Od Nového Targu teče řeka východním směrem, zprava postupně přibírá na polském územíLesnici,Bialku aKacwin (Osturniansky potok). U obceDebno ústí do nádržeJezioro Czorsztynskie, protéká rozhraním polskéSpiše a severní Spiše. Územím Slovenska protéká v délce 17 km, tvoří slovensko-polskouhranici od Lysé nad Dunajcem poLesnici. Od obce Lysá nad Dunajcem teče na krátkém úseku na východ, protéká severně od města Spišská Stará Ves, kde přibírá přítokRieka zprava, vytváří velkýmeandr. U obceMajere se opět stáčí na východ a vytváří velký říční ostrov. Dále zprava přibíráJordanec, obloukem se u obce Lechnica stáčí na sever a zprava přibíráHavku.
U obceČervený Kláštor zprava přitéká říčkaLipník a Dunajec se velkým meandrem zařezává dovápencového masivubradelTri koruny, symboluPienin. Zde vytváří výraznou soutěsku zvanouPrielom Dunajca. Vzápětí se prudce stáčí na sever, vytváří další dva meandry. Teče kolem vrchuHolica (828,1 m n. m.). Zde pod bradlySedm Mnichů je také tok Dunajce nejprudší. Po průtoku dalším meandrem přibírá zpravaLesnický potok a opouští území Slovenska směrem na sever k polské obciKroscienko. V bradlovém pásmu v Polsku se stáčí na severozápad, ještě jednou se prodírá přes pásmoGorcov doNowosackej kotliny. V ní se spojuje se svým největším přítokem, řekouPoprad a po dalším čtyřicetikilometrovém úseku vSandomežské kotlině se u obceOpatowiec vlévá doVisly.
Už od pradávna byl Dunajec považován za důležitou dopravní cestu. Už v2. století procházela přes Pieniny stezka řeckých a římských obchodníků zajantarem kBaltu. Tuto oblast tehdy obývaligalštíKeltové. Po nich přišliGermáni aSlované, kteří využívali Dunajec pro přepravu zboží a osob do oblasti Visly a k Baltickému moři. Tato cesta lemující Dunajec byla zrekonstruována v letech1908 až1917. Její novodobý název jeSoľná cesta.
Polsko v roce1997 postavilo na horním toku Dunajcevodní elektrárnuCzorsztyń a vyrovnávací nádržNiedzica. Elektrárna Czorstyń má 2turbíny s instalovaným výkonem 90 MW, výšku hráze 56 m, šířku koruny hráze 404 metrů. Czorstynské „jezero“ má povrch 10,5 km², maximální hloubku 50 m. Elektrárna zabezpečuje mimo výroby elektrické energie i zlepšování průtoků pro plavbuvorůPrielomem Dunajca během sušších období.
Místní turistickou atrakcí je plavenívorů (pltí) na řece. Plavba začíná na polské straně v obciStromowce Wysne, končí v městečkuKroscienko nad Dunajcem. Na slovenské straně je možné po Dunajci plout na voru z obce Majere nebo Červený Kláštor až do Lesnice. Zde plavba končí asi 200 metrů za ústím Lesnického potoka. Nedaleko je turistickýhraniční přechod do Polska pro pěší acykloturisty.
Dunajec je splavný od soutokuDunajců vNowém Targu (min. doporučený vodočet vNowém Targu pod skálou je 240 cm) až po ústí. Podpřehradou má většinou ustálený vodní stav (cca 30 m³/s). Až doKrosienka je podlestupnice obtížnosti řek stupeň „WW I+“, dále nižší „ZWC“ a „ZWA“.Vodácky zajímavý úsek je hlavně zCzorstyna/Lysé doKrosienka/Lesnice.