. se poté dozvěděl, že Nikephoros II. odplul doItálie, kde pomáhal členům epirskéaristokracie, která podporovala nezávislost Epiru. Zůstal na dvoře vdovy po Filipu I. z Tarentu Kateřiny II. z Valois, formálnílatinské císařovny.
V roce1339 propuklo za podpory Kateřiny II. z Valois, která byla zrovna naPeloponésu, a Nikephora II., který se vrátil do Epiru, v Thomokastronu povstání. Ke konci roku1339 se do oblasti vrátila císařská armáda a příštího roku přitáhl společně s Janem Kantakouzenemcísař Andronikos III. osobně. Nikephoros II. byl byzantskými diplomaty přesvědčován, aby uznal autoritu císaře. Ten se nakonec vzdal Thomokastronu, oženil se s dcerou Jana Kantakouzena Marií a přijal titulpanypersebastos.
Císařství se brzy ocitlo vobčanské válce meziJanem V. Palaiologem a Janem Kantakouzenem, a Epirus byl dobytsrbským králemŠtěpánem Dušanem. Nikephoros II. využil příležitosti, kterou muobčanská válka nabídla a po Dušanově v roce1356 smrti uprchl do Epiru, kde obnovil Epirský despotát, ke kterému brzy připojil iThessálii. Nikephoros zemřel během potlačování vzpoury Albánců v roce1359 a despotát byl rozdělen mezi nástupnické státy srbské říše. Z větší části se země dostala pod vládou srbských klanů, které si zemi rozdělily mezi několik vládců, někteří z nich přijali tituldespota. Státní tradice byla dále nesena srbskými a italskými vládci vIoánině, kteří žádali pomoc odosmanských Turků proti Albáncům. Roku1416italský rodTocco zKefalonie sjednotil Epirus a získal pod kontrolu zdejší města. Vnitřní sváry mezi příslušníky rodu však zjednodušily dobytí Epiruosmanskými Turky, které postupovalo s dobytímIoániny v roce1430, Arty v roce1449, Angelokastry v roce1460 a nakonec Vonitsy v roce1479. S výjimkou několikabenátských pobřežních osad to byl konec vládykřižáků nařecké pevnině.
↑Bílý kříž na modrém poli přisuzuje Dukům západní heraldický sborníkJ. Rietstapa a nikde jinde není doložen. Může se jednat o chybu nebo představu autora. Ve středověké Byzanci ani jí příbuzných státech nebyly heraldické znaky zavedeny, jinak tolik typické pro západní tradici.